為推動離島開發建設，健全產業發展，維護自然生態環境，保存文化特色，改善生活品質，增進居民福利，特制定本條例；本條例未規定者，適用其他法律之規定。
本條例所稱之離島，係指與臺灣本島隔離屬我國管轄之島嶼。
本條例所稱重大建設投資計畫，係指經中央主管機關認定之重要產業投資或交由民間機構辦理公共建設之計畫。
本條例之主管機關：在中央為行政院；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
為審議、監督、協調及指導離島建設，中央主管機關得設置離島建設指導委員會，由行政院院長召集之。
前項指導委員會之主要職掌為審議離島綜合建設實施方案及協調有關離島重大建設計畫推動等事項；其設置要點，由行政院定之。
縣（市）主管機關應依據縣（市）綜合發展計畫，擬訂四年一期之離島綜合建設實施方案，其內容如下：一、方案目標及實施範圍。
二、實施策略。
三、基礎建設。
四、產業建設。
五、教育建設。
六、文化建設。
七、交通建設。
八、醫療建設。
九、觀光建設。
十、警政建設。
十一、社會福利建設。
十二、天然災害防制及濫葬、濫墾、濫建之改善。
十三、分年實施計畫及執行分工。
十四、分年財務需求及經費來源。
十五、其他。
離島綜合建設實施方案應經離島建設指導委員會審議通過，報請行政院核定後實施。
前項實施方案，縣（市）主管機關每四年應通盤檢討一次，或配合縣（市）綜合發展計畫之修正，進行必要之修正；其修正程序，依前項程序辦理。
為鼓勵離島產業發展，經中央主管機關核定為重大建設投資計畫者，其土地使用變更審議程序，自申請人送件至土地使用分區或用地變更完成審查，以不超過一年為限。
前項重大建設投資計畫之核定標準，由離島建設指導委員會擬訂，報請行政院核定之。
重大建設投資計畫其都市計畫主要計畫及非都市土地使用變更由縣（市）政府核定之，不受都市計畫法、非都市土地使用管制規則暨相關法令之限制。
離島重大建設投資計畫所需用地，屬公有土地者，目的事業主管機關得辦理撥用後，訂定期限以出租、設定地上權、信託或以使用土地之權利金或租金出資方式，提供民間機構使用，不受土地法第二十五條、國有財產法第二十八條或地方政府公產管理法令之限制。
離島重大建設投資計畫屬交由民間機構辦理公共建設者，其所需用地屬私有土地時，由目的事業主管機關或民間機構與土地所有權人協議以一般買賣價格價購，協議不成或無法協議時，目的事業主管機關得辦理徵收；於徵收計畫中載明以聯合開發、委託開發、合作經營、出租、設定地上權、信託或以使用土地之權利金或租金出資方式，提供民間機構開發、興建、營運，不受土地法第二十五條、國有財產法第二十八條或地方政府公產管理法令之限制。
目的事業主管機關或縣（市）政府為因應民間機構投資離島重大建設取得所需土地，得選定適當地區，報請中央主管機關核准後逕行辦理區段徵收；區段徵收範圍確定後，經規劃為因應民間機構投資之土地得預為標售，不受平均地權條例第五十三條及第五十五條之二之限制。
本條例適用之地區，於實施戰地政務終止前，或實施戰地政務期間被占用於終止後，因徵收、價購或徵購後登記為公有之土地，土地管理機關已無使用或事實已廢棄使用者，最遲應於本條例中華民國一百零二年十二月二十日修正施行之日起二年內全數公告；原土地所有人或其繼承人並得於公告之日起五年內，向該管土地管理機關申請按收件日當年度公告地價計算之地價購回其土地。
但徵收、價購或徵購之價額超出該計算所得之地價時，應照原徵收、價購或徵購之價額購回。
