經濟部水利署（以下簡稱本署）處理事務，除法令另有規定外，依本細則辦理。
本署署長綜理署務，副署長襄理署務，並設下列各組、室、水利防災中心、河川勘測隊（其組織架構圖如附件）：一、綜合企劃組。
二、水文技術組。
三、水源經營組。
四、河川海岸組。
五、保育事業組。
六、工程事務組。
七、水利行政組。
八、土地管理組。
九、資訊室。
十、秘書室。
十一、人事室。
十二、會計室。
十三、政風室。
十四、水利防災中心。
十五、河川勘測隊。
綜合企劃組職掌如下：一、水利政策、組織、制度及其相關事項之擬訂及推動。
二、水利法、水利法施行細則之研擬。
三、水利經濟及知識型水利產業之推動。
四、水資源審議委員會及水資源協調會報幕僚作業事項。
五、水利人員之教育與培訓及年度出國計畫之規劃與推動。
六、國際合作及交流事務之推動。
七、水利業務宣導計畫之推動執行與水資源知識之管理及出版。
八、水資源永續發展之推動。
九、水利技師及水利團體之指導。
十、一般民間團體或學術機關（構）辦理水利相關活動或研討會之補（捐）助事項。
十一、年度公共建設及社會發展計畫之先期作業。
十二、國土、縣市綜合開發計畫及區域計畫之會審。
十三、年度公共建設計畫、重要施政與特定專案計畫之管制考核及彙辦。
十四、年度與施政計畫研擬、績效檢討與評估及重要列管計畫成果彙編事項。
十五、水利科技計畫之研擬、規劃及推動。
十六、年度委辦計畫之管理。
水文技術組職掌如下：一、地面水、地下水觀測與近海水文計畫之研擬及督導。
二、地面水、地下水與近海水文站網之建置及維護。
三、地面水、地下水與近海水文資訊之收集、分析、利用及相關法令之訂定。
四、水文研究分析及審查。
五、地下水保育管理制度之研擬、規劃、推動及督導。
六、深層海水資源開發技術之推動。
水源經營組職掌如下：一、水資源經理計畫及區域水資源計畫之研擬。
二、區域水資源調度與開發策略之企劃、水資源規劃作業之督導及規範之研擬。
三、水資源開發計畫與環評計畫之提報及推動。
四、水資源開發工程計畫之審核、督導及推動。
五、水資源工程技術規範之擬訂。
六、引水、蓄水建造物檢查及安全評估技術規範擬訂之督導。
七、政府投資自來水事業計畫之審核及經費籌編。
八、水資源作業基金幕僚作業。
九、水資源作業基金所轄水庫堰壩營運管理之督導。
十、環境影響評估及非都市土地開發作業規定之用水計畫審議。
十一、水資源情勢分析、調度、協調及用水糾紛之處理。
十二、水庫蓄水範圍之審核、公告及使用管理之督導。
十三、引水、蓄水建造物操作、管理之督導。
十四、灌溉事業之督導及管理。
河川海岸組職掌如下：一、河川、排水治理與海岸防護之規劃及相關規範之擬訂。
二、河川、排水與海堤空間利用之規劃及推動。
三、河川、排水治理及海岸防護計畫之推動。
四、河川、排水、海堤歲修養護工程計畫之研擬及推動。
五、防水、洩水建造物檢查與安全評估技術規範之擬訂及督導。
保育事業組職掌如下：一、水庫蓄水範圍之保育治理、水源涵養、環境生態維護及涉及水庫集水區相關協調事項。
二、節約用水措施與省水事業之輔導及推動。
三、自來水法、溫泉法及其相關法規之研擬。
四、自來水事業與溫泉事業政策、組織、制度及其他相關事項之推動及督導。
五、自來水承裝業登記管理之相關業務。
六、自來水水質水量保護區公告、禁止與限制事項之審議及督導。
七、自來水水源水質水量保護區保育回饋補償之推動及督導。
八、自來水水價及離島自來水差價之審議。
工程事務組職掌如下：一、工程招標、訂約、變更設計、驗收與決算相關工務之處理及督導。
二、工程履約爭議之處理。
三、工程進度管控、工法研擬、工程糾紛處理、工資工率訂定與施工規範建置及修正。
四、施工品質管制督導、施工品質與工程材料檢驗、工程督導與配合工程施工查核、內部品質稽核及實驗室認證之推動與執行。
五、環境監測追蹤考核、工程勞安、環保督導，環評案件審議意見及環境敏感區位查詢案件之彙辦。
六、水利維護役之相關業務。
水利行政組職掌如下：一、水利法、溫泉法、自來水法及其相關法規命令、行政規則之審訂及公（發）布相關法制作業事宜。
二、水利相關訴願、國家賠償、契約與業務行政涉及法令相關案件之協助及彙辦。
三、水權管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
四、鑿井業務管理。
五、水利建造物建造、改造及拆除之辦理。
六、海堤與排水管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
七、河川管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
八、河川、排水與海堤除休閒場地以外空間，使用管理之推廣及督導。
