本辦法依國家中山科學研究院設置條例第二十四條第一項但書規定訂定之。
本辦法之適用對象，以國家中山科學研究院（以下簡稱本院）於改制之日隨同移轉繼續任用軍職人員（以下簡稱繼續任用軍職人員）為範圍。
繼續任用軍職人員之晉任，依下列方式辦理：一、軍官：由本院陳報監督機關辦理。
二、士官：由本院核定後，陳報監督機關任之。
繼續任用軍職人員之任職、調職、免職、停職、撤職、留職停薪及復職，依下列方式辦理：一、將官：由本院陳報監督機關核定或由監督機關轉呈總統核定。
二、校官、尉官、士官：由本院核定，人事命令副本分送監督機關及各軍司令部登記。
繼續任用軍職人員申請志願留營，由本院核定，人事命令副本分送監督機關及各軍司令部登記。
繼續任用軍職人員申請轉服常備軍官、士官，由本院核定，人事命令副本分送監督機關及各軍司令部登記。
繼續任用軍職人員俸級晉支，依下列方式辦理：一、將官：由本院陳報監督機關核定發布。
二、校官、尉官、士官：由本院核定發布，副本分送監督機關及各軍司令部登記。
繼續任用軍職人員之各級考績官，由本院依單位編組型態定之。
繼續任用軍職人員依有關法令規定支領年終工作獎金（慰問金）、婚、喪、生育及子女教育補助，及依國軍軍官士官請假規則發給之慰勞假補助費，其所需經費於本院年度預算相關科目項下支應。
繼續任用軍職人員應由政府撥繳軍人保險與全民健康保險之保險費及軍人退除給與、撫卹金之費用，由本院編列預算支應。
軍職人員自付額部分，由本院於每月發薪時代扣及撥付。