秋刀魚漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際作業月數占第十二條之二第三項配額使用期間之比率核給當年度配額；已核給配額者，依比率收回其配額；當年度無配額可收回時，應減少該船下一次許可之年度配額：
一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。
二、遭外國政府扣押在港內。
秋刀魚漁船取得當年度作業許可，於當年九月三十日前未出港作業者，主管機關收回其單船許可配額之百分之五十。