本辦法用詞定義如下：一、優質企業：指經海關認證合格之供應鏈業者；優質企業分為一般優質企業及安全認證優質企業。
二、供應鏈業者：指與國際貿易貨物流通有關之納稅義務人、貨物輸出人、製造業、報關業、承攬業、船務代理業、倉儲業、公路運輸業、海運運輸業、空運運輸業等業者。
三、重大違章紀錄：指本辦法所定期間內有下列情事之一，經海關核發處分書者。
但違章情事經證明係因其他供應鏈業者作業疏失所致者，或企業於併購後始發現被併購公司於併購前有本款第二目及第三目之情事者，免予採計：（一）私運紀錄。
（二）違章情事致所漏稅額（關稅及海關代徵稅款）、溢沖退稅額或定額罰鍰單計或合計逾新臺幣五十萬元。
（三）違章情事致沒入貨物價值單計或合計逾新臺幣一百萬元。
優質企業符合下列條件者，得申請以自行具結方式替代稅費擔保辦理通關：一、經依工廠管理輔導法等有關規定許可設立。
二、成立五年以上，最近三年每年營業額在新臺幣五億元以上；或最近三年每年營業額在新臺幣三億元以上，並經海關評定為優級之保稅工廠或經核准自行點驗之科學園區事業、加工出口區區內事業或農業科技園區事業。
三、最近三年每年進出口實績總額均在五千萬美元以上，且各該年度均無虧損。
四、最近三年無重大違章紀錄。
優質企業兼有保稅廠及非保稅廠，且各廠之統一編號相同，具備前項第一款、第二款前段、第三款及第四款條件者，亦得申請以自行具結方式替代稅費擔保辦理通關。
申請以自行具結方式替代稅費擔保者，應檢附與工廠登記有關之證明文件一份及最近三年各年度營業額資料，向海關提出。
依本辦法規定提供之稅費擔保，以下列方式為之：一、現金。
二、政府發行之公債。
三、銀行定期存單。
四、信用合作社定期存單。
五、信託投資公司一年以上普通信託憑證。
六、授信機構之保證。
七、其他經財政部核准，易於變價及保管，且無產權糾紛之財產。
前項第二款至第五款及第七款之擔保，應依法設定抵押權或質權於海關。
適用本辦法之進、出口報單類別由財政部關務署公告並刊登行政院公報。
優質企業辦理貨物進出口通關時，應以電子方式傳輸前項報單。
但因通關系統無法正常運作時，得以紙本代替。
符合下列條件之納稅義務人或貨物輸出人，得申請為一般優質企業：一、成立三年以上，最近三年平均每年進、出口實績總額達一百萬美元以上；或符合第二十四條規定。
二、無積欠已確定之稅費及罰鍰；經處分未確定之稅費或罰鍰已提供相當擔保。
但處分機關不接受擔保者，不在此限。
三、進、出口作業流程及財務資料均建置於資訊系統，並留存可供事後查證之稽核紀錄。
四、已辦理與海關連線申報；或其委託之報關業者已與海關連線申報。
申請為一般優質企業，應檢具下列文件向海關提出：一、申請書，應載明申請人之名稱、統一編號、地址、資本額及聯絡人資料。
二、經濟部國際貿易局或其委任、委託之機關、民間團體出具之申請人最近三年各該年進、出口實績證明或經濟部國際貿易局核發之出進口績優廠商證明標章。
前項文件，除特殊情況經海關核准者外，應依規定以電子方式向海關傳輸。
海關應自受理申請一般優質企業翌日起一個月內完成資格認證；必要時，得予延長，並通知申請人。
延長以一次為限，最長不得逾一個月。
一般優質企業每三年應檢具前條規定文件向原核准海關申請校正。
依前項提出申請者，如經具結符合第六條第三款、第四款規定者，海關就該二款得免予查核。
一般優質企業之公司或商業名稱變更時，應於辦妥變更登記翌日起十五日內檢附有關證件影本向海關報備。
海關對於一般優質企業之進、出口貨物，得採取下列優惠措施：一、較低之抽驗比率；進口貨物抽中查驗者，得適用進出口貨物查驗準則簡易查驗之規定；出口貨物抽中查驗者，得改為免驗。
但最近三年有重大違章紀錄者，不適用之。
二、進口貨物經提供稅費擔保後先予放行者，得按月彙總繳納稅費。
但依關稅法第十八條規定繳納保證金先行驗放案件，不適用之。
三、符合第三條所定條件者，得申請核准以自行具結替代稅費擔保。
四、國貨復運進口報單通關時，得書面申請具結先予放行，事後核銷原出口報單。
申請為安全認證優質企業，除須符合第十四條、第十七條至第二十三條所定供應鏈個別業者之條件外，應具備之基本條件如下：一、證明具債務償付能力或最近三年無債信不良紀錄。
但符合第二十四條規定且設立未滿三年者，其無債信不良紀錄以實際經營期間認定之。
