本辦法依空氣污染防制法（以下簡稱本法）第十六條第二項規定訂定之。
本法第十六條第一項第一款所定依物質之銷售數量徵收之指定公告物質空氣污染防制費及第二款所定依油燃料之種類成分與數量徵收之空氣污染防制費，應依其每月油燃料種類、成分標準及性能標準、各銷售批次數量，按收費費率核算應徵收之費額。
其銷售者或進口者應於每月十五日前，依中央主管機關規定之格式，填具空氣污染防制費申報書及繳款單，並將前月份之空氣污染防制費，自行繳納至中央主管機關指定金融機構代收專戶後，以網路傳輸方式，向中央主管機關申報。
但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。
本法第十六條第一項第一款所定依其排放空氣污染物之種類及數量徵收之空氣污染防制費，應依其每季排放空氣污染物種類、排放量及操作紀錄，按本法第十七條第二項所公告之收費費率自行計算申報應繳納之費額。
固定污染源之所有人、實際使用人或管理人，應於每年四月、七月、十月及次年一月底前，依中央主管機關規定之格式，填具空氣污染防制費申報書及繳款單，並將前季之空氣污染防制費，自行繳納至中央主管機關指定金融機構代收專戶後，以網路傳輸方式，向中央主管機關申報。
但報經中央主管機關同意者，得以書面方式申報。
前項所稱排放空氣污染物之種類及數量，指固定污染源正常運作排放空氣污染物及其具有下列情形致大量排放空氣污染物：一、設計不良或操作不當導致設備故障。
二、維護不當或人為疏失。
三、其他經中央主管機關認定因素。
公私場所固定污染源當年度各季排放空氣污染物之種類及數量，經中央主管機關核定其個別空氣污染物種類排放量皆於一公噸以下者，得於次年一月底前，報經中央主管機關同意，調整為每年一月底前，將其前一年各季空氣污染物排放量與空氣污染防制費費額一次申報及繳納。
前項公私場所固定污染源排放之個別空氣污染物種類排放量任一季超過一公噸者，應即依第一項規定申報、繳費。
公私場所依前條規定申報空氣污染防制費且其固定污染源排放二種以上空氣污染物者，應按其個別排放量計算費額，計算公式如下：個別空氣污染物費額＝個別空氣污染物排放量×收費費率。
本法第十六條第一項第一款所定對營建工程徵收之空氣污染防制費，營建業主應於開工前檢具登載工程類別、面積、工期、經費、涉及空氣污染防制費計算之相關工程資料及自行計算空氣污染防制費費額，向直轄市、縣（市）主管機關申報，經核定費額後，依第六條規定期限繳納至指定金融機構代收專戶。
依政府採購法需緊急處置之採購相關規定辦理之營建工程，營建業主得報經直轄市、縣（市）主管機關同意後，於指定期限內完成申報繳費作業。
營建業主未依規定向直轄市、縣（市）主管機關申報，經查獲已施工者，應依下列規定之一計算並認定其工期起算日：一、屬依法須取得目的事業主管機關核發執照或許可，且依法應向該管主管機關申請開工者，以該管主管機關核准之開工日期認定。
但依法不須或未向該管主管機關申請開工者，以該管主管機關核發執照或許可之日期認定。
二、屬依法不須取得前款執照或許可者，依下列原則自直轄市、縣（市）主管機關查獲之日起往前計算工期之起算日：（一）屬地上層之工程，每層最多以九十日計算。
（二）屬地下層之工程，每層最多以一百二十日計算。
（三）屬建築法規規定之開挖整地、倉庫、煙囪或圍牆等其他雜項工程最多以一百八十日計算。
（四）其他經直轄市、縣（市）主管機關認定之計算方式。
三、屬前款之營建工程，且為政府機關興辦者，以契約書登載開始執行日期為工期起算日。
四、屬第一款已取得目的事業主管機關核發執照或許可之日期，與直轄市、縣（市）主管機關查獲時之施工進度顯不同者，其工期起算日依第二款規定推算之。
