依本條例第二十三條第一項、第二十七條規定，自由港區事業輸往國內課稅區或保稅區之貨物，應按出區形態歸列應屬稅則號別、輸入規定，並依相關規定徵免進口稅費；其稅則號別、稅率、輸入規定之適用日期以報關日期為準。
本條例第二十三條第一項但書所稱之附加價值，指自由港區事業輸往課稅區貨物之完稅價格，扣除所使用之進口未稅、國產保稅及國產已退稅原料、物料及半製品價格之餘額。
自由港區事業之貨物輸往課稅區時，關稅之課徵，依下列原則辦理：一、經加工、製造之產品輸往課稅區，按本條例第二十三條第一項但書規定依運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。
但未依規定檢具相關證明文件供海關查核產品區內附加價值者，按運出港區時形態之完稅價格扣除百分之三十後課徵。
二、經重整或簡單加工之貨物輸往課稅區，按運出港區時形態之完稅價格，扣除區內附加價值後課徵。
三、自國外輸入之貨物以原形態輸往課稅區，其完稅價格之核估，依關稅法及其相關規定辦理。
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