為便於海岸巡防機關（以下簡稱海巡機關）與海關對於通商口岸、海域、海岸、河口與非通商口岸查緝走私工作之協調、聯繫，特依海岸巡防法第十二條第二項規定訂定本辦法。
通商口岸、海域、海岸、河口及非通商口岸查緝走私工作之執行，應依下列原則辦理：一、通商口岸（含港區、錨地及其臨近水域）：由海關辦理。
二、海域、海岸、河口及非通商口岸：由海巡機關負責查緝及調查，除法令另有規定外，應將查緝結果，連同緝獲私貨，移送海關處理。
海巡機關或海關於其管轄區域內發現應由他方辦理之案件時，除應為必要之處置外，並即通知他方機關。
海巡機關與海關於相互請求協助時，除緊急情形外，應以書面為之。
如係以其他方式請求協助，嗣後應補送書面資料。
海關因緝私需要，得請求海巡機關協助，海巡機關非有正當理由，不得拒絕。
海關執行緝私，或海巡機關協助緝私，發現有犯罪嫌疑者，應立即依法移送主管機關處理。
海巡機關與海關間應建立相關情資窗口，並維持聯繫及資源之共享，遇有緊急或重大狀況，即時互為通報。
海巡機關與海關間依法令須相互委託執行之事項，應依行政程序法相關規定辦理，為利執行，並得訂定相關作業流程。
海巡機關與海關間相互請求協助事項所需經費，得由請求之一方編列預算支應。
海巡機關與海關間，依法執行職務或相互請求協助無法獲致協議時，應報由海洋委員會及財政部協商解決。