本細則依經濟部水利署各區水資源局組織通則第十二條規定訂定之。
本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課室、管理中心：一、水文課。
二、設計課。
三、工務課。
四、品管課。
五、經管課。
六、養護課。
七、資產課。
八、曾文水庫管理中心。
九、阿公店水庫管理中心。
十、牡丹水庫管理中心。
十一、甲仙攔河堰管理中心。
十二、高屏溪攔河堰管理中心。
十三、秘書室。
十四、人事室。
十五、會計室。
十六、政風室。
水文課職掌如下：一、研擬各期程水資源開發計畫及送核事宜。
二、執行各期程水資源調查開發與管理規劃計畫及其相關事宜。
三、督導與水資源開發管理相關之技術研發應用等工作。
四、本課業務相關法規、作業程序、標準等之蒐集及研議。
五、辦理與水資源開發管理事項有關之國內外顧問學者專家之指導、或訓練講座等。
六、辦理與水資源開發管理事項有關之資訊安全管理業務。
七、其他臨時交辦事宜。
設計課職掌如下：一、水資源開發專案工程實施計畫、年度作業計畫、年度計畫預算、各子項計畫之研擬、修正及陳報。
二、水資源開發專案工程基本設計準則與工程技術規範之擬訂、基本設計與細部設計圖表繪製、工程細部設計原則與工程預算預算書初稿之陳報及設計報告之編撰與陳報。
三、水資源開發專案工程用地範圍劃定、界樁測釘及指界。
四、水資源開發專案工程施工中配合設計變更會勘、重大設計變更原則之擬訂及設計圖說之釋疑。
五、設計部分之國內外專家顧問聘僱、計畫編寫、行程安排及指導項目擬訂。
六、委託技術服務及研究計畫等相關作業事項。
七、其他臨時交辦事項。
工務課職掌如下：一、年度工程計畫之施工執行。
二、工程招標(含各課室、管理中心有關工程之招標案審查及招標)。
三、工程契約。
四、工程施工執行(工務行政管理)。
五、工程災害處理。
六、施工規範及補充說明書審查。
七、工程材料及機具儀器之採購管理維護等各項業務。
八、研究發展(工程施工部分)。
九、其他臨時交辦事項。
品管課職掌如下：一、工程品質管制標準研訂。
二、施工品質管制及檢驗查核。
三、勞工安全衛生。
四、環境保護。
五、工程評鑑。
六、檢驗技術(含實驗室認證)。
七、研究發展(工程品管部分)。
八、其他臨時交辦事項。
經管課職掌如下：一、供水業務之給水、灌溉案件之申請、勘查、方案訂定與用水調配及處理事項。
二、發電業務之發電計畫與電廠營運之訂定及處理事項。
三、水庫觀光業務之觀光計畫與觀光事業發展之審查事項。
四、水庫營運及既有水資源設施之水量分配調度及處理事項。
五、年度經營績效考核之會報及處理事項。
六、水庫開發工程完工後業務之接管及處理事項。
七、本課主管業務有關研究發展委託研究計畫之研提事項。
八、轄區內水權登記及管理業務之執行事項。
九、其他臨時交辦事項。
養護課職掌如下：一、水庫水質污染管制計畫訂定研提事項。
二、水庫集水區水質水源保育計畫訂定研提事項。
三、水庫集水區經營管理與治理計畫之規劃審查及處理事項。
四、集水區水土保持之宣導成果統計及一般案件處理事項。
五、本課主管業務有關研究發展委託研究計畫之研提事項。
六、水庫操作運用與維護管理要點之訂定修正及公告事項。
七、天然災害調查資料通報與會辦及緊急應變小組作業處理事項。
八、水庫安全評估與緊急應變措施計畫研提事項。
九、水庫安全檢查資料及設施安全維護改善之審查事項。
十、其他臨時交辦事項。
資產課職掌如下：一、工程用地徵收價購計畫之擬定及執行。
二、公地撥用計畫之擬定及執行。
三、安置計畫之執行。
四、土地發還業務之執行。
五、公有土地清查及管理。
六、需用土地之租賃。
七、不動產經營及處分。
八、基金管理業務之控管及執行。
九、地權業務之管理督導。
十、國家賠償業務之處理。
十一、其他臨時交辦事項。
