本辦法依自由貿易港區設置管理條例（以下簡稱本條例）第十七條第六項規定訂定之。
本辦法所稱港區貨棧，指自由貿易港區（以下簡稱自由港區）管理機關核准設立，具有與港區門哨單位電腦連線之設備，及可供自由港區事業貨物存儲、進出區貨物查驗、拆裝盤（櫃）之場所。
自由港區事業應設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理貨物通關、帳務處理及貨物控管等有關作業。
自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：一、自國外進儲貨物之通報。
二、貨物輸往國外之通報。
三、貨物輸往其他自由港區之通報。
四、貨物輸往課稅區、保稅區之通關。
五、自課稅區、保稅區進儲貨物之通關。
六、區內交易貨物之通報。
七、修理、測試、檢驗、加工、展覽、委託及受委託修理、測試、檢驗、加工之處理。
八、進儲本條例第十五條第一項規定物（貨）品之通報。
九、本條例第十六條第一項規定物（貨）品輸往國外之通報。
十、貨物及自用機器設備之帳務處理。
十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。
十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。
十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。
十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理。
十五、門禁之管控。
十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。
十七、封條加封及核銷作業。
十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報。
十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。
二十、看樣、取樣及公證作業。
二十一、空貨櫃進出之檢查。
二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。
二十三、違規、違章、異常案件之報告。
二十四、遵守產地標示規範。
二十五、跨區貨櫃（物）移運以自由港區專用運貨工具（專用車隊）載運之處理。
二十六、其他經自由港區管理機關或海關規定應遵行事項。
依本條例第十七條第一項規定，向海關辦理通報程序如下：一、國外貨物進儲自由港區事業時，自由港區事業應向海關傳輸報單通報，經海關以電腦回應紀錄有案，憑以進儲。
二、自由港區事業貨物輸往國外時，由貨物輸出人於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報出口，經海關電腦回應紀錄有案，憑以裝船（機）出口。
三、自由港區事業貨物運往其他自由港區時，由自由港區事業於貨物進儲港區貨棧後，向海關傳輸報單通報轉運，經海關電腦回應紀錄有案，憑以出進區。
前項第二款貨物符合下列情形之一者，得免進儲港區貨棧：一、進出口貨物查驗準則第三十條所定之貨物。
二、進出口貨物查驗準則第九條所定廠商之貨物，且該廠商具備與自由港區管理機關貨（櫃）物動態資料連線之電腦設備、海關核可之倉儲及查驗貨物所需設施。
三、自由港區事業貨物售予國際航線船舶供作燃料（油）或專用物料（含船舶日用品）。
依本條例第十七條第二項規定，向海關辦理通關程序如下：一、自由港區事業貨物輸往課稅區或保稅區，於進儲港區貨棧後，由納稅義務人向海關傳輸報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，憑以出區，並依國外貨物進口及進儲保稅區相關規定辦理。
二、課稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人將貨物運入港區貨棧後，向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業。
但貨物輸出人不辦理沖退稅，且貨物符合相關輸出規定者，逕憑發票或載貨單運入自由港區事業；課稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
三、保稅區輸往自由港區事業之貨物，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以運入自由港區事業；保稅區貨物進儲港區貨棧直接出口者，由貨物輸出人依保稅貨物相關規定向海關傳輸報單，依相關輸出規定，完成通關取得放行訊息後，憑以裝船（機）出口。
