本辦法所稱學界科技專案，指補助學術機構規劃開發經濟部（以下簡稱本部）職掌範圍內產業創新及研究發展相關事項之計畫。
為推動我國產業發展，強化創新能力，本部得補助學術機構從事下列事項之研究發展：一、產業所需之創新性、前瞻性或關鍵性技術。
二、有利產業發展之營運模式、經營管理或創新服務。
三、其他與產業創新及研究發展相關之事項。
前項補助之經費項目包括人事費、業務費、旅運費、維護費、材料費、設備使用費、設備費及管理費。
本部得參酌學界科技專案之計畫定位、屬性、產業特性、區域平衡及其他因素，訂定不同之補助經費比率及上限。
為促進產業創新及研究發展，強化學界科技專案之規劃、評審、管理及其他運作事宜，除本辦法另有規定外，本部得邀集相關領域專家召開各項會議。
本部得就本辦法所定申請案與計畫之受理、審查、核定、查訪、查核、撥付、追回補助款及其他相關事項，委託法人或團體辦理之。
為有效整合國內外各界研究發展資源及能力，創造產業最大效益，本部得要求申請學界科技專案者結合研究機構或公司之參與，並以跨領域或跨單位之方式執行學界科技專案。
申請學界科技專案者，以符合下列各款條件之學術機構為限：一、具有研究發展及技術整合能力之團隊。
二、具有固定之研究場所及執行計畫之基本人力與設備。
三、具有計畫管理、人事、會計與研發成果管理制度及專責部門。
申請學界科技專案者，於提出計畫申請時，應向本部聲明下列事項：一、於三年內未有執行政府計畫之重大違約紀錄。
二、未有因執行政府計畫受停權處分而其期間尚未屆滿情事。
三、於三年內未有違反勞工、環境保護、食品安全衛生相關法規或身心障礙者權益保障法相關規定之重大情節。
四、三年內無欠繳應納稅捐情事。
五、同一計畫未獲得其他機關經費之補助。
申請者拒絕為前項聲明時，本部得不受理該申請案；其聲明不實者，本部得駁回其申請，或撤銷補助及解除契約，並追回已撥付之補助款。
符合本辦法申請資格者，應依本部規定之作業流程、表件格式、費用標準及其他相關規定，研提計畫書及相關申請文件。
依本辦法提出之學界科技專案申請案，由本部召開會議進行審查後核定之。
本部審查計畫申請案，自收件之日起至審查完竣通知申請者之日止，其期間不得逾四個月；必要時，得延長一個月。
經本部核定之學界科技專案，由本部與申請者簽訂補助契約，明定雙方之權利及義務。
依前條規定與本部簽約執行學界科技專案者（以下簡稱執行單位），應提交各項工作報告送本部審查。
學界科技專案執行期間，本部得進行查證，必要時派員實地查訪或查核帳目，執行單位不得拒絕。
本部依前項查證結果或學界科技專案執行進度，得進行審議，調整各該學界科技專案之工作項目或經費、終止或解除契約。
執行單位執行學界科技專案有下列各款情形之一者，本部得停止撥付次期款，並追回補助款：一、經費挪移他用。
二、無正當理由停止計畫工作或進度嚴重落後。
三、執行項目與契約內容不符。
四、其他違反法令或契約之情事。
執行單位違反前項規定且情節重大者，本部得終止或解除契約，三年內不再受理其申請學界科技專案。
執行單位於政府審監單位查核後，經本部要求改善而不予改善者，本部得減少或停止撥付經費、終止或解除契約。
學界科技專案執行期間屆滿後一定期間內，本部應進行查證。
本部依前項查證結果，得作下列決定：一、准予結案。
二、限期改善。
三、減價結案。
四、不予結案。
經決定為前項第二款、第三款或第四款者，本部得核減該學界科技專案當年度或以後年度之管理費。
查證結果屬第二項第四款者，本部於一定期間內，不受理該執行單位申請學界科技專案。
前項一定期間，由本部另定之。
本部對學界科技專案得訂定績效指標及相關程序，進行績效考評。
執行單位應配合提供前項績效考評所需之各項資料。
本部得依績效考評之結果及決定，要求執行單位於一定期限內改善；逾期未改善者，本部得依個案情節輕重，於一定期間內，不受理其申請學界科技專案。