第一章總則
本辦法依遠洋漁業條例（以下簡稱本條例）第十條第二項及第二十五條第六項規定訂定之。
主管機關受理第六條、第九條、第十一條、第十三條、第十五條、第十六條、第十八條、第十九條、第二十一條、第二十三條、第二十五條、第二十八條、第二十九條及第三十條申請、核發、核銷、註銷、補發漁獲證明書及其他相關業務，得委任所屬行政院農業委員會漁業署辦理。
本辦法所定漁獲證明書，分為下列五種：一、漁船捕撈證明文件：指經主管機關許可從事遠洋漁業之漁船所捕撈之漁獲物，委由貨櫃商輪、非我國籍運搬船或飛機運回國內，以向財政部關務署申請免徵進口關稅及免予列入輸入管制之證明文件。
二、魚貨來源證明文件：指漁獲物或漁產品之捕撈漁船符合一定衛生條件，以申請符合輸入國規定之輸出動物產品檢疫證明書之證明文件。
三、漁獲統計文件：指依國際漁業組織養護管理措施要求所核發之漁獲貿易文件。
四、捕撈合法證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，未涉及非法、未報告及不受規範漁撈行為之證明書。
五、輸歐盟漁獲證明書：指漁獲物或漁產品之漁撈作業，符合歐洲聯盟（以下簡稱歐盟）理事會規定之證明書。
漁獲證明書之申請人，應符合下列條件之一：一、經主管機關許可從事遠洋漁業，並限以其自行經營之漁船捕撈漁獲物或漁產品之經營者。
二、經主管機關核准從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口之遠洋漁業相關業者。
漁船捕撈證明文件之申請人，以前項第一款申請人為限。
漁獲證明書有效期間最長為四年。
但生鮮大目鮪及生鮮劍旗魚漁獲統計文件有效期間為二個月。
前項期間，漁獲證明書於漁獲物卸魚前核發者，自核發之日起算；於漁獲物卸魚後核發者，自完成卸魚之日起算。
第二章漁船捕撈證明文件
申請漁船捕撈證明文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、漁獲物委由貨櫃商輪、非我國籍運搬船或飛機運回國內卸售之運輸文件影本。
二、漁獲物運回國內卸魚明細表。
前項申請經審查無誤後，發給漁船捕撈證明文件。
有下列情形之一者，不予核發漁船捕撈證明文件：一、申請人不符合第四條第一項第一款規定。
二、圍網漁船漁獲物型態非冷凍全魚。
三、漁船未經主管機關許可從事遠洋漁業。
四、申請量超過轉載查核量；未經轉載查核者，申請量超過卸魚預報量。
第三章魚貨來源證明文件
申請魚貨來源證明文件者，漁船應通過衛生評鑑。
前項通過衛生評鑑之漁船，由主管機關公告之。
申請魚貨來源證明文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、漁船漁撈作業期間魚艙溫度紀錄圖表。
二、第四條第一項第二款之申請人並應檢附可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
前項申請經審查無誤後，發給魚貨來源證明文件。
有下列情形之一者，不予核發魚貨來源證明文件：一、申請人不符合第四條第一項規定。
二、第四條第一項第二款之申請人，經主管機關暫停出口資格。
三、有第七條第二款或第三款規定情事之一。
四、申請量超過卸魚或轉載查核量，或港口國卸魚檢查量；未經查核或檢查且已卸魚者，申請量超過實際卸魚量，未卸魚者，申請量超過轉載確認量。
五、漁船不符合第八條第一項規定。
六、申請人前所取得之魚貨來源證明文件，未依第十一條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。
申請人應於魚貨來源證明文件核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附輸出動物產品檢疫證明書影本，向主管機關辦理核銷。
第四章漁獲統計文件
申請漁獲統計文件者，漁船漁撈作業期間之船位回報、漁撈日誌及漁獲通報、轉載及卸魚，應符合漁船所赴洋區作業管理辦法之規定。
申請冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、漁船所屬公會確認該批漁獲物之證明資料。
二、於國內卸魚者，其魚市場交易資料，或卸魚檢查報告。
三、於國外指定港口卸售者，其交易證明。
四、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
五、漁獲物出口運輸單據影本。
但捕撈漁船自行載運或由國內出口者，免附。
前項第一款公會，於圍網漁船，指台灣區遠洋鰹鮪圍網漁船魚類輸出業同業公會；於延繩釣漁船，指台灣區遠洋鮪延繩釣漁船魚類輸出業同業公會或臺灣鮪延繩釣協會。
第一項申請經審查無誤後，發給冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件。
申請生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件者，大目鮪或劍旗魚漁獲物應符合下列條件：一、總噸位未滿一百之延繩釣漁船所捕獲。
二、以生鮮方式保存。
申請生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、於國外港口卸售者，其交易證明，及漁船進港前向港口國主管機關申請取得之貨物清單影本，或卸魚檢查報告。
二、於國內港口卸售者，其魚市場交易資料，或卸魚檢查報告。
前項申請經審查無誤後，發給生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件。
於國內卸售之生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件申請換發冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件正本。
二、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
前項申請經審查無誤後，發給冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件。
有下列情形之一者，不予核發漁獲統計文件：一、有第十條第一款至第四款規定情事之一。
