為維護臺灣地區海域及海岸秩序，與資源之保護利用，確保國家安全，保障人民權益，特制定本法。
本法用詞，定義如下：一、臺灣地區：指臺灣、澎湖、金門、馬祖及政府統治權所及之其他地區。
二、海域：指中華民國內水（不含內陸水域）、領海、鄰接區、專屬經濟海域、大陸礁層上覆水域及其他依法令、條約、協定或國際法規定我國得行使管轄權之水域。
三、海岸：指臺灣地區之海水低潮線以迄高潮線起算五百公尺以內之岸際地區及近海沙洲。
四、海岸管制區：指由國防部會同海洋委員會、內政部根據海防實際需要，就臺灣地區海岸範圍內劃定公告之地區。
五、海岸巡防機關（以下簡稱海巡機關）：指海洋委員會海巡署、海洋保育署及其所屬機關（構）。
海巡機關掌理下列事項：一、海岸管制區之管制及安全維護。
二、入出港船舶或其他運輸工具之安全檢查。
三、海域、海岸、河口與非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、執行通商口岸人員之安全檢查及其他犯罪調查。
四、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。
五、走私情報之蒐集、滲透與安全情報之調查及處理。
六、海洋環境之保護及保育。
七、執行事項：（一）海上交通秩序之管制及維護。
（二）海上救難、海洋災害救護及海上糾紛之處理。
（三）漁業巡護及漁業資源之維護。
八、其他有關海岸巡防之事項。
前項第五款有關海域與海岸巡防涉及國家安全情報部分，應受國家安全局之指導、協調及支援。
海巡機關人員執行職務時，得行使下列職權。
但不得逾越必要程度：一、對進出通商口岸之人員、船舶、車輛或其他運輸工具及載運物品，有正當理由，認有違反安全法令之虞時，得依法實施安全檢查。
二、對進出海域、海岸、河口、非通商口岸、航行領海內之船舶或其他運輸工具及其載運人員、物品，有正當理由，認有違法之虞時，得依法實施檢查。
三、對航行海域內之船舶或其他運輸工具，有正當理由，認有違法之虞時，得命船舶出示船舶文書、航海紀錄及其他有關航海事項之資料。
四、對航行海域內之船舶或其他運輸工具，根據船舶外觀、國籍旗幟、航行態樣、乘載人員及其他異常舉動，有正當理由，認有違法之虞時，得命船舶或其他運輸工具停止航行、回航，其抗不遵照者，得以武力令其配合。
但武力之行使，以阻止繼續行駛為目的。
五、對航行海域內之船舶或其他運輸工具，如有損害中華民國海域之利益及危害海域秩序行為或影響安全之虞者，得進行緊追、登臨、檢查、驅離；必要時，得予逮捕、扣押或留置。
六、其他依法令、條約、協定或國際法規定得行使之職權。
海巡機關人員執行前項職權，若有緊急需要，得要求附近船舶及人員提供協助。
海巡機關人員為執行職務，必要時得進行身分查證及資料蒐集；其職權之行使及權利救濟，除法規另有規定者外，準用警察職權行使法第二章及第四章規定。
船舶或其他運輸工具之船長、管領人、所有人或營運人對海巡機關人員依第四條第一項規定所實施之檢查、出示文書資料、停止航行、回航、登臨或驅離之命令，不得規避、妨礙或拒絕。
違反前項規定者，海巡機關人員得以強制力實施之，但不得逾必要之程度。
違反第一項規定者，處船長、管領人、所有人或營運人新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰。
海巡機關人員行使第四條所定職權，有正當理由，認其有身帶物件且有違法之虞時，得令其交驗該項物件，如經拒絕，得搜索其身體。
搜索身體時，應有海巡機關人員二人以上或海巡機關人員以外之第三人在場。
搜索婦女之身體，應命婦女行之。
但不能由婦女行之時，全程錄影存證者，不在此限。
海巡機關人員執行查緝走私、非法入出國及其他犯罪調查職務，必要時得於最靠近進出海岸之交通道路，實施檢查。
海巡機關人員執行查緝走私、非法入出國及其他犯罪調查職務，遇有急迫情形時，得於管轄區域外，逕行調查犯罪嫌疑人之犯罪情形及蒐集證據，並應立即知會有關機關。
海巡機關人員執行查緝走私職務，應將查緝結果，連同緝獲私貨，移送主管機關處理。
海巡機關人員執行查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查職務，因而發現犯罪嫌疑者，應依法移送主管機關辦理。
海巡機關主管業務之簡任職、上校、警監、關務監以上人員，執行犯罪調查職務時，視同刑事訴訟法第二百二十九條之司法警察官。
前項以外海巡機關主管業務之薦任職、上尉、警正、高級關務員以上人員，執行犯罪調查職務時，視同刑事訴訟法第二百三十條之司法警察官。
前二項以外之海巡機關人員，執行犯罪調查職務時，視同刑事訴訟法第二百三十一條之司法警察。
前三項人員，除原具司法警察身分者外，須經司法警察專長訓練，始得服勤執法；其訓練機構、課程、退訓、考核、證書及其他相關事項之辦法，由海洋委員會定之。
海巡機關與國防、警察、海關及其他相關機關應密切協調、聯繫；關於協助執行事項，並應通知有關主管機關會同處理。
前項協調、聯繫辦法，由海洋委員會會同有關機關定之。
海巡機關執行職務得配置設備與性能合適之艦艇、航空器、車輛、武器、彈藥、高科技監控系統及其他必要之器械。
前項艦艇、航空器、車輛、武器、彈藥、監控系統等，應予編號，並附加專用標誌；其制式，由海巡機關定之。
海巡機關人員執行職務時，得使用武器及其他必要之器械；其使用辦法，以法律定之。
海巡機關人員執行職務時，應穿著制服或出示證明文件。
前項制服、證明文件之制式，由海洋委員會定之。
海巡機關為執行職務，得設置專線電話受理民眾報案。
無故撥打專線電話經勸阻不聽或故意謊報案件者，處新臺幣三千元以上一萬五千元以下罰鍰。