本標準依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第八十條之一第二項規定訂定之。
大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，經扣留者，由海岸巡防機關依下列規定裁罰：一、漁船：（一）總噸位未滿十：處新臺幣三十萬元以上六十萬元以下罰鍰。
（二）總噸位十以上，未滿一百：處新臺幣六十萬元以上一百二十萬元以下罰鍰。
（三）總噸位一百以上，未滿三百：處新臺幣一百二十萬元以上二百四十萬元以下罰鍰。
（四）總噸位三百以上：處新臺幣二百四十萬元以上六百萬元以下罰鍰。
二、抽砂船：（一）總噸位未滿一千：處新臺幣三百萬元以上五百萬元以下罰鍰。
（二）總噸位一千以上未滿二千：處新臺幣五百萬元以上七百萬元以下罰鍰。
（三）總噸位二千以上：處新臺幣七百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
三、其他類船舶：（一）總噸位未滿一千：處新臺幣一百萬元以上三百萬元以下罰鍰。
（二）總噸位一千以上未滿二千：處新臺幣三百萬元以上五百萬元以下罰鍰。
（三）總噸位二千以上：處新臺幣五百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
有暴力攻擊執法人員、妨害公務或其他違法情節重大者，得加重裁罰，最高得處新臺幣一千萬元罰鍰。