海岸巡防機關（以下簡稱海巡機關）與行政院農業委員會及所屬機關暨受其業務督導之農漁政機關（以下簡稱農業機關），於海巡機關管轄區域內，執行有關農、林、漁、牧業法令（以下簡稱農業法令）所規範之事項時，應依下列規定辦理：一、海巡機關於海域、海岸、河口與非通商口岸依法執行職務時，查獲違法案件經依法處理後，如另涉及違反農業法令時，得再併相關事證移送農業機關辦理。
二、前款查獲案件倘涉及農業專責領域者，海巡機關認為必要時，得協調農業機關協助辦理。
三、農業機關依法令須委託巡防機關執行之事項，除依行政程序法第十五條第二項及第三項規定辦理外，並應訂定相關作業流程，以利執行。
海巡機關或農業機關於海巡機關管轄區域內，發現應由他方調查、辦理之案件時，應為必要之處置，並即通知他方機關。
海巡機關與農業機關於相互請求協助時，除緊急情形外，應以書面為之。
如係以其他方式請求協助，嗣後應補送書面資料。
海巡機關與農業機關間，得建立相關通信、資訊網路與資料庫連結交換系統，並維持聯繫及資源之共享。
遇有緊急或重大狀況時，應即時相互通報。
海巡機關與農業機關為加強協調聯繫，得依地區實際需要由各所屬機關召開地區性會議，研商依法令辦理事項之內容、方式及配合事宜。
前項協調聯繫會議於必要時，得邀請其他有關機關參加。
海巡機關得委託農業機關代為辦理海岸巡防人員漁獲鑑識等相關專業教育訓練，所需經費由海巡機關編列預算支應。
海巡機關與行政院農業委員會所屬機關間，依法執行職務或相互請求協助無法獲致協議時，應報由海洋委員會與行政院農業委員會協商解決。