依本條例第十七條第三項規定，自由港區事業貨物區內交易，由自由港區事業傳輸報單向海關通報。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，其籌設期間如須進儲自用機器、設備，應憑自由港區管理機關核准文件，向海關申請核發臨時監管編號，並分別依第五條、第六條規定向海關辦理通報（關）手續，且應登錄帳表，記載其名稱、規格、型號、數量等資料，供海關查核。
自由港區事業將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工，應檢具委託加工申請書、合約書、受託廠商工廠登記證明文件、加工說明或圖說、單位用料清表及委外運出運回核銷帳務系統之操作說明，向所在地海關申請核准，經核准者，免提供稅款擔保。
海關得視需要會同相關機關成立審查小組辦理審查。
經核准辦理委託課稅區或保稅區加工之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回，應依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。
自國外進儲第一項委託加工貨物，自由港區事業於向海關傳輸報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，得免進儲自由港區事業，逕輸往課稅區或保稅區。
如發生短、溢裝情形，準用進出口貨物查驗準則第二十二條第一項規定辦理。
受託加工之課稅區或保稅區廠商須以辦妥工廠登記之工廠為限，且其生產製造項目應與受委託項目相符。
對於該受託加工貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。
委託加工貨物以管制貨品以外之貨品為限。
課稅區廠商受託加工所添加之進口原料，除其屬本條例第二十六條第二項各款所列者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅；保稅區廠商受託加工所添加之保稅原料，得申請除帳。
第一項委託加工受理申請及審查核准事項，海關得委託自由港區管理機關辦理，管理機關應將其審查結果及相關文件函知海關。
自由港區事業將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託修理、檢驗、測試，應先填具申請書、合約書、公司統一編號、修理檢測說明或圖說、單位用料清表及運出運回核銷帳務系統之操作說明，向所在地海關辦理。
但機器設備急需出區修理者，得於出區之翌日起二日內，向海關補辦申請。
經核准辦理委託課稅區或保稅區修理、檢驗、測試之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回之作業程序，依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。
受託修理、檢驗、測試之課稅區或保稅區廠商營業項目應與受委託項目相符。
對於該受託貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。
免稅貨物經核准輸往課稅區或保稅區辦理委託修理後，再運回自由港區事業者，其免稅貨物包括待維修之本體及供其修理所需之零、組件。
第一項委託修理、檢驗、測試受理申請及審查核准事項，海關得委託自由港區管理機關辦理，管理機關應將其審查結果及相關文件函知海關。
自由港區事業得經所在地海關核准受理課稅區、保稅區或自由港區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試業務。
前項貨物運入及運回，應依第五條第一項第三款、第六條及第七條規定辦理通關（報）手續或按月彙報，並登錄相關帳表。
辦理第一項業務之自由港區事業，其受理委託之項目應與營業項目相符，辦理加工者另須辦妥工廠登記。
但辦理簡單加工者，免辦工廠登記。
受理課稅區廠商委託辦理第一項業務之自由港區事業，其添加未稅原料之貨物運回課稅區時，應依本條例第二十三條第一項規定課徵稅費。
受理保稅區或自由港區廠商委託辦理第一項業務之自由港區事業，其添加未稅原料之貨物運出前，應編製單位用料清表送海關備查，憑以核銷除帳。
自由港區事業得填具出區展覽申請書，並檢附相關文件，向所在地海關申請將免稅貨物輸往課稅區展覽。
前項將免稅貨物輸往課稅區展覽之案件，其貨物輸往課稅區及由課稅區運回時，應依第六條規定辦理通關手續，並登錄相關帳表。