二、最近三年無重大違章紀錄。
但符合第二十四條規定且設立未滿三年者，以實際經營期間認定之。
三、無積欠已確定之稅費及罰鍰；經處分未確定之稅費或罰鍰已提供相當擔保。
但處分機關不接受擔保者，不在此限。
四、符合優質企業安全審查項目及驗證基準。
五、作業流程及財務資料均建置於資訊系統，並留存可供事後查證之稽核紀錄。
六、配置二名以上供應鏈安全專責人員負責該業者供應鏈安全有關作業，專責人員須經海關或其認可之機關（構）辦理優質企業供應鏈安全專責人員課程訓練合格。
前項申請人具有兩種以上業別者，應就所有業別同時提出申請。
第一項申請人出具國內外安全認證機關（構）核發之驗證合格證書，經海關審查後，得就第一項第四款符合項目部分免予驗證。
但申請人國外分支機構所取得者，不適用之。
優質企業安全審查項目及驗證基準，及前項國內外安全認證機關（構），由財政部關務署公告並刊登行政院公報。
申請為安全認證優質企業，應檢具第十四條、第十七條至第二十三條所定供應鏈個別業者之文件，及下列基本文件向海關提出：一、申請書，應載明申請人之名稱、統一編號、地址、電話號碼及聯絡人資料。
二、申請認證之自我評估表。
三、檢附足資證明債務償付能力之最近三年財務報表或最近三年無債信不良紀錄等相關證明文件。
前項文件除特殊情況經海關核准者外，應依規定以電子方式向海關傳輸。
海關應自受理申請安全認證優質企業翌日起三個月內完成資格認證；必要時，得予延長，並通知申請人。
延長以一次為限，最長不得逾三個月。
經認證所具業別皆合格之安全認證優質企業，由認證之海關報請財政部關務署發給安全認證優質企業證書。
安全認證優質企業每三年應檢具前條規定文件，向海關申請校正，海關應同時辦理驗證。
符合第二十九條自我檢查並經海關抽查無訛或依第三十條第一項、第二項於海關所定期限內完成改善之安全認證優質企業，免依前項辦理驗證。
安全認證優質企業有下列情形之一者，應於辦妥變更登記翌日起十五日內檢附有關證件影本，向海關辦理換證：一、公司或商業名稱變更。
二、營業項目變更致未經營原認證之部分業別。
安全認證優質企業新增第十四條、第十七條至第二十三條所定業別之營業項目，應於向各該業別主管機關完成變更登記翌日起十五日內向海關報備。
但新增業別欲納入安全認證優質企業認證業別者，應檢具第十一條規定文件向海關申請校正，海關應同時辦理驗證。
安全認證優質企業變更或增減原認證地點，應於辦妥公司、商業或工廠變更登記翌日起十五日內向海關報備，海關得派員驗證是否符合第十條第一項第四款規定；如不符合者，依第三十條第一項、第二項規定辦理。
納稅義務人或貨物輸出人符合第六條第四款及第十條第一項所定條件，得檢具第十一條第一項規定之文件，向海關申請為安全認證優質企業。
海關對於安全認證優質企業貨物輸出人之出口貨物，得採取下列優惠措施：一、最低之文件審查及貨物查驗比率。
二、抽中查驗者，海關得改為免驗，未改為免驗者，得優先查驗。
三、設立貨物未放行案件處理單一窗口，提供廠商查詢並協助解決通關流程問題。
四、得申請使用非侵入方式查驗貨物。
五、報單離岸價格為新臺幣一億元以上者，得以免審免驗通關。
海關對於安全認證優質企業納稅義務人之進口貨物，得採取下列優惠措施：一、最低之文件審查及貨物抽驗比率。
二、抽中查驗者，得適用進出口貨物查驗準則簡易查驗之規定，並得優先查驗。
三、經提供稅費擔保後先予放行者，得按月彙總繳納稅費。
但依關稅法第十八條規定繳納保證金先行驗放案件，不適用按月彙總繳納稅費方式辦理。
四、符合第三條所定條件者，得申請核准以自行具結替代稅費擔保。
五、設立貨物未放行案件處理單一窗口，提供廠商查詢並協助解決通關流程問題。
六、國貨復運進口報單通關時，得書面申請具結先予放行，事後核銷原出口報單。
七、得申請使用非侵入方式查驗貨物。
八、報單完稅價格為新臺幣一億元以上者，得以免審免驗通關。
九、依關稅法第五十二條第一項規定進口貨物，得提供書面保證，免繳納稅款保證金驗放。
製造業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件及與工廠登記有關之證明文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、經依工廠管理輔導法等有關規定許可設立。
