貨物有下列情形之一者，由航港局另行填發商港服務費繳納單補收差額：
一、商港服務費收費系統無法辨識貨櫃尺寸，而以每整櫃貨二十呎以下收費規定先行計收後，經查證係二十一呎以上貨櫃。
二、繳納義務人及其委託之報關業者，應於報關單中填列整櫃貨之貨櫃號碼而未填列，致商港服務費收費系統誤以併櫃貨收費規定計收後，經查證係整櫃貨裝載。