自由港區事業向海關申請將貨物輸往保稅區、課稅區或自保稅區、課稅區輸入貨物，得以按月彙報方式辦理通關。
但貨物輸往保稅區，或自保稅區輸入，須該保稅區廠商具有按月彙報資格者始得辦理。
自由港區事業貨物輸往課稅區或受理課稅區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試有添加未稅原料案件經海關核准按月彙報者，應向海關提供相當保證金或擔保，於擔保額度內准予提貨出區。
但出區供修理、測試、檢驗、委託加工之用者，不在此限。
經核准辦理按月彙報之自由港區事業於貨物入出區前，應填具申請書向海關申請按月彙報貨物入出區，經核准者，自由港區事業憑海關核准通知、相關文件辦理貨物入出區並登帳。
於次月十五日前彙總填具報單及檢附入出區相關運送單、裝箱單及交易憑證或相關文件等向海關辦理通關手續，並以最後一批貨物入出區日期視同出進口日期。
下列貨物不得辦理按月彙報：一、本條例第十五條第一項規定之物（貨）品。
二、應依輸出入規定辦理之物（貨）品。
三、汽（機）車。
但依第九條核准委託加工運回之汽（機）車，不在此限。
四、實施關稅配額之貨物。
五、採取特別防衛措施之貨物。
六、輸往課稅區之應課貨物稅之貨物。
七、輸往課稅區展覽之物（貨）品。
八、其他經海關公告不適宜彙報之貨物。
自由港區事業經核准辦理按月彙報者，其貨物進出區時填具之運送單、裝箱單及交易憑證或相關文件內容，應與實際貨物相符。
按月彙報通關案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第二項規定論處。
自由港區事業依第五條第一項第三款規定運往其他自由港區貨物或依第七條規定區內交易貨物之通報案件，除本條例第十五條第一項規定之物（貨）品外，得向海關申請以按月彙報方式辦理。
經核准辦理按月彙報之自由港區事業貨物於出入區（廠）之作業程序及辦理通報手續，依前條第三項規定辦理，並以最後一批貨物出入區（廠）日期視同出進口日期。
按月彙報通報案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第一項規定論處。
自由港區事業有下列情事，應向海關申報補稅：一、依本條例第十八條第二項規定，自行發現存儲貨物遭竊者。
二、依本條例第二十條第二項規定，自行盤存發現存儲貨物少於帳面結存數者。
三、依本條例第二十五條第一項及第四項規定，運往課稅區修理、測試、檢驗、委託加工、展覽之免稅貨物，自核准後六個月內未運回自由港區者。
四、依本條例第二十五條第三項核准展延，未於展延期限屆滿前運回自由港區者。
五、依本條例第三十條規定，將運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者。
前項第三款所定六個月期間，自貨物通關放行日之翌日起算。
但以按月彙報方式出區者，自貨物出區日之翌日起算。
依本條例第二十三條第一項、第二十七條規定，自由港區事業輸往國內課稅區或保稅區之貨物，應按出區形態歸列應屬稅則號別、輸入規定，並依相關規定徵免進口稅費；其稅則號別、稅率、輸入規定之適用日期以報關日期為準。
本條例第二十三條第一項但書所稱之附加價值，指自由港區事業輸往課稅區貨物之完稅價格，扣除所使用之進口未稅、國產保稅及國產已退稅原料、物料及半製品價格之餘額。
自由港區事業之貨物輸往課稅區時，關稅之課徵，依下列原則辦理：一、經加工、製造之產品輸往課稅區，按本條例第二十三條第一項但書規定依運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。
但未依規定檢具相關證明文件供海關查核產品區內附加價值者，按運出港區時形態之完稅價格扣除百分之三十後課徵。
二、經重整或簡單加工之貨物輸往課稅區，按運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。
三、自國外輸入之貨物以原形態輸往課稅區，其完稅價格之核估，依關稅法及其相關規定辦理。
自由港區輸往課稅區之進口貨物，發現損壞或規格、品質與原訂合約不符，於原貨物輸往課稅區，報單放行之翌日起一個月內向海關申請由原自由港區事業賠償或調換者，該項賠償或調換進口之貨物，免徵關稅。
前項申請應檢附之文件及核辦方式，準用關稅法施行細則第四十一條及第四十二條第一項規定辦理。
自由港區事業之出口貨物經海關核准得移運海（空）運快遞貨物專區，並依海（空）運快遞貨物通關辦法辦理通關。
前項規定由財政部關務署分階段公告實施之。