營建工程空氣污染防制費繳納期限，依下列規定之一辦理：一、依法不須申請開工、使用執照、工程驗收或繳納費額為新臺幣（以下同）一萬元以下者，應於開工前全額繳納。
二、繳納費額超過一萬元未滿五百萬元者，得於開工前全額繳納，或於申請開工前，先繳交二分之一，於申請使用執照或工程驗收前，繳納剩餘費額。
三、繳納費額為五百萬元以上者，得於開工前全額繳納，或於工程期間內，分期平均繳納，並於直轄市、縣（市）主管機關核定之各期繳納期限內繳納完畢。
四、其他經直轄市、縣（市）主管機關同意之繳納期限。
營建工程工程類別、面積、工期、經費或涉及空氣污染防制費計算之相關工程資料改變，營建業主應於申請使用執照或工程驗收前，檢具相關文件，向當地直轄市、縣（市）主管機關申報調整其應繳納費額。
各級主管機關依第二條、第三條、第五條及前條規定辦理相關申報審查、核定及通知等業務時，得視實際需要，委託專責機構辦理。
中央主管機關執行空氣污染防制費查核作業，得通知該公私場所於十五日內提報下列計算固定污染源空氣污染物排放量之相關資料：一、公私場所固定污染源平面配置圖。
二、原（物）料、燃料之購買憑證、揮發性有機物成分含量重量百分比、含硫量重量（體積）百分比等證明文件及其使用量、產品產量或其他經中央主管機關認定之操作量等紀錄月報表。
三、防制設備現場操作紀錄報表、耗材購買憑證及其用量紀錄報表、廢棄物上網申報遞送聯單資料或其他有關廢棄物處理之相關資料。
四、與揮發性有機物排放有關之原（物）料回收量、廢水量、廢溶劑量、廢棄物量與產品產量及上述各種數量之揮發性有機物重量百分比、委託處理證明等紀錄報表與證明文件。
五、連續自動監測設施監測紀錄月報表及相關品保品管紀錄資料。
六、排放管道檢測報告書影本及彙整表。
七、進貨、生產、銷貨、存貨憑證、帳冊相關報表及其他產銷營運或輸出入之相關資料。
八、具有第三條第二項第一款至第三款之情況，其與計算排放空氣污染物有關之相關資料。
九、其他經中央主管機關指定與空氣污染物排放相關之文件。
公私場所未於十五日內提報前項相關資料者，得於期限屆滿前，向中央主管機關申請展延一次，展延期間不得超過十五日。
公私場所依第三條規定申報空氣污染防制費之固定污染源空氣污染物排放量，其計算依據之順序如下：一、符合中央主管機關規定之固定污染源空氣污染物連續自動監測設施之監測資料。
二、符合中央主管機關規定之空氣污染物檢測方法之檢測結果。
三、經中央主管機關認可之揮發性有機物自廠係數。
四、中央主管機關指定公告之空氣污染物排放係數、控制效率、質量平衡計量方式。
五、其他經中央主管機關認可之排放係數或替代計算方式。
公私場所申報固定污染源揮發性有機物排放量者，應以前項第三款至第五款規定計算排放量。
但其固定污染源採密閉集氣系統收集揮發性有機物至排放管道者，應檢具相關資料報經中央主管機關同意後，得以前項第一款或第二款計算排放量。
第一項第四款及第五款所稱排放係數，指固定污染源每單位之原（物）料量、燃料使用量、產品產量或其他經中央主管機關認可之操作量所排放之空氣污染物排放量。
第一項第三款所稱自廠係數，指固定污染源依固定污染源揮發性有機物自廠係數（含控制效率）建置作業要點提出申請並經中央主管機關核定之替代計算方式。
公私場所固定污染源依本法第二十二條第一項規定設置連續自動監測設施者，應依第一項第一款規定計算硫氧化物與氮氧化物排放量；其依本法第二十二條第二項規定自行或委託檢驗測定機構檢測者，應依第一項第二款規定計算硫氧化物與氮氧化物排放量。
公私場所固定污染源計算其空氣污染物排放量者，應依中央主管機關指定公告之空氣污染物排放量計算方法計量。
