本規則所稱專業機構，指經航政機關委託辦理船員各項訓練之國內船員訓練機構。
前項專業機構應具備以下資格：一、符合航海人員訓練發證及當值標準國際公約之認證資格。
二、通過國際標準組織品質管理標準系統ISO9001品質標準之認證資格。
專業機構應擬訂船員訓練計畫，並於開班前五日報請航政機關核可後，始得開班施訓。
但有特殊情形報經航政機關同意者，不在此限。
前項訓練計畫內容包括訓練日期、參訓資格、訓練名額、課程監督、講師與評鑑員之遴聘、訓練課程、教材及設備、訓練費用、評核及發證等事項。
第一項經核准之訓練計畫如有修正或變更者，應檢具有關文件報請航政機關核可。
專業機構應將開班施訓期別，參訓資格、訓練課程、授課講師及收費標準等訊息，製成相關文宣資料，張貼於訓練位址之醒目處並登載網站，以提供學員查詢及報名。
專業機構應建立參訓學員之各項訓練文件，包含出席、學術科測驗、成績及其他有關訓練紀錄。
前項訓練文件之最短保存期限為參訓學員合格結訓後二年，並隨時提供航政機關查驗。
專業機構應為參訓學員至少投保新臺幣一百萬元之意外險及十萬元之意外醫療險。
專業機構完成各項訓練開班施訓後，應檢送訓練計畫核准函、參訓學員成績彙總表及相關證明等文件，報請航政機關備查。
養成訓練、岸上晉升訓練及適任性評估、補強訓練之合格證明文件，由專業機構核發。
但專業訓練合格證書由航政機關核發。
專業訓練分為公費班及自費班。
前項訓練之項目、參訓資格及專業訓練合格證書核（換、補）發資格要件，依附件一船員專業訓練參訓及領證資格辦理。
前項證書核發日期應為結訓日期。
但結訓時，參訓學員未具有申領證書之資格者，其證書核發日期為取得資格後，檢附相關文件向專業機構申辦之日期。
參訓學員申請專業訓練合格證書之核（換、補）發，應向航政機關繳交每張證書費及審查費各新臺幣一百元。
航政機關得委託專業機構辦理前項證書核（換、補）發資格之審查及製作。
專業機構檢送養成訓練、岸上晉升訓練及適任性評估、補強訓練等相關結訓文件，報請航政機關備查時，應向航政機關繳交每班（或每梯次）審查費新臺幣五百元。
專業機構開辦各項訓練，依其申請訓練項目，應符合下列施訓要件：一、具備附件二訓練場地、設備及設施。
二、授課講師應具有訓練課程專業知能之教師資格或專業證照，若訓練項目含有模擬機實務操作課程，實作講師應領有模擬機訓練合格證明文件。
三、評鑑員應具有評鑑項目之講師資格，若評鑑項目含有模擬機實務操作，評鑑員應具有受監督指導之相關評估經驗。
四、配置船員訓練相關業務人員，包括教學事務管理人員至少二名，設備器材維護至少一名。
為維護專業機構訓練品質，航政機關得不定期派員督導，並實地查核施訓情形及查閱相關資料，發現有不符合附件三查核表之查核項目者，應限期改善，未改善者，不得辦理訓練及評估。
航政機關得辦理專業機構評鑑，經評鑑未合格者，應限期改善，辦理複評，複評未合格前，不得辦理訓練。