依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關貨物進儲、提領之帳務處理事項如下：一、貨物進儲及提領時，應即登錄貨物帳，依供營運貨物及自用機器、設備二類分設帳冊。
二、帳冊內容應包括料號、貨物名稱、型號、規格、進出倉單證號碼、輸出入區或區內交易憑證號碼、進出倉日期、時間、數量及結存數量。
三、自用機器、設備於運入滿五年後，得自行除帳，其尚未出區者，仍應列帳管理。
四、自用機器、設備之消耗性物料，事先向海關報備核准者，得憑領用數除帳。
五、進儲供修理之營運貨物，其使用之零、組件，因情況特殊，無法編製單位用料清表時，應檢附說明文件於修理前向海關申請，經核准者，得依領用數除帳，並應於次月五日前提供實際領用數清表供海關備查；未依規定申請辦理者，不得依領用數除帳。
六、存儲之貨物，因貨物之性質自然短少，其短少部分經海關查明屬實者，得予除帳。
七、進儲貨物之存儲期間不受限制。
但儲存逾二年貨物，於必要時應列印報表以備海關查核。
八、自由港區事業應設有列印相關帳冊、表報之電腦必要設備，可供海關遠端查核並得擷取有關資料。
九、自由港區事業貨物輸往課稅區或受理課稅區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試有添加未稅原料案件經海關核准按月彙報者，應設置「自由港區事業貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄」，並隨時登錄保證金繳納、出貨日期、廠商名稱、貨品名稱、規格、型號、料號、數量、貨價及預估稅額等，在保證金額度內分批提領出區。
於辦理彙報並經海關放行後，依原預扣稅額逐項恢復保證金額度。
依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關重整、加工、製造、修理、檢驗、測試之帳務處理事項如下：一、自由港區事業貨物因重整、加工、製造、修理、檢驗、測試等，致改變原貨物名稱、規格、型號、料號者，按其改變後之料號登帳，並於貨物報運出口、轉儲或內銷前，檢附單位用料清表及相關文件送海關申請備查，以核銷原貨物帳；未依規定申請辦理者，不予除帳。
但未改變料號者，仍依原料號登帳。
二、自由港區事業加工、製造貨物，得依其原料之性質或型態，選擇含損耗或不含損耗使用數量編製單位用料清表。
三、依第九條或第十條規定委託課稅區或保稅區廠商加工、修理、檢驗、測試等貨物，如改變原貨物名稱、規格、型號、料號者，應編製單位用料清表送管理機關或海關審查；經核准之單位用料清表如有變更，應送海關備查。
四、作業過程中產生之廢料、廢品、下腳應另儲存，定期造冊向管理機關申請，由管理機關會同海關監毀，其有殘餘價值部分，依規定辦理稅費徵免後，得輸入課稅區。
五、委託區外廠商辦理修理、測試、檢驗、加工所產生之廢料、廢品、下腳，應於復運入區時報明，並依前款規定辦理。
六、前款之廢料、廢品、下腳，區外廠商設有二十四小時連續錄影或動態偵測錄影之監視系統、專區存放、帳務控管完備者，經管理機關核准得不運回自由港區；管理機關得會同海關於區外辦理銷毀作業，其有殘餘價值部分，應依規定辦理稅費徵免。
依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關遭竊、災損之帳務處理事項如下：一、自由港區事業之免稅貨物遭竊，應向自由港區管理機關及警察機關報案並取得證明，並自失竊之翌日起三個月內補稅除帳；其有特殊情形，得向海關申請提供保證金，暫免補稅，但最長不得超過失竊之翌日起六個月。
期滿仍未尋回，海關即將保證金抵繳稅費結案，尋回部分則退還保證金。
二、自由港區事業之免稅貨物於存儲期間，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀，於災害事實終止之翌日起一週內申報，並由自由港區管理機關證明者，得核實除帳；其產生之廢品，依前條第四款規定辦理稅費徵免。
免稅貨物於存儲期間，如已無商業銷售價值者，得依前條第四款規定辦理。
依本條例第二十條規定，自由港區事業年度盤點應辦理事項如下：一、於盤點日前二週通知海關並經海關確認。
二、辦理年度盤點時，經海關核准運出區外之加工、修理、檢驗、測試及展覽貨物應全部運回列盤及銷案，其因故無法運回者，應向海關申請核准於同日辦理區外年度盤點。
三、年度盤點日期距上年度盤點日期，最少不得少於十個月，最長不得超過十四個月；其有特殊情形，事先報經海關核准者，得酌予提前或延後。
四、自由港區事業經核准按月彙報貨物，應於盤點日前彙總填具報單辦理通關事宜。