土地管理組職掌如下：一、工程用地徵收、價購與撥用等取得事宜之督導及安置計畫之配合執行。
二、水利用地之管理。
三、河川私有地之處理及重劃業務之配合執行。
四、都市及非都市土地使用計畫變更。
五、河川、排水空間之休閒場地認養及維護管理。
六、水利地重劃之研擬。
資訊室職掌如下：一、資訊作業之規劃與管理及資訊系統之建置與維護。
二、網路系統之建置與管理。
三、電腦資料之管理及維護。
四、全國水利相關地理資訊系統之規劃及推動。
秘書室職掌如下：一、文書收發、分配及繕校事項。
二、檔案管理事項。
三、印信典守事項。
四、事務機具與辦公用品之採購及管理事項。
五、車輛及儀器機械設備之採購、分配、督導及管理事項。
六、維修、勞力及其他一般勞務之採購作業。
七、專業、技術、資訊服務與設計競賽採購案件之公告、開標及決標相關作業。
八、財產之登記及管理事項。
九、技工、工友及駕駛之管理事項。
十、辦公廳舍與眷舍之營繕、維護及使用管理事項。
十一、現金、票據與有價證券之出納及保管事項。
十二、員工薪津之領發、各類所得之申報扣繳及健保費、勞保費與公保費之繳納事項。
十三、署務會報與擴大署務會報會議之議事管理及決議事項管考。
十四、公文稽催及績效考核事項。
十五、公共關係及新聞發布之聯繫事項。
十六、協辦為民服務事項。
十七、不屬於其他各組、室之行政事項。
人事室職掌如下：一、組織編制及員額配置事項。
二、職務設置、歸系及異動管理事項。
三、職員派免遷調、銓敘及請任（免）事項。
四、考試分發之核簽擬辦事項。
五、分層負責之彙辦事項。
六、動員與緩召案件之擬辦及陳報事項。
七、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
八、職員考核獎懲及考績事項。
九、職員差勤之管理事項。
十、職員訓練、進修及出國事項。
十一、員工文康活動之辦理事項。
十二、職員待遇、福利及各項補助事項。
十三、職員退休、資遣、保險及撫卹事項。
十四、人事資料之蒐集、登記及保管事項。
十五、其他人事管理相關事項。
會計室職掌如下：一、預（概）算之籌劃、彙編、報核及分配事項。
二、預算執行之控制與審核、財務之稽核及採購案件之監辦。
三、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。
四、決算之彙編及報核事項。
五、會計簿籍之登記、會計憑證之編製與保管及各項會計報告之編製與公告事項。
六、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。
七、推動公務統計及擬訂水利業務統計制度。
八、辦理職務上應用統計分析及舉辦專（個）案統計調查。
九、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。
十、會計人員之人事管理事項。
十一、其他有關歲計、會計及統計事項。
政風室職掌如下：一、政風法令之擬訂事項。
二、政風法令之宣導事項。
三、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
四、政風興革建議事項。
五、政風考核獎懲建議事項。
六、公務機密維護事項。
七、其他有關政風事項。
水利防災中心職掌如下：一、水（旱）災災害防救業務計畫及制度之擬定。
二、災害防救相關會議提案與業務處理與水（旱）災災害彙報。
三、水利災害緊急應變體系建立與水利防救災教育訓練及防汛（旱）演練之督導。
四、國家型防災科技研究計畫之推動及執行。
五、所屬單位與縣市政府辦理防汛（旱）器材檢查及整備之督導。
六、水利防災預警報軟硬體系統建置及維護。
七、震災及其他災害應變之相關業務彙辦。
河川勘測隊職掌如下：一、中央管河川、排水與海堤區域劃設及公告事項。
二、河川與排水勘測測量技術及計畫之擬訂。
三、縣市管河川勘測業務之督導。
四、河川、排水及海堤圖籍之數化工作。
總工程司與主任秘書承署長、副署長之命，綜核本署各組室文稿代行判發，並督導各所屬機關有關業務及內外工作之聯繫協調。
組長及室主任承署長、副署長之命，督導所屬，並綜理各該組室業務。
副總工程司、副組長、專門委員、科長、正工程司、秘書、視察、分析師、副工程司、專員、設計師、管理師、助理工程司、科員、助理設計師、辦事員及書記各承其上級長官之命，處理其主辦之公務。
為因應業務需要，得指定法制職系專門委員、簡任秘書、科長、秘書、專員、科員若干人辦理法制業務。
本署處理公務實施分層負責制度，逐級授權決定，其分層負責明細表另定之。
本署署務會議，定期召開，由署長主持，副署長、總工程司、主任秘書、各組室（中心、隊）主管為當然出席人員，其餘由署長指定，並得通知有關人員列席。
本署得依業務需要，召開專案研討會議或協調會議；必要時，並得邀請學者、專家及有關機關派員參加。