本辦法依國家中山科學研究院設置條例（以下簡稱本條例）第十五條第一項規定訂定之。
本辦法所稱利益衝突，指董事、監事及院長執行職務時，得因其作為或不作為，直接或間接使本人或其關係人獲取利益者。
本條例第十五條第一項所稱利益，包括財產上利益及非財產上利益。
前項所稱財產上利益如下：一、動產、不動產。
二、現金、存款、外幣、有價證券。
三、債權或其他財產上權利。
四、其他具有經濟價值或得以金錢交易取得之利益。
第一項所稱非財產上利益，指有利董事、監事及院長或其關係人於國家中山科學研究院（以下簡稱中科院）之進用、陞遷、調動及其他人事措施之事項。
中科院董事及院長在行政程序中，有下列各款情形之一者，應即自行迴避：一、本人或其配偶、前配偶、四親等內之血親或三親等內之姻親或曾有此關係者為事件之當事人時。
二、本人或其配偶、前配偶，就該事件與當事人有共同權利人或共同義務人之關係。
三、現為或曾為該事件當事人之代理人、輔佐人。
四、於該事件，曾為證人、鑑定人。
中科院董事及院長有下列各款情形之一者，當事人得申請迴避︰一、有前條所定之情形而不自行迴避。
二、有具體事實，足認其執行職務有偏頗之虞。
前項申請，應舉其原因及事實，向董事會為之，並應為適當之釋明；被申請迴避之中科院董事及院長，對於該申請得提出意見書。
不服董事會之駁回決定者，得於五日內提請國防部（以下簡稱本部）覆決，本部除有正當理由外，應於十日內為適當之處置。
被申請迴避之中科院董事及院長在董事會就該申請事件為准許或駁回之決定前，應停止行政程序。
但有急迫情形，仍應為必要處置。
中科院董事及院長有前條所定情形不自行迴避，而未經當事人申請迴避者，應由董事會依職權命其迴避。
關係人不得向中科院有關人員關說、請託或以其他不當方法，圖其本人或中科院董事、監事及院長之利益。
中科院依法令規定或業務需求應辦理之事項，與其有利益關係之中科院董事、監事或院長不得參與該事項之議決。
中科院董事及院長有違反利益衝突之規定者，董事會應審酌其情狀，並給予申訴、答辯及陳述意見之機會。
中科院之現役軍人及公務人員有違反利益衝突之規定者，依相關規定追究其法律責任；院長未具現役軍人或公務人員身分者，依中科院人事管理規章處置。
中科院董事及院長違反本辦法規定，並經董事會議決認定其違反職務上義務情節重大或不適任職位者，董事提請行政院院長解聘之；院長依相關規定免除職務。
董事會未依前三項規定處置或處置不當者，本部得通知董事會另為適當之處置。
中科院監事有違反本辦法規定者，由本部準用前條規定處置之。