五、自由港區事業於盤點結束後，應分別造具區內與區外之供營運貨物及區內自用機器、設備之盤存清冊及結算報告表一式二份，於盤點結束之翌日起一個月內送海關備查；必要時得於期限屆滿前，向海關申請展延一個月。
六、同一料號之原料，如以免稅及已稅方式進儲者，年度結算時應一併列入盤點，並按實際使用數量沖銷免稅及已稅貨物帳；未能查明其實際使用數量者，應優先沖銷免稅原料數量；已稅原料產生盤虧者，免予補稅。
七、依第五款規定辦理備查時，若產生盤虧，應向海關辦理補稅，並於接獲海關核發之補稅通知之翌日起十日內繕具報單為之；產生盤盈，應提出說明並於帳冊補登數量。
依本條例第三十一條第一項規定，自由港區事業經核准結束營業、廢止或撤銷營運許可時，應辦理事項如下：一、於自由港區管理機關核定之翌日起停止免稅貨物進儲。
二、於自由港區管理機關核定之翌日起二週內辦理結束盤點，並依規定造送盤存清冊及結算報告表。
三、免稅貨物、自用機器、設備如產生盤虧，應向海關辦理補稅。
餘存之貨物及自用機器、設備於辦理轉儲、稅費徵免或復運出口前，由自由港區管理機關監管。
自由港區事業因故未能依前項規定辦理結束盤點時，海關得逕依帳面結存數課徵應補稅捐。
依本條例第三十一條第二項規定，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設階段經核准廢止或撤銷其籌設許可時，應辦理事項如下：一、於自由港區管理機關核定之翌日起停止自用機器、設備之進儲。
二、籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。
但於自由港區管理機關核定之翌日起六個月內原貨復運出口者，不在此限。
三、前款貨物於辦理相關稅費補徵或復運出口前，依本條例第三十一條第三項規定，由自由港區管理機關監管。
依本條例第十八條第三項規定，自由港區事業有關貨物控管，應辦理事項如下：一、對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出廠（場）區，設有一套完整之電腦控管作業，相關電腦紀錄及單證保管三年。
二、設門禁管制，負責執行貨櫃（物）進出廠（場）區之查對。
三、遇有下列情事應即通報海關：（一）貨櫃（物）失竊、調包者。
（二）封條有遺失、破損、斷失、偽造、變造之嫌，或封條號碼與貨櫃（物）運送單兼出進站放行准單（以下簡稱運送單）所載不符，或電子（紙）封條讀取比對異常者。
（三）運送單經塗改者。
（四）發現貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
（五）貨櫃（物）逾時進區或逾時未進區者。
（六）發現進出倉貨物與原申報之貨名不符者。
（七）發現不得進儲之貨物。
（八）存倉貨物遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。
（九）存倉貨物查核或盤點，發現與帳面結存數不符者。
（十）發現貨物原產地標示明顯不符者。
（十一）其他違規、違章及異常情形。
自由港區事業進儲國外整裝貨櫃貨物，符合下列條件者，除菸、酒及未經經濟部公告准許輸入之大陸農、漁、畜產品外，得逐案向海關申請免拆櫃進倉，以原貨櫃存儲於該事業之露天處所儲位：一、成立一年以上。
二、申請前一年內，依本條例核處罰鍰未逾三次且未經停止進儲貨物。
三、整櫃貨物貨名相同，並提供裝箱單或裝櫃明細表。
四、自由港區事業營運面積劃有露天處所儲位，且設有二十四小時連續錄影或動態偵測錄影之監視系統設備，錄影紀錄並應保留至少三十日。
五、貨櫃存儲自由港區事業期間應以自備封條或海關封條加封。
六、自由港區事業應於帳冊登載貨櫃標誌、號碼、封條號碼及儲位，並備註原進倉貨櫃不拆櫃存儲。
七、整裝貨櫃貨物進儲前，應於貨櫃集散站完成通報程序。
依前項規定存儲貨物後，自由港區事業向海關通報，有虛報、不實情事或私運行為者，自處分之日起一年內不得再依前項規定申請免拆櫃進倉。
第一項存儲貨櫃，於存儲期間不得開啟。
但自由港區事業有特殊情形者，得經海關核准，在櫃內貨物不分批進出自由港區事業之前提下，開啟或更換貨櫃，並設置封條加封啟封紀錄簿，以供查核。
依本條例第十八條第三項規定，港區貨棧應辦理貨物控管事項如下：一、卸存港區貨棧之國外貨物，港區貨棧核對進口艙單，點收貨物並確定儲位後，向海關傳輸進倉資料訊息。
二、課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心貨物運入港區，港區貨棧點收貨物並確定儲位後，傳輸出口貨物進倉證明訊息，並接收海關放行通知訊息，俾自由港區事業提領貨物。
