本辦法依中華民國領海及鄰接區法(以下簡稱本法)第七條第五項及第九條規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、外國船舶：指非依中華民國法律註冊登記或列管之船舶，包括民用船舶、軍用船舶、公務船、潛水艇及其他潛水器。
二、船舶所有人：指船舶所有權人、承租人、經理人或營運人。
三、有害物質：指依聯合國國際海事組織所定國際海運危險品準則所指定之物質。
四、核物質：指含有鉓、鈾二三三元素或含鈾二三五占鈾之成分重量比在百分之○‧七一一以上之物料，或其他經原子能主管機關指定者。
外國船舶通過中華民國領海，依本法第七條第二項規定停船或下錨後，應即通知當地航政主管機關。
中華民國領海內設備、設施、地形、水文之新增或變遷，致影響航行安全者，航政主管機關應隨時公告。
外國船舶通過中華民國領海時，發現海上設備、設施、地形、水文之新增或變遷致影響航行安全者，船長應即個當地航政主管機關報告。
外國船舶通過中華民國領海時，應遵守中華民國海洋污染防治法及其相關規定，避免造成污染。
外國船舶通過中華民國領海，應設置防止污染設備，並備置海洋污染防止證明書。
外國船舶通過中華民國領海發生海難事故者，船長應即將下列事項，通知當地航政主管機關。
一、案由。
二、發生時間及地點。
三、船舶資料，包括船名、國籍、船長、船舶所有人名稱、所在地及負責人姓名與住所。
四、污染及災害情形。
五、已採及應採措施。
六、其他報告事項。
航政主管機關得對海難事故進行調查，或委託有關機關調查或鑑定。
前項調查或鑑定之人員，於出示證件後，得登臨船舶進行調查或鑑定、詢問相關船員或要求提供調查所需之文書或物品。
航政主管機關之調查人員，必要時得指示船舶停止航行、駛往指定地點或封鎖現場。
外國船舶通過中華民國領海發生沉船或擱淺事件，其船舶所有人應儘速清(移)除其沉沒或擱淺船舶、物質或漂流物，並依當地航政主管機關、環境保護主管機關、漁業主管機關通知辦理。
外國船舶通過中華民國領海時，應將漁具妥為收藏，不得置入水中，並不得採捕水產動植物。
前項行為之查察及取締，由海岸巡防機關執行，必要時，得會同漁業主管機關執行。
外國船舶通過中華民國領海時，未經許可，不得進行海洋科學研究及水文測量活動。
前項行為之查察及取締，由海岸巡防機關執行，必要時，得會同行政院國家科學委員會執行。
外國船舶通過中華民國領海時，除中華民國電信法令另有規定外，未經許可，不得廣播或干擾中華民國通訊系統。
前項作業之監督及管理，由交通部為之。
外國核動力船舶或載運核物質之船舶，欲通過中華民國領海者，應持有國際協定認可之證書，並檢附下列資料，於抵達之十日前，送達原子能主管機關許可後，始得通過：一、船名及國籍。
二、核動力反應爐功率與所用核子燃科或載運核物質之名稱、持有人、數量、總活度、包裝方式及運送總指數。
三、預計抵達及離開之時間。
四、航行路線。
五、上一港口及目的港。
前項外國船舶通過中華民國領海時，由原子能主管機關會同海岸巡防機關，全程監管。
載運有害物質之外國船舶，欲通過中華民國領海者，應持有國際協定認可之證書，並檢附下列資料，於抵達之十日前，送達中央環境保護主管機關許可後，始得通過：一、船名及國籍。
二、載運物質、種類及數量。
三、預計抵達及離開之時間。
四、航行路線。
五、上一港口及目的港。
前項外國船舶通過中華民國領海時，由中央環境保護主管機關會同海岸巡防機關，全程監管。
外國軍用船舶欲通過中華民國領海時，應將下列事項，由所屬國政府、駐華使領館或代表機構，於抵達之十日前，送達外交部轉知國防部：一、船名及國籍。
二、船型。
三、編號。
四、噸位。
五、呼號。
六、敵我識別型碼。
七、通訊方法。
八、通訊頻率。
九、船長姓名。
十、船載人數。
十一、是否配載飛機。
十二、預計抵達及離開之時間。
十三、航行路線。
前項外國軍用船舶通過中華民國領海時，國防部應通飭所屬，全程監控。
外國公務船舶欲通過中華民國領海時，應將下列事項，由所屬國政府、駐華使領館或代表機構，於抵達之十日前，送達外交部轉知相關機關：一、船名及國籍。
二、目前船位。
三、船速。
四、執行之公務。
五、目的港。
有下列情形之一者，得暫停外國船舶在領海特定海域內無害通過：一、發生內亂戒嚴，須防止外力介入。
二、與外國發生武裝衝突或敵對狀態。
三、發生海上緊急危難。
四、武器系統研發試驗。
五、作戰演訓。
六、建構國防機密工程。
七、其他有關國家利益或安全事項。
前項第四款至第六款特定海域之範圍及期間，行政院得委任國防部公告，並依國軍實彈射擊通報作業程序及彈藥處理要點，通報送達各機關。