秋刀魚漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際作業月數占第十二條之二第三項配額使用期間之比率核給當年度配額；已核給配額者，依比率收回其配額；當年度無配額可收回時，應減少該船下一次許可之年度配額：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。
秋刀魚漁船取得當年度作業許可後，有下列情形之一者，主管機關得依下列規定收回單船可用配額：
一、未於當年八月三十一日前出港從事秋刀魚棒受網作業者，主管機關得收回其當年度單船可用配額。
二、當年度於北太平洋海域進行秋刀魚棒受網作業天數未達四十五日者，主管機關得收回其當年度未使用之單船可用配額。