本部辦理績效評鑑之作業程序如下：一、自評：中科院應配合年度決算於會計年度終了時，擬具年度績效評鑑報告，經董事會完成自評，並填具績效評鑑自評報告，併同年度決算書於次年三月一日前提交本部複評。
二、複評：評鑑會複評時，得視需要辦理實地查證，並參酌前款績效評鑑自評報告及其他相關資料，加註審查意見或建議事項，以書面送請中科院提出說明後，於次年六月一日前完成複評。
三、核定：本部應於次年七月一日前核定績效評鑑報告，由中科院於七月十五日前公告年度績效評鑑報告。
本部應於次年八月三十一日前提交績效評鑑分析報告，送立法院備查；並得作為本部編列年度預算補助之參據，提供中科院作為改善之依據。
本部為辦理績效評鑑，得依評鑑項目不定期實地訪視，並擬具訪視報告，提供評鑑會參考。
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