行政訴訟及懲戒廳之職掌如下：
一、行政訴訟審判及強制執行事件之行政事項。
二、公務員懲戒審理之行政事項。
三、智慧財產訴訟審判及強制執行事件之行政事項。
四、職務法庭審判之行政事項。
五、行政訴訟、公務員懲戒、智慧財產訴訟及職務法庭有關司法法規之研擬事項。
六、其他交辦事項。