第六處掌理下列事項：
一、政府機關密碼管制機制及法規訂定有關事項。
二、政府機關密碼管制業務之統合指導、協調、支援與管制事項。
三、密碼保密工作施政方針與計畫策訂、推展等事項。
四、密碼科技暨保密裝備研展、系統工程及送鑑管制有關事項。
五、保密裝備產製部署、密鑰管理、網路維運、保修服務等有關事項。
六、中央密碼管制協調會報有關事項。
七、其他有關密碼及其裝備研製、管制等事項。