第三處掌理下列事項：
一、臺灣地區安全情報、反情報之部署、蒐研及協調處理事項。
二、影響臺灣地區安全有關跨境情報之協調處理事項。
三、臺灣地區安全情勢研析事項。
四、臺灣地區安全情報協調會報有關事項。
五、其他有關臺灣地區安全情報工作事項。