本辦法依文化資產保存法（以下簡稱本法）第八十六條第二項規定訂定之。
有下列情形之一者，得經主管機關許可進入自然保留區：一、原住民族為傳統文化、祭儀之需要。
二、研究機構或大專院校為學術研究之需要。
三、民眾為環境教育之需要。
四、其他經主管機關認可之特殊需要。
違反第八條所列行為之一者，主管機關於該違規事實發生之日起三年內，不得許可其進入自然保留區。
申請進入自然保留區，應填具申請書，載明進入之目的、期間、範圍、人員名冊及從事之行為種類、地點等事項，以書面或網路申請系統向主管機關提出，並經主管機關許可後，始得進入。
研究機構或大專院校依前條第一項第二款規定申請時，應另附研究計畫書，敘明研究目的、範圍（地區）、方法及預期成果。
主管機關應視自然保留區管理維護計畫及該區之承載量，審核申請進入自然保留區之期間、範圍、人數及從事之行為種類、地點等事項。
目的事業主管機關為災害防救或重大疫病蟲害之緊急處理，得逕行進入自然保留區，並報主管機關備查。
主管機關或管理維護者，於自然保留區發生前條之情事或因其他原因須緊急處理之必要時，得逕行關閉或限制人員進出自然保留區，或採取其他必要措施。
許可進入日，如遇有逕行關閉或限制人員進出之情形，原許可失其效力，應重新申請。
進入自然保留區人員應隨身攜帶許可及身分證明文件，並隨時接受查驗。
經許可進入自然保留區之人員，禁止為下列行為：一、改變或破壞其原有自然狀態。
二、攜入非本自然保留區原有之動植物。
三、採集標本。
四、在自然保留區內喧鬧或干擾野生物。
五、於植物、岩石及標示牌上另加文字、圖形或色帶等標示。
六、進入指定地點以外之區域。
七、污染環境或丟棄廢棄物。
八、露營、野炊、燃火、搭設棚帳、駕駛機動車輛、船舶及其他載具或操作空拍機。
九、游泳、騎乘自行車、越野路跑或舉辦競賽活動。
十、其他經主管機關認屬破壞或改變原有自然狀態之行為。
前項第二款、第三款、第五款、第六款及第八款之行為，因保育目的或學術研究所需，經主管機關許可者，始得為之。
申請進入自然保留區團體，其領隊或研究計畫主持人應攜帶許可人員名冊，並督導其成員遵守自然保留區應遵行事項。
違反第八條規定者，管理維護者應即制止取締，報請主管機關依本法相關規定處理及廢止其進入許可。
主管機關就自然保留區之申請進入許可、管制、管理維護、或取締制止違規事項，得委任所屬機關、委辦直轄市、縣（市）主管機關、鄉（鎮、市）公所或委託其他機關（構）、學校、團體執行。