為落實花東地區永續發展，特依花東地區發展條例第十二條第二項規定，設置花東地區永續發展基金（以下簡稱本基金），並依同條第三項及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院為主管機關，並以國家發展委員會為管理機關。
本基金之來源如下：一、中央政府分十年編列預算撥入。
二、花蓮縣政府及臺東縣政府編列預算撥入。
三、本基金孳息。
四、人民或團體之捐助。
五、其他收入
本基金之用途如下：一、花東地區永續發展策略計畫、綜合發展實施方案及相關產業發展事項之補助、貸款及投資。
二、訂定或檢討花東地區永續發展策略計畫及綜合發展實施方案所需之經費。
三、管理及總務支出。
四、其他有關支出。
前項第一款用途，應以納入花東地區綜合發展實施方案之項目為優先。
本基金之保管及運用，應注重必要性、收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法自中華民國一百零一年一月一日施行。
本辦法修正條文自發布日施行。