海關對於安全認證優質企業之製造業屬科學園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區事業及自由貿易港區區內事業，得採取下列優惠措施：一、有下列情形之一，業者得免繳保證金：（一）保稅貨品運往區外委託代為修理、檢驗或組裝測試，價值未逾新臺幣一千萬元者。
（二）保稅貨品運往課稅區展示，價值未逾新臺幣一千萬元者。
二、減少赴廠查核帳冊、報表之次數。
三、「產品單位用料清表」得採書面核備，必要時再赴廠審核。
報關業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依報關業設置管理辦法規定設立。
三、前一年年錯單率（錯單份數占申報報單總數之百分比）未超過千分之三。
但設置未滿一年者，以實際經營期間認定之。
四、最近三年無因違反報關業設置管理辦法第二十五條第三款規定經海關核發處分書者。
但設置未滿三年者，以實際經營期間認定之。
海關對於安全認證優質企業之報關業，受委任辦理報關之貨物，得降低抽驗比率，其比率依報關業設置管理辦法第三十三條規定辦理。
承攬業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依海運承攬運送業管理規則設立，或依航空貨運承攬業管理規則設立並依民用航空法向航空警察局申請為保安控管人。
三、最近三年無因託運危險物品或行為有影響供應鏈安全之虞，經依航業法或民用航空法處罰之紀錄。
但設置未滿三年者，以實際經營期間認定之。
船務代理業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依船務代理業者管理規則設立。
三、最近三年無因行為有影響供應鏈安全之虞，經依航業法處罰之紀錄。
但設置未滿三年者，以實際經營期間認定之。
倉儲業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依海關管理進出口貨棧辦法、海關管理貨櫃集散站辦法、保稅倉庫設立及管理辦法、物流中心貨物通關辦法申請登記，並經海關核准實施自主管理；依加工出口區保稅業務管理辦法、科學園區保稅業務管理辦法、農業科技園區保稅業務管理辦法或自由貿易港區事業營運管理辦法申請登記或監管。
三、最近三年未因貨物失竊經海關補稅合計新臺幣五十萬元以上。
但設置未滿三年者，以實際經營期間認定之。
海關對於安全認證優質企業之倉儲業，得採取下列優惠措施：一、倉儲業者及運輸業者均屬安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於倉儲業者之轉口倉庫辦理海運轉口實貨櫃之加裝、分裝或改裝，或其裝載貨物之重整。
二、倉儲業者屬科學園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區事業及自由貿易港區區內事業者：（一）其保稅貨品運往區外委託代為修理、檢驗或組裝測試，價值未逾新臺幣一千萬元者，得免繳保證金。
（二）其保稅貨品運往課稅區展示，價值未逾新臺幣一千萬元者，得免繳保證金。
（三）海關得減少赴廠查核帳冊、報表之次數。
公路運輸業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件及下列第二款之證明文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依公路法第三十四條第七款至第九款規定，且經公路主管機關核准發給汽車運輸業營業執照之運輸業。
三、具有完整貨物移動電子監控及管理機制。
海運運輸業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件及下列第二款之證明文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依船舶運送業管理規則設立。
海關對於安全認證優質企業之海運運輸業，得採取下列優惠措施：一、出口貨物退關轉船及進口貨物卸貨准單更正作業，准由業者以電傳方式辦理。
