本細則依加工出口區設置管理條例(以下簡稱本條例)第三十一條規定訂定之。
加工出口區之設置，應由經濟部於選定地區並視實際需要劃定範圍後，將設置地點、位置、面積及使用計畫等繪具圖說四份報請行政院核定。
經核定設置之加工出口區，其面積如有增減必要時，應由經濟部敘明理由報請行政院核定之。
加工出口區除視實際需要設置車輛人員出入口及碼頭外，其周圍應建築圍牆或設置其他適當之區隔設施。
依本條例第七條將貨品輸往課稅區者，應適用貨品輸入管理辦法。
輸入限制輸入貨品表內之貨品，除其他法令另有規定外，區內事業應依該表所列規定向加工出口區管理處（以下簡稱管理處）或分處申請辦理簽證；免簽證輸入之貨品，如為海關協助查核輸入貨品表內之貨品，報關進口時，應依該表所列規定辦理。
前項貨品出售時，得免開統一發票。
但應列入當年度營利事業所得稅結算申報。
管理處或分處得接受在區內營業之事業委託，將其廢品下腳或廢棄物依加工出口區區內事業之廢品下腳處理辦法、環境保護及海關有關法令規定清除出區，並得收取必要之費用。
本條例第五條第一項第十款所稱公有財產，指為配合加工出口區業務需要在區內外所設置而屬於管理處或分處所有或管理之財產而言。
本條例第五條第一項第十二款所稱工商登記，指區內事業之公司登記、工廠登記、動產擔保交易登記及其發證事項；所稱建築之核准發證，指加工出口區內建築物建造、使用或拆除之核准及發證。
本條例第五條第一項第十三款所稱工廠設置之檢查，指工廠、倉庫與其他有關設施之安全衛生及污染防治應具備條件之檢查與監督實施。
前項有關檢查之技術工作，管理處或分處得洽請其他主管機關或法人團體代為實施。
本條例第五條第一項第十四款所稱工商團體，指依工業團體法及商業團體法所設立之團體；所稱勞工行政，指勞工組織、勞動條件、勞資關係、勞工福利、勞工教育、兩性工作平等、勞工就業服務、職業訓練協辦及其他有關勞工行政事項。
本條例第五條第一項第十九款所稱公共福利事項，指對區內員工提供醫療保健、食物供應、日常用品供應、交通、住宿、育樂活動與其他有關生活機能、公共安全福利及環境保護事項。
管理處為辦理本條例第五條第一項第七款、第八款及第十九款所規定事項，得設置作業單位，並得在適當地點設置服務站所。
前項作業單位及服務站所採自給自足方式作業，其設置管理及薪給標準，應報請經濟部核定後實施。
依本條例第十條規定，申請設立之區內事業，管理處應自申請之日起，一個月內核定之。
本條例第十條所稱有關資料，指區內事業設立申請書所規定應檢附之資料。
區內事業之業務須經其他機關許可者，管理處應會同各該業務許可之目的事業主管機關審核之。
區內事業之設立，得以個人或事業籌備處名義申請之。
經核准設立之區內事業，其經營事業或加工製造之產品種類有變更或增減時，由管理處或分處審查核定。
經核准設立之區內事業，其總公司或分支機構應設於加工出口區內。
本條例第十一條之一第四項所稱加工出口區從業人員，指加工出口區內行政機關與作業單位、目的事業單位及在區內營業之事業之編制內之人員，或由上述人員依人民團體法規定設立之職業團體。
本條例第十一條之二第一項所稱公共設施建設費用，指管理處或分處所投入整地、道路與交通、地下管線、路燈照明、排水、水電供應、景觀及其他基礎設施之費用。
前項公共設施建設費用，在區內營業之事業按該公共設施建設已支付或已確定之金額，連同貸款本息折算年金，依租用土地面積比率分二十年平均負擔之。
加工出口區內之土地屬公有者，由管理處依法層請撥用。
本條例第十二條第二項所定協議價購，得由管理處或分處委託不動產估價師鑑定土地或建築物之價格，並聘請專家學者評定後辦理。
本條例第十二條第二項第一款所稱不供在區內營業之事業使用，指使用者非屬本條例第三條第二項所定之在區內營業之事業。
本條例第十二條第二項第二款所稱使用情形不當，指有下列情形之一而言：一、其使用情況有危害區內公共安全或衛生者。
二、不依核定計畫使用者。
三、廠房或倉庫有半數以上面積空置逾六個月者。
本條例第十二條第二項第三款所稱建築物有高抬轉讓價格者，指當時要求之售價，超過該建築物成本價格之百分之十以上。
