本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第九條第一項及第二項、第二十四條第三項、第六十一條第二項及第六十三條第三項規定訂定之。
本會受理財團法人之申請設立時，應審酌其捐助財產是否足以達成設立目的。
前項捐助財產最低總額為新臺幣三千萬元，現金總額比率不得少於二分之一。
政府捐助之財團法人，應建立人事、會計、內部控制及稽核制度，報本會核定。
民間捐助之財團法人，在法院登記之財產總額達新臺幣五千萬元或年度收入總額達新臺幣三千萬元以上者，應建立內部控制及稽核制度，報本會備查。
本會主管之財團法人，在法院登記之財產總額或年度收入總額達前項金額以上者，其財務報表應經會計師查核簽證，並應訂定誠信經營規範。
前條所稱誠信經營規範，財團法人應依下列指導原則訂定，並經董事會通過，報經本會備查後實施：一、本於廉潔、透明及負責之經營理念，制定以誠信為基礎之政策，並建立良好之財團法人治理與風險控管機制，以創造永續發展之經營環境。
二、董事、董事長、監察人及其他從業人員於從事業務有關行為，不得有違反誠信或不法等行為。
三、依業務性質，就前款所稱違反誠信或不法等行為，明定其具體範圍。
四、訂定具體誠信經營及防範違反誠信行為方案，包含作業程序、行為指南及教育訓練，並監督執行。
五、針對第二款之違反誠信或不法等行為訂定檢舉制度，包含指派受理檢舉專責人員或單位及相關處理程序。
六、明定違反誠信經營規範之懲戒與申訴制度，並於財團法人內部揭露違反人員之職稱、姓名、違反日期、違反內容及處理情形等資訊。
政府捐助之財團法人，應於每年三月三十一日前，向本會提出年度目標。
本會於年度工作終了，應針對前項年度目標達成情形辦理財團法人該年度之績效評估。
政府捐助之財團法人，對其董事長及其他從業人員之薪資，應訂定薪資支給基準，經董事會決議後，報請本會核准。
薪資支給基準變更時，亦同。
本會審查前項薪資支給基準之訂定或變更案件時，應審酌設置性質、規模、人員專業性、責任輕重、民間薪資水準及專業人才市場供需等因素。
前條所稱薪資，指董事長及其他從業人員，因工作而獲得之報酬，包括工資、薪金及按計件、計時、計日、計月，以現金或實物等方式給付之津貼及其他任何名義之經常性給與均屬之。
前條薪資支給基準上限如下：一、董事長及秘書長：不得逾中央部會特任首長之待遇。
但董事長因羅致不易或需具備特殊專長，由財團法人函報本會，經本會就董事長之資格條件、專業人才市場供需等因素，召集外部專家學者審查核准者，不在此限。
二、副秘書長、專業主管、顧問及其他相當之從業人員：不得逾中央部會比照簡任第十四職等政務副首長之待遇。
三、其他從業人員：應以相當本會員工之支給項目及基準範圍內，訂定支給基準。
但衡酌職務內容及職責輕重，訂定合理基準，經本會核准者，不在此限。
本辦法修正施行前已在職之人員，其領取薪資已逾前項支給基準上限者，得依原薪資數額支給至退離職為止，不受前項之限制。
政府捐助之財團法人對其董事長與其他從業人員之獎金及其他相當於獎金之給與，應以相當本會員工支給項目及基準範圍內，訂定支給項目、對象、數額及條件之管理規範，經董事會決議後，報本會核准。
管理規範變動時，亦同。
政府捐助之財團法人現行薪資支給基準及獎金之發放與本辦法規定不符者，應予修正，並依本辦法規定辦理。
政府捐助之財團法人，其董事、監察人為軍公教人員者，其兼職費之支給，除法規另有規定外，依軍公教人員兼職費支給規定辦理；董事、監察人非為軍公教人員者，其兼職費之支給，得比照軍公教人員兼職費支給規定辦理。
政府捐助之財團法人董事、監察人之兼職費支給基準，應報本會核准。
其變更時，亦同。
政府捐助之財團法人應訂定財產管理及運用規範，以財務結構健全、不影響法人業務運作為原則，經董事會通過後，報本會核定。
政府捐助之財團法人應製作財產清冊；財產變動時，應即時更新。
本會得視業務需要請其提供。
財團法人之董事、監察人執行職務，應依本法與其授權訂定之法規、捐助章程、董事會決議事項及本會監督之命令辦理。