本規則依民用航空法（以下簡稱本法）第七十八條第三項規定訂定之。
外籍航空器飛航國境依其性質分為下列七種：一、定期飛航之外籍航空器，飛入飛出國境，並在境內起降裝卸客、貨及郵件者。
二、定期飛航之外籍航空器，飛入飛出國境，在境內起降不裝卸客、貨及郵件者。
三、定期飛航之外籍航空器，飛越國境不在境內降落者。
四、不定期飛航之外籍航空器，飛入飛出國境，並在境內起降裝卸客、貨及郵件者。
五、不定期飛航之外籍航空器，飛入飛出國境，在境內起降不裝卸客、貨及郵件者。
六、不定期飛航之外籍航空器，飛越國境不在境內降落者。
七、外籍自用航空器在國境內從事非營利性之飛航活動者。
申請前條第一款所定之飛航者，應依本法及外籍民用航空運輸業管理規則之相關規定辦理之。
申請第二條第二款所定之飛航者，應檢附下列資料於定期飛航開始七工作日前向民用航空局(以下簡稱民航局)申請許可。
一、飛航性質。
二、航空器使用人名稱。
三、航空器登記國籍及航空器型式。
四、擬在國境內降落之地點。
五、定期飛航之時刻表。
申請第二條第三款所定之飛航者，應由航空器使用人或代理人檢附下列資料於定期飛航開始七工作日前向民航局飛航服務總臺（以下簡稱飛航服務總臺）申請許可：一、飛航性質。
二、航空器使用人名稱。
三、航空器登記國籍及航空器型式。
四、預計進出我國飛航情報區之時間。
五、定期飛航之時刻表。
申請第二條第四款及第五款之飛航者，除外籍民用航空運輸業，應依外籍民用航空運輸業管理規則辦理外，其餘應填具申請書（如附件一）於入境或出境二工作日前向民航局申請核准。
申請第二條第二款、第四款、第五款或第七款所定之飛航，未在我國經營定期班機或無在臺總代理者，應委託飛航國際航線之我國籍民用航空運輸業代理提出申請。
但有下列情形之一者，不在此限：一、申請商務專機或自用航空器之飛航者，得委託經營國際商務專機之普通航空業代理提出申請。
二、申請維修運渡或試飛之飛航者，得委託在臺依法設立之航空器維修廠代理提出申請。
三、申請自由氣球或飛艇之飛航者，得委託飛航國內航線之我國籍民用航空運輸業或普通航空業代理提出申請。
經申請核准第二條第二款、第四款、第五款及第七款之飛航，以民航局核准之飛航通知單（如附件二）離到時間前後各二十四小時內為有效。
申請第二條第六款之飛航者，應由航空器使用人或代理人填具申請書（如附件一）於入境一工作日前向飛航服務總臺申請核准。
前項以電報申請者，應參照申請書所列項目逐一填列，並依編號順序拍發。
申請第二條第七款所定之飛航者，應依下列規定辦理：一、以自由氣球或飛艇從事飛航活動者，準用自用航空器飛航活動管理規則第七條之一規定，並應檢附航空器國籍登記證書、航空器適航證書及駕駛員檢定證之影本，向民航局申請核准。
二、其餘飛航，使用民用機場，應於預計起飛二工作日前，使用軍民合用機場，應於預計起飛三工作日前，填具申請書（如附件一）向民航局申請核准。
外籍航空器飛航國境時，應將國籍標誌及登記號碼標明於航空器上顯著之處。
外籍航空器在我國境內起降時，應備具下列文書：一、航空器登記證書。
二、航空器適航證書。
三、飛航日記簿。
四、航空器無線電台執照。
五、載客時乘客名單。
六、載貨物及郵件時，貨物及郵件清單。
外籍航空器在我國境內起降時，其航空人員應攜帶檢定證及體格檢查及格證，並應遵守境內有關之各項飛航程序。
外籍航空器及其裝載之客貨，均應於降落後起飛前，依法接受有關機關之檢查。
外籍航空器因故迫降於國境內任何場、站時，應於降落後向該場、站管理人員報告降落原因，俟查明核准後，始能繼續飛航。
外籍航空器降落在指定之國際航空站以外之處所者，除因救護傷患或有安全問題上之理由，不得將航空器上人員或所載行李、貨物撤離該航空器，航空器機長並應於降落後立即就近向有關機關報告。
前項航空器如能在短時停留後恢復飛航者，應以原裝載之客、貨、郵件飛航至指定之國際航空站。
第一項撤離航空器之人員、行李或貨物，除因傷重送醫外，機長應將之集中於指定之處所。
本規則所定之外籍航空器，如違反本法或有關法規之規定或不遵守許可時之條件者，民航局得撤銷或廢止其許可，或禁止其飛航。
本規則各項飛航申請得於民航局所指定之資訊系統以電子化方式為之。
第六條及第八條之一之飛航申請或變更之受理及核准，民航局得委託航空站經營人辦理。
民航局依前項規定為委託行為時，應將委託之對象、事項及法規依據公告之，並刊登於政府公報。