役政司分設八科，各科掌理事項如下：一、兵役行政科(一)關於地方役政機構組織法規、編制與設置之事項。
(二)關於役政幹部、人員全般教育政策及訓練計畫等事項。
(三)關於推行兵役事務獎懲辦法之修正及各該適用人員之獎懲事項。
(四)關於妨害兵役治罪相關事項之處理及案件調查分析等事項。
(五)關於役政人員人事業務之聯繫與資料之建立及學術研究發展之整理與編撰等事項。
(六)關於地方役政施政計畫之審議。
(七)關於有關役政法令規章之研擬審核綜合整理及重要案件、措施研處等事項。
(八)關於各國兵役與動員制度之資料蒐集整理分析與研究。
(九)關於替代役役男服役期間之役籍管理身分證明及服役期滿證明書與服裝之製發管理事項。
(十)關於替代役役男服勤及生活管理督導、管理幹部之甄選及進用管理、役男服役期間獎懲、申訴及徵兵處理等案件之調查、處理及替代役役男發生重大違法案件及事故之調查處理事項。
(十一)關於替代役之需用機關服勤管理規定之審議及聯繫會報辦理、紀律狀況月報表之彙整統計維護及役政風紀之策劃與督考督察作業手冊之擬訂與修正督察會報之辦理事項。
(十二)關於替代役訓練計畫之擬訂及流路排定、協調、管制及替代役役男驗退業務之協調處理及替代役役男輔導教育訓練之辦理事項。
(十三)關於戶役政資訊系統之研究發展及規劃役政資訊網路、辦公自動化規劃管理及維護事項。
(十四)關於不屬其他各科事項。
二、兵員徵集科(一)關於徵兵政策之規劃與協調事項。
(二)關於年度徵兵及齡男子基本資料編立之策劃與督導事項。
(三)關於體位區分標準之研擬與修正。
(四)關於僑民(生)役男服役處理及督導。
(五)關於審查替代役役男因體位變更辦理停役送檢事宜。
(六)關於替代役役男家庭發生變故申請提前退役之協調督導與審核。
(七)關於替代役審議委員會委員之聘任及會議召開。
(八)關於家庭、宗教因素服替代役之策劃與審定。
(九)關於替代役役男公、病、意外傷殘檢定標準之訂定。
(十)關於需用機關人員與經費需求決定事項。
(十一)關於替代役役男類別專長甄審，分發及延期徵訓入營處理事項。
(十二)關於替代役徵集員額決定事項。
三、軍人權益科(一)關於服兵役役男保留底缺、年資、學籍、入學資格及輔導就業等事項。
(二)關於服兵役役男退伍後之復職就業案件處理事項。
(三)關於服兵役役男殘廢就養、就醫、就業之策劃協調與督導等案件處理事項。
(四)關於服兵役役男家屬生活扶助法令訂定及發放標準等案件處理事項。
(五)關於服兵役役男家屬急難之慰助事項。
(六)關於服兵役役男家屬減免費就醫之事項。
(七)關於服兵役役男遺族生活扶助之策劃及就學就業輔導事項。
(八)關於服兵役役男家屬優待及留守業務協調與指導事項。
(九)關於軍人公墓整建之策劃與督導事項。
(十)關於兵役宣導之策劃指導及模範徵屬表揚。
(十一)關於替代役役男撫卹業務規劃及撫卹金核發事項。
(十二)關於服兵役役男傷殘、死亡慰問金標準訂定及發放事項。
(十三)關於替代役役男保險業務政策擬訂及相關處理事項。
(十四)關於替代役役男一般保險費率及團體意外保險契約訂定事項。
(十五)關於替代役役男薪餉業務規劃及相關處理事項。
四、兵力動員科(一)關於國民兵編組、管理及運用之督導、考核事項。
(二)關於後備軍人、替代役備役役男管理之協調及指導事項。
(三)關於後備軍人、替代役備役役男各種統計資料之分析及運用事項。
(四)關於後備軍人緩召、逐召及儘召等業務之協調、指導事項。
(五)關於後備軍人、替代役備役役男轉役、免役、回役、除役、禁役之處理事項。
