森林區域內有下列條件之一者，得設置為自然保護區：一、具有生態及保育價值之原始森林。
二、具有生態代表性之地景、林型。
三、特殊之天然湖泊、溪流、沼澤、海岸、沙灘等區域。
四、保育類野生動物之棲息地或珍貴稀有植物之生育地。
五、其他經主管機關認定有特別保護之必要。
自然保護區有下列情形之一者，得廢止或調整之：一、保護目的已達成，無繼續設置之必要。
二、保護對象消失或他遷，無從恢復或復育。
三、保護區之功能與效用，已有其他保護區或保育措施得以替代。
自然保護區之設置地點及範圍，由森林所有人，擬具綱要規劃書，載明下列事項，報請中央主管機關核定公告；變更時亦同。
一、林地位置、範圍、面積。
二、環境特質及資源現況。
三、設置或變更之理由。
四、既有之保育措施及未來之保育策略。
自然保護區之設置地點及範圍，經核定公告後，森林所有人或經公告指定之管理經營機關應於六個月內，擬訂自然保護區經營管理計畫（以下簡稱經營管理計畫），並在森林所在地之鄉（鎮、市、區）公所舉行說明會，聽取當地居民意見後，報請中央主管機關核定實施；變更時亦同。
前項經營管理計畫，應載明下列事項：一、計畫緣起：設立之目的、依據、範圍。
二、計畫目標及內容：計畫欲達成之目標、期程、需求經費及內容。
三、計畫地區環境特質及資源現況：自然及人文環境、自然資源及土地利用現況、現有設施及現有潛在因子、因應策略。
四、分區規劃及保護利用管制事項：分區規劃範圍、環境資源及環教推廣、設施維護及重大災害應變。
五、分區之許可、管制及利用事項。
六、委託管理事項。
七、圖籍資料：保護區面積在一千公頃以下，比例尺不得小於五千分之一；面積超過一千公頃者，比例尺不得小於二萬五千分之一，可清楚顯示界線之相關位置圖。
八、附錄及其他指定事項，包括說明會紀錄。
經營管理計畫每五年至少通盤檢討一次。
第一項說明會得結合網際網路資源，徵集意見。
公有林或私有林有符合第二條之條件，管理經營機關或所有人不依前二條辦理者，中央主管機關得輔導其辦理，經輔導仍不辦理者，由中央主管機關逕行訂定公告實施；變更時亦同。
管理經營機關得視自然保護區內環境特性及生態狀況劃分下列各區，並報經中央主管機關同意後管理之：一、核心區：指受保護對象之主要生存、棲息、繁衍及族群最集中或地質地形最脆弱敏感之區域，並具易辨識區隔之天然或人為界線，區內僅供科學研究及生態監測活動。
二、緩衝區：指位於核心區外圍，隔離外界與核心區，以減少外在環境對核心區之影響。
區內可進行與核心區相關之科學研究與生態及人文監測活動，並容許有限度之環境教育活動。
三、永續利用區：指位於緩衝區外圍，以維護保育對象的生存、繁衍，並促進鄰近社區之發展，區內資源容許有限度之利用。
管理經營機關得將下列自然保護區管理事務項目，委託或補助研究機構、民間保育團體、個人(以下簡稱管理單位)辦理。
一、自然保護區內生態資源調查、環境監測及資料庫之建立。
二、自然保護區之資源維護及管理。
三、自然保護區內科學研究、教育宣導等活動之舉辦及許可。
自然保護區內禁止下列行為：一、採折花木，或於樹木、岩石、標示、解說牌或其他土地定著物加刻文字或圖形。
二、經營流動攤販。
三、隨地吐痰、拋棄瓜果、紙屑或其他廢棄物。
四、污染地面、牆壁、樑柱、水體、空氣或製造噪音。
五、騷擾或毀損野生動物巢穴。
六、擅自進入自然保護區內。
在自然保護區之核心區與緩衝區，有下列情形，應經管理經營機關許可後進入。
一、為學術研究必要者。
二、為控制或防護傳染疫病所必要者。
三、為維護原有之自然環境所必要者。
前項進入之期間、範圍、人數以及從事之行為種類、地點等事項，管理經營機關應依保護區經營管理計畫審核。
在自然保護區之永續利用區，經申請管理經營機關或管理單位轉主管機關許可者，得為下列行為：一、設置廣告、招牌或其他類似物。
二、採集標本。
三、焚毀草木。
四、填塞、改道或擴展水道或水面。
五、經營客、貨運。
六、有正當理由，必須使用影響森林環境之交通工具者。
七、引進或攜出動、植物等天然出產物。
八、探採礦、採取土石、挖掘埋藏物或改變水文、地形、地貌之行為。
九、溯溪或泛舟。
十、動、植物之復育。
十一、經營管理計畫應經許可之事項。
前項申請書格式如附表。
依前條第二款申請者，應檢附載明採集物種之名錄、數量及用途計畫書；如發現新種或新紀錄種，而需採集，應於採集發生三個月內補提出申請。
依前條第十款申請者，應檢附載明復育之種類、方式、對生態環境之影響評估及預期效益計畫書。
在自然保護區內辦理經許可之各項相關活動或執行計畫，不得損害自然保護區環境，並應接受管理經營機關及管理單位之監督，其成果應於計畫結束後三個月內送管理經營機關備查。