土地管理機關接受申請後，應於三十日內答覆申請人；其經審查合於規定者，應通知該申請人於三十日內繳價，屆期不繳價者，註銷其申請；不合規定者，駁回其申請，申請人如有不服，得向土地所在地縣（市）政府申請調處。
前項期間於必要時得延長一個月。
縣（市）政府為第二項調處時，得準用土地法第五十九條規定處理。
金門地區土地，非經有償徵收或價購等程序登記為公有，於實施戰地政務終止前，其地上已有建物或墳墓等足資證明其所有者，原土地所有人或其繼承人或占有人得於本條例中華民國一百零二年十二月二十日修正施行之日起五年內檢附相關證明文件申請土地管理機關會同地政機關勘查，經確認屬實且無公用之情形者，得就其建物、墳墓所在位置核算面積，並按申請收件日當年度公告地價計價讓售其土地。
馬祖地區之土地，自民國三十八年起，非經有償徵收或價購等程序登記為公有，致原土地所有人或合於民法物權編施行法第九條規定之視為所有人或其繼承人喪失其所有權，土地管理機關已無使用土地之必要者，應自本條例中華民國一百零二年十二月二十日修正施行之日起五年內，依原土地所有人、視為所有人或其繼承人之申請返還土地；土地管理機關有繼續使用土地之必要者，應依法向原土地所有人、視為所有人或其繼承人辦理徵收、價購或租用。
其已依金門馬祖東沙南沙地區安全及輔導條例提出請求經駁回者，得再依本條例之規定提出申請。
前項返還土地實施辦法由行政院定之。
第一項申請購回、第五項申請讓售及第六項申請返還土地，不受都市計畫法第五十二條、第五十三條、土地法第二十五條、國有財產法第二十八條、第三十三條、第三十五條或地方政府公產管理法令之限制。
澎湖地區之土地，凡未經政府機關依法定程序徵收、價購或徵購者，應比照辦理。
本條例適用之土地於金門馬祖東沙南沙地區安全及輔導條例第十四條之一適用期間申請發還土地者，因該土地為政府機關使用或已移轉於私人致無法發還土地，得自本條例修正施行之日起二年內，請求該公地管理機關或原處分機關以申請發還時之地價補償之，其補償地價準用土地徵收條例第三十條規定辦理。
前項補償條件、申請期限、應附證件及其他事項之辦法，由行政院定之。
本條例適用之地區於實施戰地政務終止前，曾於金馬地區申請核准荒地承墾並已依限實施開墾，倘其後因軍事原因致未能繼續耕作取得所有權者，承墾人或其繼承人自本條例修正施行之日起二年內，得向該公地管理機關申請補償其開墾費，其已取得耕作權者，按其取得耕作權之年限，以申請時之公告土地現值計算補償之。
前項補償條件、申請期限、應附證件、補償金額及其他事項之辦法，由行政院定之。
金門地區位於雷區範圍內之土地，非經徵收或價購等程序有償取得登記為公有者，中華民國六十年四月三十日佈雷前之原權利人、合於民法規定時效完成取得土地所有權之占有人或其繼承人，得於本條例一百零四年五月二十六日修正之條文施行之日起五年內，向土地所在地地政機關申請返還。
依前項申請返還土地者，應檢具其屬佈雷前原可主張取得土地所有權或合於民法規定時效完成取得土地所有權之下列證明文件之一：一、佈雷前之土地權利證明文件。
二、當地鄉（鎮）公所或其他政府機關出具之證明。
三、雷區土地所在二人以上四鄰證明或村（里）長出具之證明書。
前項第三款出具證明書之四鄰證明人或村（里）長，於被證明之事實發生期間，應設籍於申請返還土地所在或毗鄰之村（里）且具有行為能力，並應會同權利人到場指界測量確認界址，經土地所在地地政機關通知二次均未到場者，駁回其申請。
上開證明書應載明約計之土地面積及係證明人親自觀察之具體事實，而非推斷之結果。
證明人證明之占有期間戶籍如有他遷之情事者，申請人得另覓證明人補足之。