二、申請冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件，漁船未符合第十二條規定。
三、申請生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件，漁船未符合第十二條規定，或漁獲物未符合第十四條規定。
四、申請人前所取得之漁獲統計文件未依第十八條或第十九條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。
五、所申請漁獲物或漁產品之漁撈期間，經營者經主管機關依本條例或漁業法所處罰鍰尚未繳納，或收回漁業證照處分尚未執行。
申請人應於冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件核發後六個月內，依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：一、漁獲物或漁產品輸出之通關證明文件影本。
二、申請人與國外買方之交易證明資料。
三、由國內出口者，其運輸單據影本。
前項資料非以中文、英文或日文記載者，應附中文或英文翻譯。
冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚於漁獲統計文件核發後六個月仍未核銷，申請人得檢附漁獲統計文件正本，並敘明理由，向主管機關申請展延核銷期限，每次展期最長為六個月，且不得逾第五條第一項規定之有效期間。
依前項規定申請展期者，主管機關得依本條例第十六條及第二十五條規定派員檢查漁獲物及漁產品。
申請人除有第三項規定之情形外，應於生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：一、漁獲物或漁產品輸出之通關證明文件影本。
二、申請人與國外買方之交易證明資料。
三、由國內出口者，其運輸單據影本。
前項資料非以中文、英文或日文記載者，應附中文或英文翻譯。
國內卸售之生鮮大目鮪或生鮮劍旗魚漁獲統計文件已用於換發冷凍大目鮪或冷凍劍旗魚漁獲統計文件，申請人免辦理第一項核銷。
第五章捕撈合法證明書
申請捕撈合法證明書者，漁船於漁撈作業期間，應符合下列規定：一、船位回報、漁撈日誌及漁獲通報、轉載及卸魚，未違反漁船所赴洋區作業管理辦法之規定。
二、非屬依本條例第十三條第二項公告之非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船。
三、無違反本條例第十三條第一項規定情事或漁業法第四十八條第一項規定情事。
申請捕撈合法證明書者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
二、漁獲物或漁產品出口運輸單據影本；申請換發輸歐盟漁獲證明書用者，或作為向其他主管機關申請核發相關文件之來源合法證明，或作為採購、銷售合法漁獲物之證明者，免附。
前項申請經審查無誤後，發給捕撈合法證明書。
有下列情形之一者，不予核發捕撈合法證明書：一、有第十條第一款至第四款，或第十七條第五款規定情事之一。
二、漁船不符合第二十條規定。
三、申請人前所取得之捕撈合法證明書未依第二十三條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。
申請人除有第三項規定外，應於捕撈合法證明書核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：一、漁獲物或漁產品輸出之通關證明文件影本。
二、申請人與國外買方之交易證明資料。
前項資料非以中文、英文或日文記載者，應附中文或英文翻譯。
有下列情形之一者，申請人免辦理第一項核銷：一、已用於換發輸歐盟漁獲證明書。
二、用於向其他主管機關申請核發相關文件之來源合法證明。
三、用於採購、銷售合法漁獲物之證明。
第六章輸歐盟漁獲證明書
輸歐盟之漁獲物，其捕撈漁船及運搬船於漁撈作業期間均應通過歐盟衛生評鑑，並完成歐盟登錄，並應符合第二十條規定。
申請輸歐盟漁獲證明書者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：一、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
二、漁獲物或漁產品出口運輸單據影本。
三、該批漁獲物或漁產品已請領捕撈合法證明書者，其捕撈合法證明書正本。
前項申請經審查無誤後，發給輸歐盟漁獲證明書。
主管機關為確認輸歐盟漁獲證明書中港內轉載簽署欄位之真實性，得聯繫港口國權責機關確認簽署資訊；其於三十日內未獲港口國權責機關確認者，應駁回申請。
有下列情形之一者，不予核發輸歐盟漁獲證明書：一、有第十條第一款至第四款，或第十七條第五款規定情事之一。
二、漁船不符合第二十四條規定。
三、申請人前所取得之輸歐盟漁獲證明書未依第二十八條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。
四、輸歐盟漁獲證明書所載港內轉載簽署機關非港口國權責機關，或確認該簽署非真實。
五、輸歐盟漁獲證明書所載出口商非申請人。
輸歐盟漁獲證明書核發後，經查有前項不予核發情形之一者，主管機關應予撤銷，並通知歐盟及輸入國主管機關。
申請人應於輸歐盟漁獲證明書核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：一、漁獲物或漁產品輸出之通關證明文件影本。
二、申請人與國外買方之交易證明資料。
前項資料非以中文、英文或日文記載者，應附中文或英文翻譯。
第七章附則
漁獲證明書遺失、因故未使用或毀損時，申請人應檢附下列文件，主動向主管機關辦理註銷：一、註銷原因之說明。
二、漁獲證明書正本。
但遺失者，免附。
三、漁獲物或漁產品出口後始生註銷原因時，其出口運輸單據影本，及輸出地海關核發之出口報單證明聯或其他相關證明文件。
使用經註銷之漁獲證明書或其影本，屬本條例第十三條第一項第十七款冒用漁獲證明書之行為。
漁獲證明書依前條第一項規定辦理註銷後，申請人得向主管機關申請補發。
申請人申請、核銷、註銷或補發漁獲證明書，所填具申請書、應檢附之文件或其內容不完備者，主管機關應通知申請人限期補正；屆期不補正或補正不完備者，駁回其申請。