二、運輸業者及倉儲業者均屬安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於倉儲業者之轉口倉庫辦理海運轉口實貨櫃之加裝、分裝或改裝，或其裝載貨物之重整。
空運運輸業符合下列條件者，得檢具第十一條第一項規定之文件及下列第二款之證明文件，向海關申請為安全認證優質企業：一、符合第十條第一項所定條件。
二、依民用航空運輸業管理規則設立。
業者成立後無債信不良紀錄、無重大違章紀錄，且符合下列任一條件，經提出足資證明文件者，申請優質企業得免受成立滿三年限制：一、國營事業管理法第三條第一項規定之國營事業。
二、公司實收資本額達新臺幣三億元之股份有限公司；或向經濟部辦妥登記之外國公司於我國設立之分公司，其在我國境內營業所用資金達新臺幣三億元。
三、近三年度內獲經濟部國際貿易局授予出進口績優廠商證明標章，且該證明標章使用權未受廢止處分。
四、具優質企業資格之公司分割後而不符合優質企業資格，該受讓營業之新設或既存公司申請業別與被分割公司取得優質企業資格業別相同。
五、符合與我國簽訂優質企業相互承認協議國家或地區所認證優質企業，其在我國所設之子公司或分公司。
優質企業經核准以自行具結替代稅費擔保者，應每年申請核定額度一次；其申請應於一年實施期限屆滿前一個月，檢具第三條第三項所定文件，向原核准之海關提出，如經具結與前已驗證之正本文件相符，海關得免予查核。
前項自行具結之額度，以申請日前一年度一月至十二月每月平均進口稅費總金額之二倍為限。
優質企業以按月彙總繳納稅費方式進口之貨物，海關於次月五日前核發稅費繳納證及進口報單資料清表，廠商應於法定期限內繳納。
優質企業得於每月月底前，就當月單批進口貨物，先行繳納稅費。
優質企業依第三條規定申請以自行具結方式替代稅費擔保者，其經海關核准之額度，限用於依本辦法規定之按月彙總繳納稅費案件。
優質企業依第四條規定提供稅費擔保者，其所提供擔保之額度，適用於依本辦法規定之按月彙總繳納稅費案件及依進口貨物先放後稅實施辦法辦理之先放後稅進口案件。
一般優質企業有下列情事之一者，海關視情節輕重，得停止其享有一年以下之一部或全部之優惠措施，並限期改善：一、逾期未繳清進口稅費或發生其他違章案件。
二、違反第八條第四項規定。
一般優質企業有下列情事之一者，海關得停止其資格：一、依第七條所檢具文件內容有不實。
二、發生不符第六條第一款、第三款或第四款規定之條件。
三、未依第八條第二項所定期限辦理校正。
四、依前項規定限期改善，逾期仍未改善。
依前項規定停止資格者，自停止日起一年內得檢具足資證明已改善相關文件申請恢復資格。
未依前項所定期限申請恢復資格或提出申請經海關認定未完成改善者，海關應廢止其資格。
安全認證優質企業應依第十條第一項第四款所定安全審查項目及驗證基準，每年至少執行自我檢查一次，並將檢查結果送海關備查；海關得不定期抽查。
海關發現安全認證優質企業有不符安全驗證基準情事時，應通知該企業於三十日內完成改善。
安全認證優質企業無法在前項所定期限內完成改善時，得向海關申請延長改善期間一次，期間以三十日為限。
安全認證優質企業有下列情事之一者，認證海關應報財政部關務署停止其資格：一、依第十一條所檢具文件內容不實。
二、最近三年有重大違章紀錄。
三、營運及財務發生嚴重惡化。
四、逾期未繳清進口稅費。
五、未依第十二條第三項所定期限辦理校正。
六、未能依前二項所定期限完成改善。
安全認證優質企業資格依前項第二款或第四款停止者，於該等情事消滅時，由海關恢復其資格；其餘各款自停止日起一年內安全認證優質企業得檢具足資證明已改善相關文件申請恢復資格。
安全認證優質企業有下列情事之一者，認證海關應報財政部關務署廢止其資格，並限期收回證書，未能於期限內收回者，得逕行公告註銷：一、最近三年有重大違章紀錄並經處分確定。
二、未能依前條第四項後段海關所定期限申請恢復資格，或提出申請經海關認定仍未完成改善。
三、逾期一年未繳清進口稅費。
四、發生不符第十七條第一項第二款、第十八條第一項第二款至第四款、第十九條第二款、第三款、第十九條之一第二款、第三款、第二十條第一項第二款、第三款、第二十一條第二款、第三款、第二十二條第一項第二款或第二十三條第二款規定之條件。
經海關認證合格之優質企業及核定之自行具結額度，各海關一體適用。