本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第三十四條第三項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、合併：二以上之財團法人合為一財團法人。
二、消滅法人：因合併而消滅之財團法人。
三、存續法人：因合併而存續之財團法人。
四、新設法人：因合併而使原財團法人全部消滅，另設立之財團法人。
全國性或地方性財團法人與其他全國性財團法人合併，除有正當理由外，其存續或新設法人應為全國性財團法人。
二以上地方性財團法人合併後，其主要業務或受益範圍跨數直轄市、縣（市）行政區域者，應合併成為全國性財團法人。
財團法人申請合併應符合下列條件：一、合併後存續或新設法人之基金總額，須達其合併前各法人基金之合計總額以上。
二、基金總額須符合擬合併後主管機關依本法第九條第一項所定最低捐助財產總額。
財團法人合併時，應締結合併契約。
合併契約應以書面為之，並記載下列事項：一、擬合併之財團法人名稱，合併後存續或新設法人名稱。
二、存續法人之章程變更事項或新設法人之章程草案。
三、對受雇人之權益處理。
四、其他與合併有關之約定事項。
財團法人申請合併許可，應檢具下列文件，向合併後新設法人或存續法人之主管機關提出：一、申請書，並應載明下列事項：（一）申請人。
（二）申請人之法定代理人或代表人之姓名、身分證明文件字號及出生年月日。
（三）申請人之主事務所、分事務所及聯絡方式。
（四）捐助章程訂明得與其他財團法人合併之依據，或合併之正當理由，以及捐助人對於合併有無反對之意思表示。
（五）合併後之主要業務範圍及受益範圍。
二、合併前各該法人之捐助章程及合併後新設法人或存續法人之捐助章程草案。
三、合併前各該法人決議申請合併許可之董事會會議紀錄。
四、合併契約。
五、各該法人之財務報表，其經會計師查核簽證者，應一併提出簽證資料；各該法人設有監察人者，其財務報表業經全體監察人查核之證明文件。
六、申請時各該法人之財產目錄。
七、合併後當年之工作計畫及經費預算。
八、合併前各該法人之最近一次法人登記證明文件。
財團法人申請合併許可為新設法人者，除應檢具前項規定之文件外，並應檢具本法第十條第一項第四款至第六款、第九款及第十款之文件。
申請之方式或文件不備，其能補正者，主管機關應通知申請人於一定期間內補正；不能補正或屆期不補正者，得逕行駁回之。
財團法人申請合併許可為存續法人者，以存續法人為申請人，向主管機關辦理之；申請合併許可為新設法人者，以合併前之全體法人為申請人，並得由其中一方或全體持向主管機關辦理之。
主管機關應自受理申請財團法人合併許可後六十日內為准駁之決定；必要時，得予延長，延長期間不得逾三十日，並以一次為限。
經核准者，應發給許可之文件，並應通知合併前該管主管機關。
主管機關受理前項申請後，應徵詢消滅法人主管機關之意見。
申請合併許可之財團法人於主管機關所定期限內，存續法人應向法院聲請變更登記；消滅法人應聲請解散登記；新設法人應聲請設立登記。
前項情形，財團法人應自法院發給登記證書或法院公告後十五日內，將證書影本或相關證明文件送主管機關備查。
存續法人或新設法人自法院登記之日起，概括承受消滅法人之一切權利、義務。
財團法人經合併許可後未依第八條第一項所定期限向法院辦理登記，經主管機關限期通知，仍未向法院辦理登記者，應廢止其許可，並應通知法院及合併前該管主管機關。
財團法人因合併而有改隸之情形時，適用本辦法之規定。