三、加工出口區、科學園區、農業科技園區、其他自由港區貨物運入自由港區貨棧，港區貨棧憑海關放行通知訊息點收貨物，並供自由港區事業提領貨物。
四、自由港區事業出口貨物進儲港區貨棧後，港區貨棧傳輸出口貨物進倉證明訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以進行後續裝併櫃（盤）及裝船（機）作業；需運出區出口者，另簽發運送單加封出區。
五、自由港區事業運往其他自由港區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後，傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運送單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。
六、自由港區事業運往課稅區、保稅區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後，傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運送單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。
七、自由港區事業經核准按月彙報之貨物，得不進儲港區貨棧。
依本條例第十八條第三項規定，港區門哨單位應辦理貨物控管事項如下：一、海運進口貨櫃（物）卸船或由區外進儲自由港區者，港區門哨單位憑運送單，核對海關核發之特別准單訊息或轉運准單訊息，驗明與貨櫃（物）標誌、號碼及封條完整無訛後，辦理貨櫃（物）進區，並傳輸貨櫃動態至貨櫃動態資料庫。
二、空運進口貨物卸機或由區外進儲自由港區者，港區門哨單位憑海關核發之特別准單或轉運准單訊息，驗明運送單與保稅運貨工具或自由貿易港區專用車隊標誌及封條完整無訛後，辦理貨物進區。
三、保稅倉庫、物流中心貨物運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對保稅運貨工具或物流中心自營車隊或契約車隊、自由貿易港區專用車隊標誌及封條完整無訛後進區。
四、加工出口區、科學園區、農業科技園區、其他自由港區之貨物完成報關放行運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對保稅運貨工具或自由貿易港區專用車隊標誌、封條完整無訛及放行訊息進區；加工出口區、科學園區、農業科技園區之貨物，得運入自由港區辦理通關，港區門哨單位憑運送單核對無訛後進區。
五、課稅區、自用保稅倉庫、保稅工廠貨物運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對無訛後進區。
六、自由港區出口貨物經由區外裝船（機）出口者，港區門哨單位憑港區貨棧簽發之運送單核對放行訊息出區。
七、自由港區運往其他自由港區、保稅區、課稅區貨物，港區門哨單位憑港區貨棧簽發之運送單核對相關放行訊息出區。
八、自由港區事業貨物因修理、測試、檢驗、委託加工之進出區依第五款及第七款之規定辦理。
其他特殊情形之進出區，港區門哨單位憑海關簽發之核准文件辦理。
九、空貨櫃進出自由港區，港區門哨單位憑運送單出進站，並由運送人開啟空貨櫃接受警衛人員檢查。
十、有關貨櫃及貨物進出之動態訊息，港區門哨單位應即時登錄於港區貨物控管系統，並可提供海關線上查核；相關電腦紀錄及單證應保管一年。
十一、自由港區事業按月彙報貨物或機器、設備因急需出區修理者，港區門哨單位憑運送單辦理入出區，其於運抵港區門哨時，經抽驗機制篩選必須抽核者，由門哨人員留置，並通知海關辦理抽核。
港區管理機關配合前項第十一款作業，應提供海關辦理抽核之適當場所、設備，及於電子資料自動比對驗證及傳輸系統上執行線上注檢與列印運送單證、報表等機制設施，以查核貨物運送情形。
海關有正當理由認為有違反本條例之情事或就自主管理事項認有進行查核之必要者，得隨時派員查核（驗）貨物及其相關文件、帳冊、單據、信件、電腦檔案等資料，被查核人應予配合並給予必要之協助；必要時並得提取貨樣、型錄或說明書等。
海關實施查核時應著制服或提示足以證明其身分之憑證，並應告知被查核人。
海關執行查核應將經過情形作成書面紀錄交在場關係人閱覽後，由其中之一人會同海關一同簽名或蓋章；如有不能簽名蓋章或拒絕簽名蓋章者，應記明其事由。
海關查核（驗）貨物或提取貨樣準用關稅法第二十三條規定。
自由港區事業以外事業之貨物通關及管理，依關稅法相關規定辦理。