本辦法依產業創新條例（以下簡稱本條例）第二十三條之二第二項規定訂定之。
本辦法所稱高風險新創事業公司，指自設立登記日起未滿二年，並符合下列各款條件之股份有限公司：一、其技術、創意或商業模式具創新性及發展性。
二、可提供目標市場解決方案或創造需求。
三、開發之產品、勞務或服務，具市場化之潛力。
前項公司設立登記日之認定，以公司設立登記表所示核准日或商工登記公示資料查詢服務網站所登載日期為準。
本辦法所稱個人，指符合所得稅法第七條第二項規定之中華民國境內居住之個人。
前項個人與高風險新創事業公司相互間，如有藉投資資金或其他虛偽之安排，不當為他人或自己規避或減少納稅義務之情形，稅捐稽徵機關為正確計算該個人之綜合所得總額及應納稅額，得依稅捐稽徵法第十二條之一規定依查得資料，按實際交易事實依法予以調整。
個人於中華民國一百零六年十一月二十四日至一百十八年十二月三十一日期間內，在同一年度以現金投資同一經中央目的事業主管機關核定之高風險新創事業公司達新臺幣一百萬元，並自取得該公司新發行股份日起，持有期間達二年者，得就投資金額百分之五十限度內，自持有期間屆滿二年之當年度個人綜合所得總額中減除，得減除之金額以新臺幣三百萬元為限。
公司申請核定為高風險新創事業公司者，應於設立登記日起二年內，檢附下列文件向中央目的事業主管機關申請之：一、公司設立登記及最近一次變更登記證明文件。
二、營運計畫。
三、股東名冊。
四、其他相關證明文件。
前項申請不得逾中華民國一百十八年十二月三十一日。
中央目的事業主管機關應將第一項核定結果函復該公司，並副知公司所在地稅捐稽徵機關。
各中央目的事業主管機關依前條受理申請案時，必要時得邀請相關專家擔任審查委員召開審查會審查。
審查委員因參與前項會議所知悉之資訊，應盡保密義務。
公司經核定為高風險新創事業公司後，於其個人股東持有股份屆滿二年之次年一月底前，檢附下列文件向公司所在地稅捐稽徵機關申請核發個人股東投資自綜合所得總額減除證明書，並將該等文件副知中央主管機關：一、中央目的事業主管機關核發高風險新創事業公司核定函影本。
二、個人股東投資及持股證明文件，內容應包含投資金額、持股期間及持股異動情形。
三、其他有關證明文件。
公司依前項規定應檢送之資料如有缺漏，稅捐稽徵機關得通知限期補正。
稅捐稽徵機關應於受理申請日或公司檢齊文件日起二個月內，將第一項申請結果函復該公司，其經核准者，應併同核發個人股東投資自綜合所得總額減除證明書，由公司轉發個人股東。
第一項個人股東投資自綜合所得總額減除證明書之格式，由財政部定之。
個人於辦理持有高風險新創事業公司股份屆滿二年之當年度綜合所得稅結算申報時，應檢附前條證明書並自綜合所得總額減除經稅捐稽徵機關核定得減除之投資金額。
本辦法自中華民國一百零六年十一月二十四日施行至一百十八年十二月三十一日止。
本辦法中華民國一百零八年十二月二十六日修正發布之條文，自一百零九年一月一日施行至一百十八年十二月三十一日止。