本辦法依促進民間參與公共建設法（以下簡稱本法）第三十八條第五項規定訂定之。
本法所定民間機構及其直接承包商進口供其興建重大公共建設使用，且在國內尚未製造供應之營建機器、設備、施工用特殊運輸工具、訓練器材及其所需之零組件，得依本辦法規定申請免徵關稅。
本法所定民間機構進口供其經營重大公共建設使用之營運機器、設備、訓練器材及其所需之零組件，得依本辦法規定申請分期繳納關稅。
本法所定民間機構進口第一項規定之貨物，如係國內已製造供應者，其進口關稅得依本辦法規定申請分期繳納。
民間機構或其直接承包商申請適用本辦法免徵或分期繳納關稅之案件，應繕具參與重大公共建設整批或分批進口貨物申請免徵或分期繳納關稅案件審核證明表暨其清表（格式如附件一、二）一式四份，向主辦機關提出申請。
主辦機關證明屬實後，應將上述文件函轉重大公共建設之中央目的事業主管機關備查，中央目的事業主管機關准予備查時，除以正本函復主辦機關外，並應以副本連同上述表格分送申請人及進口地海關辦理免徵或分期繳納關稅。
前項審核證明表，應載明民間機構或其直接承包商進口貨物之價格，其屬分批進口者，並應載明預定最後進口日期；其為分期興建分期進口者，應包括各該期之最後進口日期，如因事實需要延長進口期限，應於期限屆滿前申請延長，延長期間合計最長不得超過三年。
民間機構或其直接承包商申請按整批或分批進口者，如因修正原計畫，致有變更審核證明表或清表者，應於審核證明表上所載之最後進口日期前，向中央目的事業主管機關申請變更。
其為分期興建者，應於審核證明表上所載之各該期貨物最後進口日期前申請之。
前二項之延長或變更，準用第一項申請程序。
前條貨物進口時，民間機構或其直接承包商應於進口報單註明中央目的事業主管機關准予備查文號。
申請免徵關稅者，並應檢附經濟部核發國內尚未製造供應證明文件。
民間機構或其直接承包商未即時檢具前條證明文件而能補正者，海關得依關稅法第十八條第三項第一款規定，准其繳納相當金額之保證金，先行驗放，並限期補正，屆期未完成補正者，沒入其保證金。
民間機構或其直接承包商免徵關稅之進口貨物，轉讓或變更用途時，應由原進口時之納稅義務人或現貨物持有人自轉讓或變更用途之翌日起三十日內，向原進口地海關按轉讓或變更用途時之價格與稅率補繳關稅。
但進口貨物有下列情事之一者，免予補稅：一、轉讓或變更用途時已逾財政部規定年限者。
二、經主辦機關核轉財政部同意，轉讓合於本法規定之民間機構或其直接承包商供其興建重大公共建設使用者。
三、經主辦機關核轉海關查明原貨復運出口者。
民間機構之直接承包商因與民間機構終止承攬關係，而無前項免予補稅之情事者，由主辦機關通知海關依前項規定辦理。
前條應補繳關稅之納稅義務人不依規定補繳關稅者，依關稅法第七十六條規定除補徵關稅外，處以應補稅額一倍之罰鍰；其應繳之關稅延不繳納者，自繳稅期限屆滿日之翌日起至稅款繳清日止，照欠繳稅額按日加徵滯納金萬分之五。
但以不超過原欠繳稅額百分之三十為限。
民間機構及其直接承包商有本法第五十二條或第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理：一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構及其直接承包商者，免予補稅。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構或其直接承包商者，應就原免徵關稅之進口貨物向進口地海關按進口時之價格與稅率補繳關稅。
民間機構或其直接承包商已依本法第三十八條第一項規定免納關稅，經主辦機關認定其參與之公共建設不符合本法第三條第二項所定重大公共建設範圍者，應就原免徵關稅之進口貨物向進口地海關按進口時之價格與稅率補繳關稅。
主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構及其直接承包商參與之公共建設不符合本法第三條第二項所定重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知進口地海關。
申請適用分期繳納關稅之案件，其納稅義務人應提供相當於海關核定應納稅款之下列擔保之一，向進口地海關辦理分期繳納：一、政府發行之公債。
二、銀行定期存單。
三、信用合作社定期存單。
四、信託投資公司一年以上普通信託憑證。
五、授信機構之保證。
前項第一款至第四款之擔保應設定質權於海關，並經銀行、信用合作社、信託投資公司拋棄行使抵銷權；第五款之保證，應經授信機構拋棄先訴抗辯權。
民間機構依本辦法規定申請分期繳納關稅者，主辦機關應於重大公共建設實際開始營運或完工之日起十個月內，通知進口地海關開始辦理分期繳納。
民間機構進口合於第二條第二項規定之貨物，其應繳之關稅得申請自該重大公共建設開始營運之日起屆滿一年後，以一個月為一期，最多分六十期繳納，除最後一期外，每期應繳納之金額不得低於新臺幣一百萬元。
民間機構進口合於第二條第三項規定之貨物，其應繳之關稅得申請自該重大公共建設完工之日起屆滿一年後，以一個月為一期，最多分六十期繳納，除最後一期外，每期應繳納之金額不得低於新臺幣一百萬元。
民間機構依第二條第二項或第三項規定申請分期繳納關稅案件，如為分期興建或分期營運者，按各該期實際應繳納之關稅及各該期完工或開始營運之日期分別計算。
經核准分期繳納關稅案件，逾期未繳者，依關稅法規定自繳稅期限屆滿日之翌日起至稅款繳清日止，照欠繳稅額按日加徵滯納金萬分之五。
但以不超過原欠繳稅額百分之三十為限。
核准分期繳納關稅之進口貨物，於稅款繳清前，轉讓或變更原目的以外之用途者，廢止分期繳納之核定，追繳全部關稅，並依法加徵滯納金。
但經主辦機關核轉財政部核准轉讓合於本法所定之民間機構供其興建或經營重大公共建設者，准由受讓機構繼續分期繳納關稅。
前項准予繼續分期繳納之關稅，以海關原核定未到期部分為限；其已到期應納稅款，受讓機構應先一次繳清。
民間機構有本法第五十二條或第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理：一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，就未到期部分繼續分期繳納關稅。
二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，應就其原經核准分期繳納進口貨物之應納稅款一次繳清。
但經主辦機關核轉財政部同意轉讓合於本法所定之民間機構供其興建或經營重大公共建設者，准由受讓機構就未到期部分繼續分期繳納關稅，其已到期部分一次繳清。
民間機構已依本法第三十八條規定辦理分期繳納，經主辦機關認定其參與之公共建設不符合本法第三條第二項所定重大公共建設範圍者，應就其原核准分期繳納進口貨物之應納稅款一次繳清。
但經主辦機關核轉財政部同意轉讓合於本法所定之民間機構供其興建或經營重大公共建設者，准由受讓機構就未到期部分繼續分期繳納關稅，其已到期部分一次繳清。
主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構參與之公共建設不符合本法第三條第二項所定重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知進口地海關。