交通部及所屬機關（構）依法規須委託海岸巡防機關（以下簡稱海巡機關）執行之事項，應依行政程序法第十五條規定，將委託事項及法規依據公告之。
海巡機關與交通部及所屬機關（構）間，於相互請求協助時，應依行政程序法第十九條規定，除緊急情形外，應以書面為之。
如係以其他方式請求協助，應補送書面資料。
海巡機關依法執行各項任務時，得依相關法規洽請交通部及所屬機關（構），提供犯罪情資及犯罪調查所需資料，以共同打擊犯罪。
海巡機關與交通部及所屬機關（構）間，得依任務需要建立協商機制，並依相關法規，請求提供氣象、水文、車籍、船籍及其他資料與通信資源，俾利任務遂行。
海巡機關與交通部及所屬機關（構），應設置相對通報窗口，並密切保持聯繫，遇有緊急或重大狀況時，應即時相互通報。
海巡機關與交通部及所屬機關（構）間，依法執行職務不能獲致協議時，應報由海洋委員會及交通部協商解決。