感染管制中心掌理事項如下：
一、感染監視系統之建立、教育、諮詢及研究。
二、法定與新興傳染病之預防、通報、流行疫情之監視、調查、檢驗、演習、分級動員及訓練。
三、支援建教合作醫療院所有關感染管制之醫療及教學相關業務。
四、其他有關感染管制醫療事項。