本辦法依國家中山科學研究院設置條例第二十一條第二項規定訂定之。
國防部（以下簡稱本部）為辦理國家中山科學研究院（以下簡稱中科院）年度營運（業務）之績效評鑑，設績效評鑑會（以下簡稱評鑑會）。
評鑑會置委員九人至十三人，其中一人為召集人，由本部指定，其餘委員由本部遴聘（派）政府相關機關代表、學者專家及社會公正人士擔任。
前項學者專家及社會公正人士之評鑑會委員不得少於三人。
評鑑會委員任期三年，期滿得續聘（派），連聘得連任之。
但代表政府機關出任之委員，應依其職務異動之。
評鑑會委員應遵守利益迴避原則，不得假借職務上之權力、機會或方法，圖謀本人及其關係人之利益；其利益迴避之範圍，準用公職人員利益衝突迴避法之規定。
評鑑會會議由召集人召集之，並擔任主席；召集人請假或因故未能行使職權時，應指定委員一人代理之；未指定或不能指定者，由委員互推一人代理之。
評鑑會會議經委員總人數過半數之出席始得開會；其決議以出席委員三分之二同意行之。
前項應出席或已出席委員人數之計算，不包括應迴避或已迴避之委員。
評鑑會實施績效評鑑，應著重國防任務、中科院未來五年期國防科技研究、應用及產製計畫、年度營運（業務）計畫之達成。
績效評鑑之內容如下：一、中科院年度執行成果之考核。
二、中科院業務績效及目標達成率之評量。
三、中科院經費核撥之建議。
四、其他有關事項。
中科院應於每年四月一日前提出未來五年期國防科技研究、應用及產製計畫，由本部於同年七月一日前核定。
中科院應於每年七月十五日前提出次年度營運（業務）計畫，由本部於同年十月一日前備查。
本部辦理績效評鑑之作業程序如下：一、自評：中科院應配合年度決算於會計年度終了時，擬具年度績效評鑑報告，經董事會完成自評，並填具績效評鑑自評報告，併同年度決算書於次年三月一日前提交本部複評。
二、複評：評鑑會複評時，得視需要辦理實地查證，並參酌前款績效評鑑自評報告及其他相關資料，加註審查意見或建議事項，以書面送請中科院提出說明後，於次年六月一日前完成複評。
三、核定：本部應於次年七月一日前核定績效評鑑報告，由中科院於七月十五日前公告年度績效評鑑報告。
本部應於次年八月三十一日前提交績效評鑑分析報告，送立法院備查；並得作為本部編列年度預算補助之參據，提供中科院作為改善之依據。
本部為辦理績效評鑑，得依評鑑項目不定期實地訪視，並擬具訪視報告，提供評鑑會參考。
績效評鑑相關資料涉及國家安全或利益而有保密之必要者，適用國家機密保護法及其施行細則之規定。