中央主管機關針對以檢測結果計算空氣污染物排放量之固定污染源進行檢測，其檢測結果換算單位活動強度之空氣污染物排放量，與公私場所申報數值差異達百分之二十以上者，中央主管機關應以查驗結果，重新核算該固定污染源之空氣污染物排放量，並核定其應繳納之空氣污染防制費。
前項所稱單位活動強度之空氣污染物排放量，指固定污染源每單位之原（物）料量、燃料使用量、產品產量或其他經中央主管機關認可之操作量所排放之空氣污染物排放量，且其計算單位應與中央主管機關公告之空氣污染物排放係數估算基礎單位相同。
中央主管機關查核以排放係數或質量平衡計量方式計算空氣污染物排放量之固定污染源，有下列情形之一者，中央主管機關應重新核算該固定污染源之空氣污染物排放量：一、中央主管機關針對以排放係數計算空氣污染物排放量之固定污染源設備元件，依指定抽測原則進行設備元件抽測，其抽測結果與公私場所申報結果不相符。
二、中央主管機關針對以質量平衡計量方式計算空氣污染物排放量之固定污染源所使用原（物）料中揮發性有機物成分含量重量百分比進行檢測查核，其檢測查核結果與公私場所申報結果差異達百分之十以上。
公私場所選擇以排放係數計算揮發性有機物空氣污染物排放量者，其申報季排放量與中央主管機關查核結果差異達二倍以上及七．五公噸以上時，應於收到中央主管機關通知文件之次季起，以質量平衡計量方式計算該固定污染源之空氣污染物排放量。
公私場所依法申報空氣污染防制費者，各級主管機關應審查核算並通知其審查結果。
其結算不足者，加徵其差額，並限期於九十日內繳納，屆期未繳清者，逕依本法第五十五條規定辦理；溢繳者，充作其後應繳費額之一部分或依其申請退還溢繳之費用。
前項溢繳金額未達二千元者，應充作其後應繳費額之一部分。
但屬營建工程者，不在此限。
公私場所因歇業、污染源設備拆除或其他因素致無須繳納空氣污染防制費者，得於事實發生之日起三十日內，檢具相關證明文件向各級主管機關辦理結算及停徵作業。
依前條第一項須限期繳清差額之公私場所，有下列原因之一無法於期限前一次補繳加徵之差額者，得於期限前檢具相關證明文件，向主管機關申請分期繳納：一、因颱風、地震、水災、土石流、其他天然災害或其他不可歸責於公私場所之事由，致遭受重大財產損失。
二、經主管機關查核，應補繳加徵之差額達十萬元以上。
經核准分期繳納者，應自前條原訂限期繳納期限屆滿之次日起，至最後一期繳納之日止，依原訂限期繳納期限屆滿當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息，一併繳納，並應一次將各期應繳金額預開票據函送主管機關；有任何一期票據未獲付款者，主管機關得逕依本法第五十五條規定辦理。
公私場所依前條規定申請分期繳納空氣污染防制費時，其申請之文件不合規定或內容有欠缺者，主管機關應通知其限期於七日內補正，屆期未補正者，駁回其申請。
主管機關得依下列標準核准每期應繳納金額及期數：一、補繳差額未滿新臺幣一百萬元之案件，得分二至六期繳納，每期繳納金額不得低於五萬元。
二、補繳差額在新臺幣一百萬元以上，未滿新臺幣五百萬元之案件，得分二至十二期繳納，每期繳納金額不得低於四十萬元。
三、補繳差額在新臺幣五百萬元以上之案件，得分二至二十四期繳納，每期繳納金額不得低於五十萬元。
前項所稱之分期，每一期為一個月。
公私場所依第三條規定應申報空氣污染防制費，有下列情形之一，中央主管機關得逕依其固定污染源產品產量、原（物）料使用量、燃料使用量、檢測結果或其他有關資料，計算其固定污染源空氣污染物排放量，核定其應繳納之空氣污染防制費：一、未依規定計算空氣污染物排放量之情形。
