本準則依國民教育法（以下簡稱本法）第四條之一第一項規定訂定之。
本準則用詞，定義如下：一、合併：指學校併入其他學校，改制成該學校之分校、分班或學部，不再具有單獨法定地位，仍繼續在原校址進行教學活動。
二、停辦：指學校停止辦理國民教育，不再進行教學活動，原學校組織編制裁撤（併）；分校、分班、學部停止教學活動者，亦同。
三、分校：指直轄市、縣（市）政府（以下簡稱地方主管機關）所屬公立國民小學或國民中學（以下簡稱學校）因教學實際需要，在同一學區內之其他地點，設置隸屬於本校，由若干班級所組成，得置主任一人，並得設行政分支單位之教學單位。
四、分班：指學校因教學實際需要，在同一學區內之其他地點，設置隸屬於本校，並得配置教師若干人之教學單位。
五、學部：指高級中等以下學校附設之國民中學部（以下簡稱國中部）、國民小學部（以下簡稱國小部）。
地方主管機關規劃辦理學校之合併或停辦，應符合下列目的：一、促進學生同儕互動。
二、培養群體多元學習。
三、有效整合教育資源。
四、建構優質學習環境。
五、均衡城鄉教育功能。
六、確保學生就學權益。
七、傳承地區族群文化。
八、達成國民教育目標。
學校之合併、停辦，應以學年度或學期之起始日為生效日。
原住民重點學校之合併或停辦，依原住民族教育法相關規定辦理。
學校之合併或停辦應確保學生就學權益，學生總人數不滿五十人之學校，地方主管機關得鼓勵學校採取混齡編班、混齡教學之方式，或將學校委託私人辦理。
學校新生或各年級學生有一人以上者，均應開班，並得辦理混齡編班、混齡教學；地方主管機關不得於自治法規中規定，學生不足一定人數者不予成班。
中央主管機關就前二項混齡編班、混齡教學，或委託私人辦理之事項，得給予經費補助。
學校有下列情形之一者，不得停辦。
但經學區內設有戶籍之選舉權人書面連署達二分之一以上同意，或確實已無適齡學生者，不在此限：一、同一鄉（鎮、市、區）只有一所國民小學（國小部）或國民中學（國中部）。
二、到鄰近同級學校之交通，有重大安全顧慮。
學校之合併或停辦，應由地方主管機關依本法第四條之一第二項之規定，進行專案評估及辦理公聽會，經各地方主管機關教育審議委員會（以下簡稱教審會）審議通過後為之，並送中央主管機關備查。
前項專案評估，應由地方主管機關規劃合併或停辦之方案，並擬具校園空間利用及財務支援計畫，邀請學者專家、家長代表、學校教職員代表、地方社區人士及相關人員組成評估小組進行之；其涉及原住民地區之學校者，評估小組應納入學區內原住民族之代表。
專案評估之項目如下：一、學生數。
二、學區內學齡人口流失情形。
三、社區人口成長情形。
四、與同級公立學校之距離。
五、與鄰近學校間有無公共交通工具。
六、校齡。
七、合併後之學校是否需再增建教室及充實設備。
八、學校教室屋齡。
九、社區或部落文化傳承及經濟發展。
十、社區對學校之依賴程度。
十一、其他地方主管機關指定之項目。
專案評估結果，認有進行合併之必要者，地方主管機關應指定擬合併學校；認有停辦之必要者，應指定學生擬改分發學校；並應於學區內辦理公聽會後，將評估結果連同公聽會紀錄，送所屬教審會審議。
教審會審議結果，認有合併必要者，地方主管機關得調整學區，將原學校併入擬合併學校，改制為分校或學部；原學校學生總人數不足十人者，得改制為分班。
被合併學校之校長，應由地方主管機關參酌其意願，予以參加校長遴選、回任教師、專案安置，或依法辦理退休或資遣；編制內教職員工，隨同移撥至合併後存續學校，或介聘、調任至其他學校，繼續任職；編制外教學人員，其與原學校所訂契約，由合併後存續學校承受原學校之權利義務至契約期限屆滿。
教審會審議結果，認有停辦必要者，地方主管機關得調整學區，將學生改分發至鄰近學校或輔導轉學。
停辦學校之校長，應由地方主管機關參酌其意願，予以參加校長遴選、回任教師、專案安置，或依法規辦理退休或資遣；編制內教職員工，應協助辦理調任、介聘，或依其適用之法規辦理退休或資遣。
但分校、分班、學部停辦者，教職員工應回本校工作或介聘、調任至其他學校，繼續任職。
原學校依教育人員相關法規聘為專任或兼任之編制外教學人員，契約期限尚未屆滿者，應提前終止契約，並給予相當之補償；契約期限屆滿者，不予續聘。
原學校適用勞動基準法之勞工，應由原學校依法預告終止勞動契約，並依適用之法律規定，給付資遣費或退休金。
原學校現有依工友管理要點（原事務管理規則）進用之工友（包括技工、駕駛），應由地方主管機關專案安置；其工作年資，並應由安置機關（構）繼續予以承認。
學校或其分校、分班、學部停辦後，學生改分發至鄰近學校或回本校就讀者，地方主管機關應補助交通費、交通保險費、安排學生交通接送或住宿相關事宜，並追蹤其學習狀況；必要時，應給予生活及課業輔導。
學校或其分校、分班、學部停辦後，地方主管機關應依校園空間利用計畫，活化其功能，並定期加以檢視及檢討其利用情形。
地方主管機關應依本準則之規定，訂定有關合併或停辦之自治法規。