第12條為推動綜合發展實施方案及相關產業發展事項，由中央政府逐年編列預算支應或寬列預算補助之。為落實花東地區永續發展，中央主管機關應設置花東地區永續發展基金，基金總額新臺幣四百億元，其來源如下：一、中央主管機關分十年編列預算撥入。二、縣主管機關編列預算撥入。三、基金孳息。四、人民或團體之捐助。五、其他收入。花東地區永續發展基金之收支、保管及運用辦法，由中央主管機關會商花蓮縣政府與臺東縣政府定之。