二、因設施故障或其他因素，致無法維持正常操作或廢氣未經收集或防制設施處理即排放於大氣中，未計算空氣污染物排放量。
三、未於第九條規定期限內提報空氣污染物排放量相關資料、其補正資料不足。
四、產品產量、原（物）料、燃料使用量與其購買量及結算結果不符。
五、申報之固定污染源數量與實際情形不符。
六、經中央主管機關查核有第十一條或十二條之情形。
七、其他未依規定申報空氣污染防制費。
營建業主未依第五條、第七條規定申報、調整空氣污染防制費或提供資料不完整者，直轄市、縣（市）主管機關得逕依查驗結果或相關資料，核定其應繳納之空氣污染防制費。
公私場所依本法第十六條第一項第一款繳納空氣污染防制費之固定污染源，有偽造、變造或以故意方式短報或漏報與空氣污染防制費計算有關資料者，各級主管機關得依下列規定辦理：一、中央主管機關得逕依排放係數核算該污染源排放量之二倍計算空氣污染防制費。
二、其為營建工程者，直轄市、縣（市）主管機關得逕依查驗結果或相關資料以營建工程空氣污染防制費收費費率之二倍計算其應繳費額。
公私場所以前條之方式或其他不正當方法逃漏空氣污染防制費者，中央主管機關得重新計算追溯五年內之應繳金額。
應徵收空氣污染防制費之空氣污染物起徵未滿五年者，則自起徵日起計算追溯應繳金額。
前項追溯應繳金額，應自主管機關通知限期繳納截止日之次日或逃漏空氣污染防制費發生日起，至繳納之日止，依繳納當日郵政儲金一年期定期存款固定利率按日加計利息。
公私場所固定污染源依第三條規定申報空氣污染防制費者，應每日計量及記錄其須依第九條規定提報之相關紀錄報表。
但以質量平衡計量方式推估揮發性有機物排放量者，得每批計量及記錄第九條第一項第四款之原（物）料回收量、廢溶劑量、廢棄物量與產品產量等項目及數量，且每季至少計量及記錄一次。
公私場所固定污染源無法依前項規定計量及記錄者，得報經直轄市、縣（市）主管機關同意後，改變其記錄項目或頻率。
依本法第十六條第一項第一款徵收空氣污染防制費之固定污染源，有下列情形之一者，公私場所得免繳納該項空氣污染物空氣污染防制費費額：一、公私場所固定污染源每季硫氧化物總排放量十公斤以下。
二、公私場所固定污染源每季氮氧化物總排放量十公斤以下。
三、公私場所固定污染源每季揮發性有機物總排放量一公噸以下。
四、公私場所固定污染源使用已依第二條申報油燃料。
五、每件營建工程核算應繳費額一百元以下。
六、直轄市、縣（市）主管機關公告之一定期間內，因天然災害發生，為安置災民或災區重建所需之營建工程。
七、其他經中央主管機關公告之情形。
符合前項各款規定之公私場所，應依本辦法規定申報空氣污染防制費。
本法第十六條第一項第二款依油燃料之種類成分與數量徵收之空氣污染防制費徵收計算基準點，以煉油廠或進口港之成品槽區為準。
前條成品槽之油燃料種類成分變更時，銷售者或進口者於出槽前未重新進行檢測並申報者，中央主管機關得逕依移動污染源空氣污染防制費收費費率之二倍核算相關批次應繳納之費額並依第十四條規定辦理。
公私場所因天然災害或其他不可歸責於己之事由，致無法依第三條規定申報或繳納空氣污染防制費者，應於其原因消滅後三十日內由申報義務人檢具相關資料報經中央主管機關同意後據以調整申報或繳納期限。
中央主管機關得將第二條、第三條所定之徵收與申報作業、第九條所定之審查與查核作業、第十條第一項第三款與第二項之核定自廠係數與同意變更排放量計算依據及第十一條至第十四條、第十七條至第二十條所定之結算、核算、核定、追補繳作業等事項，委辦直轄市、縣（市）主管機關辦理。
公私場所依第二條、第三條、第五條及第七條規定申報空氣污染防制費者，其空氣污染防制費申報資料、繳費收據、相關紀錄資料及證明資料，應保存六年備查。