第一項申請返還土地案件應檢具之證明文件有不全者，土地所在地地政機關應通知申請人於三個月內補正；不能補正或屆期未補正者，駁回之。
經土地所在地地政機關審查無誤者，公告六個月，並通知土地管理機關，公告期滿無人提出異議者，由土地所在地地政機關辦理土地所有權移轉登記。
原土地管理機關有繼續使用土地之必要者，應依法向土地所有權人辦理租用、價購或徵收。
土地所在地地政機關辦理前項審查，當地縣政府、土地管理機關及相關機關應配合會同辦理；公告期間如有他人提出異議，準用土地法第五十九條第二項規定予以調處。
第一項申請返還土地，不受都市計畫法第五十二條、第五十三條、土地法第二十五條、國有財產法第二十八條、第三十三條、第三十五條或地方政府公產管理法令之限制。
第一項雷區範圍內之未登記土地辦理土地所有權第一次登記，該土地於佈雷前已完成時效占有，因佈雷而喪失占有者，視為占有不中斷；其登記案件審查之補正、公告期間及證明人之資格、條件等，準用第三項及第四項規定。
澎湖、金門、馬祖、綠島、蘭嶼及琉球地區之營業人，於當地銷售並交付使用之貨物或於當地提供之勞務，免徵營業稅。
澎湖、金門、馬祖、綠島、蘭嶼及琉球地區之營業人進口並於當地銷售之商品，免徵關稅；其免稅項目及實施辦法，由財政部定之。
為促進離島之觀光，在澎湖、金門、馬祖、綠島、蘭嶼及琉球地區設置離島免稅購物商店者，應經當地縣（市）主管機關之同意後，向海關申請登記，經營銷售貨物予旅客，供攜出離島地區。
離島免稅購物商店進儲供銷售之貨物，應依關稅法規定辦理保稅進儲保稅倉庫。
離島免稅購物商店銷售貨物，營業稅稅率為零。
離島免稅購物商店自國外或保稅區進儲供銷售之貨物，在一定金額或數量範圍內銷售予旅客，並由其隨身攜出離島地區者，免徵關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。
離島免稅購物商店自國外進儲供展示陳列及銷售予旅客之保稅貨物，除藥品及醫療器材外，得免為中文標示。
離島免稅購物商店進儲供銷售國內產製之貨物，在一定金額或數量範圍內銷售予旅客，並由其隨身攜出離島地區者，免徵貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。
離島免稅購物商店設置之資格條件、申請程序、登記與變更、第四項與第六項所定之一定金額或數量、銷售對象、通關程序、提貨管理及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
離島免稅購物商店違反依前項所定辦法有關登記之申請、變更或換發、銷售金額、數量或對象、通關程序、提貨管理及其他應遵行事項之規定者，海關得予警告，並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得為三個月以上一年以下停業處分。
離島免稅購物商店銷售予旅客之貨物，其數量或金額超過第四項及第六項之限額者，應依關稅法、貨物稅條例、菸酒稅法、加值型及非加值型營業稅法規定計算稅額，由旅客補繳關稅、貨物稅、菸酒稅、菸品健康福利捐及營業稅後，始得攜出離島地區。
開放離島設置觀光賭場，應依公民投票法先辦理地方性公民投票，其公民投票案投票結果，應經有效投票數超過二分之一同意，投票人數不受縣（市）投票權人總數二分之一以上之限制。
前項觀光賭場應附設於國際觀光度假區內。
國際觀光度假區之設施應另包含國際觀光旅館、觀光旅遊設施、國際會議展覽設施、購物商場及其他發展觀光有關之服務設施。
