行政院海岸巡防署(以下簡稱海巡署)所屬軍職人員得與國防部所屬機構、部隊之人員交流互調。
前項人員之交流互調作業規定，由海巡署會同國防部另定之。
為因應任務需要，海巡署所屬軍職人員得委託國防部代為教育訓練。
前項教育訓練實施要點由海巡署會同國防部定之。
海岸管制區之劃定、公告事宜，由國防部會同海巡署、內政部根據海防及軍事安全實際需要，就台灣地區海岸範圍內劃定公告之。
前項管制區(不含管制區內之軍事設施)之入出申請許可、管制及安全維護，由海巡署所屬巡防機構辦理；設於管制區內之軍事設施，則由作戰區辦理。
人民入出海岸管制區作業規定，由國防部會同海巡署、內政部定之。
海巡署因執行巡防任務之需要，得請求國防部提供必要之海、空軍氣象、地圖、海圖、數值地圖、衛(空)照圖等資料，及雷情、空偵、電偵及刑事鑑識等支援，以協助其執行任務。
海巡署依前項規定所取得之資料，應遵照軍機種類範圍準則之軍機保密有關規定辦理。
海巡署所屬人員因任務需要，派赴他國執行情報蒐集工作時，得依需要請求國防部駐外單位支援協助。
海巡署及國防部應相互合作，密切協調，彼此提供影響海域、海岸安全之預警、雷情及滲透情資等資料，共同維護國家安全。
前項資料之傳遞，應以書面、電話、傳真、資訊網路或其他適當方式為之，並得依需要由雙方相對業管單位成立專責小組處理之。
海巡署執行任務所需之各式國軍制式夜視、觀測及照明等偵搜裝備，得委託國防部所屬機構研發、生產及提供後續之補給、修護等事項。
海巡署及所屬機構之各式國軍制式武器、彈藥、化學、通信、偵搜等裝備之保修作業，得委託國防部支援。
前項支援要點由海巡署會同國防部定之。
國防部得依實際需要，將東、南沙地區之重要軍事設施管制區之檢查、管制事宜委託海巡署辦理。
前項地區如遭受軍事武力威脅時，國防部得依作戰任務需要，調派兵力馳援。
第一項地區之地區防衛性武器射擊時機、程序及權責由國防部訂定後，委託海巡署所屬機構執行，為使馳援軍事行動順利遂行，地區防衛性武器調整部署時，由海巡署會同國防部辦理。
海巡署所屬外、離島機構人員之緊急重大傷病後送，除依國軍聯合傷患協調中心作業規定辦理外，必要時得請求國防部支援海、空後送醫療任務。
海巡署外、離島地區之武器、彈藥等裝備運輸，基於安全需要，得請求國防部支援運送。
前項支援要點由海巡署會同國防部定之。
海巡署及國防部應督導所屬機構、部隊，訂定有關之相互支援協調要點。
海巡署及國防部所屬機構、部隊得依任務相互支援合作，採相關保密措施，共同協議建立通信、資訊網路與資料系統連結交換機制，並相互協調提供通信電子資訊站台之設施支援。
為因應戰時任務需要，國防部所屬機構、部隊與海巡署所屬機構間應建立指揮、管制、情報、傳遞等通連電路及通資網路，銜接之電(網)路由需求單位負責構建。
海巡署各級勤務指揮中心及國防部各級戰情中心(含情報次長室)應每日定時聯繫，遇有緊急或重大狀況時，應即時相互通報。
海巡署所屬機構執行巡防任務時，得請求國防部所屬機構、部隊支援。
國防部所屬機構、部隊執行國防軍事任務時，得請求海巡署所屬機構支援。
海巡署與國防部所屬機構、部隊於接獲前二項請求支援時，得相互配合支援，若人力、物力不足支援時，應報請上級單位調派之。
前項之支援申請，應以書面為之。
但遇有緊急情形，得以電話、傳真或其他適當方式為之。
為落實國防法第四條及行政院海岸巡防署組織法第二十四條之規定，國防部及所屬機構、部隊執行年度戰備演訓、兵棋推演、作戰計畫策(修)訂作業時，海巡署及所屬機構，應適時配合參與，並依所賦予之作戰任務完成作戰計畫之策訂。
國防部及所屬機構、部隊執行前項任務時，應先以書面或其他適當方式通知海巡署及所屬機構。
海巡署及所屬機構因處理重大事件時，得暫停參與各項演訓；有關暫停參與各項演訓之重大事件認定基準，由海巡署會商國防部另訂之。
有關相互請求支援、委託事項，其所需經費，由請求或委託之一方編列、支應之。
海巡署及國防部所屬機構、部隊於相互請求支援有關事項不能獲致協議時，應逐級會商解決。
海巡署及國防部業務主管單位，應視業務需要經常保持聯繫，並訂定細部協調聯繫要點。
海巡署及國防部所屬機構、部隊得共同協議訂定臺灣本島及外、離島應變支援計畫。