管理單位申請認定海洋有效保育區，應檢具前條及下列資料，向中央主管機關提出：
一、符合第四條第一項第五款至第七款之證明文件。
二、申請區域之所有權人、用益物權人或其他相關權利人之同意書。
三、申請區域之使用許可項目、管理單位、管理計畫及經營概況。
四、申請區域之生態資源報告。
五、環境現況，並以照片、影片、影像、圖示或海圖等方式說明。
六、管理制度之公平合理性及利害關係人之溝通情形說明。
七、其他中央主管機關指定之資料。