國際觀光度假區之投資計畫，應向中央觀光主管機關提出申請；其申請時程、審核標準及相關程序等事項，由中央觀光主管機關訂定，報請行政院同意後公布之。
有關觀光賭場之申請程序、設置標準、執照核發、執照費、博弈特別稅及相關監督管理等事項，另以法律定之。
依前項法律特許經營觀光賭場及從事博弈活動者，不適用刑法賭博罪章之規定。
各離島駐軍或軍事單位，在不妨礙國防及離島軍事安全之原則下，應積極配合離島各項建設，並隨時檢討其軍事防務，改進各種不合時宜之軍事管制措施。
為辦理前項事項，行政院應每年定期召集國防部及相關部會、當地民意代表及社會人士，舉行檢討會議，提出配合離島建設與發展之具體措施。
離島地區接受國民義務教育之學生，其書籍費及雜費，由教育部編列預算補助之。
因該離島無學校致有必要至臺灣本島或其他離島受義務教育之學生，其往返之交通費用，由教育部編列預算補助之。
但學生因交通因素無法當日往返居住離島者，得以該交通費支付留宿於學校所在地區之必要生活費用。
為保障離島地區學生之受教權，離島地區高級中等以下學校初聘教師應實際服務六年以上，始得提出申請介聘至台灣本島地區學校。
前項所謂實際服務年限，除育嬰或應徵服兵役留職停薪者外，應扣除各項留職停薪年資；以實際服務現職學校年資為限。
為維護離島居民之生命安全及身體健康，行政院應編列預算，補助在離島開業之醫療機構、護理機構、長期照顧機構及其他醫事機構與該離島地區所缺乏之專科醫師，並訂定特別獎勵及輔導辦法。
六十五歲以上離島地區居民全民健康保險保險對象應自付之保險費，由中央政府編列預算支應。
對於應由離島緊急送往臺灣本島就醫之急、重症病人暨陪同之醫護人員，其往返交通費用，由中央目的事業主管機關補助之。
對於有接受長期照顧服務必要之身心障礙者及老人，中央目的事業主管機關應編列經費補助。
為維護離島老人尊嚴與健康，中央目的事業主管機關應提供老人每二年一次比照公務人員健康檢查項目之體檢，其與老人福利法由直轄市、縣（市）主管機關當年提供之老人健康檢查之差額，由中央目的事業主管機關編列預算補助。
離島用水、用電，比照臺灣本島平均費率收取，其營運單位因依該項費率收費致產生之合理虧損，由中央目的事業主管機關審核後，編列預算撥補之。
但蘭嶼地區住民自用住宅之用電費用應予免收。
依本條例所為之離島開發建設，由中央政府編列預算專款支應，若有不足，由離島開發建設基金補足之。
為促進離島地區居民對外交通便捷，凡與台灣本島間對外交通費用，應由中央政府編列預算補貼，如係補貼票價者，金額不得低於其票價百分之三十。
前項票價補貼辦法，由交通部擬訂，報行政院核定之。
為加速離島建設，中央主管機關應設置離島建設基金，基金總額不得低於新臺幣三百億元，基金來源如下：一、中央政府分十年編列預算或指定財源撥入。
二、縣（市）主管機關編列預算撥入。
三、基金孳息。
四、人民或團體之捐助。
五、觀光博弈業特許費。
六、其他收入。
離島建設基金之收支、保管及運用辦法，由行政院定之。
第十二條至第十四條之補助辦法，由離島建設指導委員會會同各目的事業主管機關擬訂，報請行政院核定之。
澎湖、金門、馬祖、綠島、蘭嶼及琉球地區之教育文化應予保障，對該地區人才之培養，應由教育部會同相關主管機關訂定保送辦法，以扶助並促其發展。
為促進離島發展，在臺灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區通航，臺灣地區人民經許可後得憑相關入出境證件，經查驗後由試辦地區進入大陸地區，或由大陸地區進入試辦地區，不受臺灣地區與大陸地區人民關係條例等法令限制；其實施辦法，由行政院定之。