水庫(壩、堰)管理中心職掌如下：一、水庫(壩、堰)蓄水利用、運轉及資訊系統管理事項。
二、水庫(壩、堰)防洪運轉之操作、執行及成果分析編報事項。
三、警報系統之研訂與誰護、執行，緊急狀況之處理事項。
四、水庫(壩、堰)設施之檢查維護、漂流木及浚渫之執行事項。
五、各項結構之計測、觀測或檢查維護事項。
六、水庫(壩、堰)區安全管理與環境維護事項。
七、水質檢驗及污染管制事項。
八、水庫(壩、堰)淤積之測量、調查及排除事項。
九、觀光業務之推動與執行事項。
十、其他關於集水區經營與維護事項。
秘書室職掌如下：一、印信典守事項。
二、公文收發、繕校、稽催及檔案管理事項。
三、出納管理、有價證券保管及規費收繳事項。
四、辦公處所及宿舍維修及環境整潔維護事項。
五、駕駛、技工、工友之管理及勞務外包業務事項。
六、車輛調度維護管理事項。
七、物品採購及財產管理事項。
八、辦公場所佈置及管理事項。
九、公共關係協調聯絡事項。
十、局務會議召開作業及會議紀錄事項。
十一、辦公場所之安全管理事項。
十二、綜合業務管制考核、文書作業檢核、研究發展及為民服務事項。
十三、不屬其他各課、室業務及其他臨時交辦事項。
人事室職掌如下：一、組織編制及員額配置事項。
二、職務設置、歸系及異動管理事項。
三、職員派免遷調、銓敘及請任(免)事項。
四、考試分發之核簽擬辦事項。
五、分層負責之彙辦事項。
六、動員及緩召案件之擬辦及陳報事項。
七、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
八、職員考核獎懲及考績事項。
九、職員差勤之管理事項。
十、職員訓練、進修及出國事項。
十一、員工文康活動之辦理事項。
十二、職員待遇、福利及各項補助事項。
十三、職員退休、資遣、保險及撫卹事項。
十四、人事資料之蒐集、登記及保管事項。
十五、其他人事管理相關事項。
會計室職掌如下：一、非營業基金及本局預(概)算之籌編、報核及分配事項。
二、預算執行之控制、審核及財務之稽核。
三、採購案件之監辦。
四、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。
五、會計簿籍之登記、會計憑證之編製、保管與各項會計報告之編製及公告事項。
六、辦理年度決算。
七、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。
八、推動公務統計及制定水利業務統計制度。
九、辦理職務上應用統計分析及專(個)案統計調查之舉辦。
十、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。
十一、辦理會計人員之人事管理事項。
十二、其他有關歲計、會計及統計事項。
政風室職掌如下：一、政風法令之擬定事項。
二、政風法令之宣導事項。
三、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
四、政風興革建議事項。
五、政風考核獎懲建議事項。
六、公務機密維護事項。
七、其他有關政風及臨時交辦事項。
主任工程司承局長、副局長之命，統籌督導本局水資源及水利建設工程，並審核各工程單位業務陳判(核)文稿及施工計畫、報告。
秘書承局長、副局長之命，負責一般行政文稿之核閱及其他交辦事項。
課長、室主任承局長、副局長之命，督導所屬，並綜理各該課室業務。
正工程司、副工程司、專員、工程員、課員、辦事員、書記，各承其上級長官之命，處理其主辦之公務。
本局處理公務，實施分層負責制度，逐級授權決定；其分層負責明細表另定之。
本局局務會議，定期召開，由局長主持，副局長、主任工程司、秘書、各課室(管理中心)主管為當然出席人員，其餘由局長指定，並得通知有關人員列席。