區內事業因適用稅捐減免優惠規定須取得目的事業主管機關之證明文件者，應檢附有關文件向所在區管理處或分處申請核發。
區內事業之產品屬於應課貨物稅者，免辦貨物稅廠商登記。
本條例第十三條第一項第一款及第二款規定免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之自用機器、設備、原料、物料、半製品及樣品，包括使用於產銷之設備及器具、用品、樣品、專供區內使用之運輸車輛設備與供包裝用之各種材料及器皿。
第二款規定之燃料，以供區內生產或轉運者為限。
前項運輸車輛設備，應在車輛之前、後、左、右，各以適當之字體及不易洗擦之塗料書明「本車限於加工出口區內行駛」字樣。
本條例第十三條第一項第二款所稱自國外輸入供貿易、倉儲轉運用貨品，指自國外輸入後以原形態、經簡單加工或重整後轉售之貨品。
前項所稱簡單加工，指未使該貨品實質轉型之加工作業。
前項實質轉型，依進口貨品原產地認定標準認定之。
第一項貨品，應儲存於專用倉庫或專區，並設置帳冊及進出表報以供稽核；其帳冊及進出表報格式，由管理處會同海關定之。
區內事業依本條例第十三條第一項第一款及第二款輸入之貨品，除因國際條約、貿易協定或基於國防、治安、文化、衛生、環境與生態保護或政策需要限制者外，得自由輸入。
區內事業銷售貨品或提供勞務予其他在區內營業之事業、保稅工廠、保稅倉庫、課稅區、自由貿易港區之港區事業、科學工業園區之園區事業、農業科技園區之園區事業或其他保稅區者，應依相關稅法規定辦理。
本條例第十三條第一項第三款所稱新建之標準廠房，指依本條例第十一條之三規定由管理處自行興建或由公民營事業投資請准興建出售之建築物，並以新建未經使用且未經讓售者為限。
本條例第十四條第一項所稱從事轉運業務，指自國內外輸入貨品，在區內進行加工、組裝、倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配、檢驗、或測試後再銷售，且該貨品經前述處理後，仍未達核發產地證明標準者。
但不包括僅出租倉庫或設備供他人使用者。
區內事業從事研究發展或提供諮詢、技術服務等業務，如係經營前項轉運業務所附帶發生者，亦屬轉運業務範圍。
區內事業如有轉運業務以外之收入，應依所得稅法規定辦理。
區內事業依本條例第十六條規定將免稅貨品輸往課稅區委託加工者，其出區之貨品，應非屬貿易主管機關公告限制輸入之貨品項目。
前條委託課稅區加工之區內事業及受託人，均應受管理處、分處或海關之查核；其經核准出區委託加工之貨品，限在受託人處所加工，非經管理處或分處核准，不得變更之。
依本條例第十七條規定，由課稅區輸往加工出口區內供區內事業自用或供轉口外銷之貨品，視同外銷，得依規定申請減徵、免徵或退還進口稅捐、貨物稅及營業稅。
前項貨品，其入出區程序如下：一、申請減徵、免徵或退還進口稅捐、貨物稅及營業稅者，於輸往加工出口區時，向海關辦理進區報關手續，海關應於放行之翌日起十日內發給證明文件；運返課稅區時，應依本條例第十七條第三項規定辦理。
二、不須申請減免稅或退稅者，於進入加工出口區時，免辦前款手續。
第一項貨品如需申請適用營業稅零稅率，應向海關辦理報關取得視同出口證明文件，或由區內事業在統一發票扣抵聯簽署證明由其購買。
區內事業自國外輸入之貨品，其於加工出口區內辦理通關手續者，管理處得要求船邊或機邊提貨，有關港口、機場不得計收倉儲費用。
加工出口區與機場鄰接者，其經機場輸往國外或自國外輸入之貨品，區內事業得依規定在區內之機坪辦理機邊裝卸貨。
區內事業由加工出口區運往區外及由國外輸往加工出口區之貨品，其在區內通關者，應交由設立於加工出口區之公民營儲運單位或經管理處（或分處）核准之運送人承運。
但下列貨品得經駐區海關查驗後，以掛號郵寄或交由買方或賣方指派之人員運出：一、小量、小額貨品。
二、區內事業自課稅區購進之貨品，因品質不合退貨或換貨者。
三、完稅之貨品內銷者。
本條例第二十條第一項所定加工出口區內員工與其眷屬得在區內居住之地區，為依本條例第十一條之一劃定之社區。
加工出口區環境之衛生及整潔，管理處或分處得設置清潔隊辦理之。