(六)關於後備軍人、替代役備役役男輔導就業及職業訓練之辦理協調事項。
(七)關於對直轄市、縣(市)政府有關後備軍人、替代役備役役男召集作業督導事項。
(八)關於兵籍資料編立之協調及指導事項。
(九)關於兵役動員及兵源政策與人力調查、分配、運用之籌劃、協調及指導事項。
(十)關於軍事人力及分配、運用及人口政策之協調事項。
(十一)關於動員召集及臨時召集之配合、指導事項。
(十二)關於兵役協會事項。
(十三)關於女性輔助兵役勤務政策之研訂事項。
五、兵役督察科(一)關於兵役行政業務年度績效綜合考查及建議意見之核處。
(二)關於推行兵役事務獎懲辦法之修正及役政人員、軍事人員與協助推行役政人員之獎懲。
(三)關於妨害兵役業務。
(四)關於役政人事務及地方役政施政計畫之審議。
(五)關於役政學術研究發展各國及兵役制度之資料蒐集整理分析與研究。
(六)關於國民服兵役業務及兵要地誌調查。
(七)關於兵力政策、人力調查及人力分配之協調研究。
(八)關於後備軍人各種召集處理及轉、免、除役及禁役事項。
(九)關於戶政役政聯繫配合作業有關協調與指導。
(十)關於後備軍人法令之修訂解釋及各種統計資料之分析運用。
六、兵員配賦科(一)關於兵額配賦之規劃與協調。
(二)關於兵員徵集梯次員額之協調。
(三)關於年度役男抽籤之策劃及督導。
(四)關於常備兵徵集入營之策劃與督導。
(五)關於役男免役、禁役、緩徵案件之處理與督導。
(六)關於役男入出境之管理與督導。
(七)關於香港、澳門、大陸地區來台役男徵處之管理與督導。
(八)關於考取國軍技術學校及警察(官)學校之協調及督導。
(九)關於軍校退(休)學開除學籍學生服役疑義案件之核處。
(十)關於志願提前入營作業之策劃及督導。
七、體檢作業科(一)關於役男兵籍調查及建立兵籍資料之督導。
(二)關於年度徵兵檢查策劃督導。
(三)關於役男因家庭因素申請服補充兵役策訂與督導。
(四)關於役男徵額歸列及異動管理督導及協調。
(五)關於役男體位審查委員會委員聘任及會議之召開。
(六)關於役男申請複檢及驗退複檢之督導及協調。
(七)關於徵兵檢查弊端之查核與處理。
(八)關於現役軍人身分登記或兵籍移轉疑義案件之核釋。
(九)關於役男申請年齡更正疑義案件之核處。
(十)關於轉役、延役、折抵役期及提前退伍(非因家庭發生變故)疑義案件之處理。
八、勤務輸送科(一)關於服兵役役男及家屬優待維護與權益保障事項。
(二)關於服兵役役男保留底缺、年資、學籍及退伍後復職、復學或輔導就業等案件處理。
(三)關於服兵役役男傷病殘就養、就醫、就業及慰問事項。
(四)關於服兵役役男及家屬各項扶慰補助急難之慰助事項。
(五)關於貧困役男家屬全民健康保險及醫療補助事項。
(六)關於遺族生活扶助之策劃及留守業務協調事項。
(七)關於傷殘撫卹案件處理及軍人公墓業務。
(八)關於兵役宣傳之策劃及兵役節模範徵屬表揚。
(九)關於服兵役期滿退役役男權益保障事項。
(十)關於役男入營後勤支援及軍民服務連線事項。
(十一)關於滯留大陸臺籍前國軍人員案件處理事項。
(十二)關於中央補助地方役政經費之協調、編列、統計結報事項。
(十三)關於抗日期間海南島起義義士死亡遺族慰問案件處理事項。
(十四)關於志願役軍眷、遺眷及義務役撫卹期滿遺族特別慰助案件核處理事項。
(十五)關於中低收入戶榮民死亡遺族慰問處理事項案件。
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