第一章總則
本辦法所用名詞定義如下：一、通關網路：指與關港貿單一窗口（以下簡稱單一窗口）連線，提供通關電子資料傳輸服務，經依通關網路經營許可及管理辦法設立供營運之網路。
二、電腦連線：指與貨物通關有關之機關、機構、業者或個人，以電腦主機、個人電腦或端末機，透過網際網路與單一窗口連線，傳輸電子資料或訊息，以取代書面文件之遞送。
三、電子資料傳輸：指與貨物通關有關之機關、機構、業者或個人，利用電腦或其他連線設備，經由通關網路透過單一窗口相互傳輸訊息，以取代書面文件之遞送。
四、連線機關：指主管有關貨物進出口之簽審、檢疫、檢驗、關務、航港、外匯或其他貿易管理，而與單一窗口電腦連線之行政機關或受各該行政機關委託行使其職權之機構。
五、連線金融機構：指受委託代收或匯轉各項稅費、保證金或其他款項，而與通關網路或單一窗口電腦連線之金融機構或經財政部指定之機構。
六、連線業者：指以電腦連線或電子資料傳輸方式傳輸電子資料或訊息，以取代書面文件遞送之報關業、承攬業、運輸業、倉儲業、貨櫃集散站業、進出口業、個人或其他與通關有關業務之業者或其代理人。
七、未連線業者：指未以電腦連線或電子資料傳輸方式傳輸電子資料或訊息，以取代書面文件遞送之前款業者或其代理人。
八、連線通關：指依照規定之標準格式，以電腦連線或電子資料傳輸方式辦理貨物進出口、轉運或轉口通關程序。
九、連線申報：指連線業者依連線通關方式依關稅法規之規定所為應行辦理或提供之各種申報、申請、繳納或其他應辦事項。
十、連線核定：指連線之海關對於前款之連線申報所為之各種核定稅費繳納證或准單之核發、補正、貨物查驗或放行之通知或其他依法所為之准駁決定，經由單一窗口傳輸之各種核定信息。
十一、線上扣繳：指連線業者與指定之連線金融機構約定開立繳納稅費帳戶，並於連線申報時在報單上「繳稅方式」之「線上扣繳」欄填記，其應納稅費、保證金或其他款項透過電腦連線作業由該帳戶直接扣繳國庫。
十二、連線轉接服務業者：指按照通關網路公告之技術規範，提供相關用戶與通關網路間為連線所需之資訊轉接服務事業。
以電腦連線或電子資料傳輸方式辦理通關，依本辦法之規定，本辦法未規定者，依其他有關法令之規定。
連線申報有關事項依關稅法第十條規定，需經海關電腦記錄者，海關得委託經營通關網路之事業或由單一窗口以其電腦檔案代為記錄。
海關實施通關自動化有關事項，除前項規定者外，得視需要委託經營通關網路之事業或由單一窗口辦理之。
第二章申請程序
實施貨物通關自動化通關作業之關區名稱、連線作業項目及範圍，應由財政部關務署事先公告之。
下列連線通關文件之傳輸，應依電子資料標準格式為之：一、進、出口報單。
二、進出口貨物稅費繳納證。
三、國庫專戶存款收款書。
四、轉運申請書。
五、轉運准單。
六、電腦放行通知。
七、進（轉）口貨物短卸、溢卸報告。
八、進口貨物進倉異常報告。
九、查驗貨物通知。
十、其他通關有關文件。
前項標準格式由財政部關務署公告之。
連線業者申請連線申報，應依下列方式辦理：一、以電腦連線方式辦理者：應先於單一窗口以憑證提出註冊申請，經核准後開始連線申報等作業。
二、以電子資料傳輸方式辦理者：應先向經營通關網路之事業提出申請，經訂立契約後轉送連線之地區海關登記，並於單一窗口以憑證提出註冊申請，經核准後開始連線申報等作業。
但申請者如屬報關業者，在訂立契約前應先向該地區海關報備，並取得電子郵箱號碼。
連線轉接服務業不得兼營報關業務，其申請、訂約及登記，準用前條第二款之規定。
第三章通關程序
連線業者之連線申報，依第七條第一款辦理者，於輸入單一窗口之電腦記錄有案時，視為已到達海關；連線核定依通關資料庫記錄核定時點，推定已到達應受通知之人；依第七條第二款辦理者，在輸入通關網路，經電腦之檔案予以記錄時，視為已到達海關；連線核定於輸入單一窗口之電腦記錄有案時，推定已到達應受通知之人，並適用關稅法規有關規定辦理。
前項連線申報，其適用關稅法規基準日之認定，與未連線業者發生差異時，得適用最有利於連線業者之基準日。
第一項依第七條第二款辦理者，其傳輸時間及內容，當事人得向經營通關網路之事業申請證明，經營通關網路之事業不得拒絕。
連線申報及未連線申報之收單時間，得由海關另行分別訂定公告之。
飛機載運進口貨物抵達本國機場前；或船舶載運進口貨物抵達本國港口前，已以電子資料傳輸方式傳輸艙單者，納稅義務人得以連線申報方式預先申報進口，由海關即時辦理通關手續。
其作業規定，由海關訂定公告之。
連線業者辦理連線申報時，應依據原始真實發票、提單或其他有關資料文件，依規定正確申報貨名、稅則號別或其他應行申報事項，製作進出口報單、艙單或其他報關文件。
海關對於連線通關之報單實施電腦審核及抽驗，其通關方式分為下列三種：一、免審免驗通關：免審書面文件免驗貨物放行。
二、文件審核通關：審核書面文件免驗貨物放行。
三、貨物查驗通關：查驗貨物及審核書面文件放行。
依前條規定核列為免審免驗通關方式處理之貨物，於完成繳納稅費手續後，海關應以連線核定方式將放行通知傳送報關人及貨棧，報關人憑電腦放行通知及有關單證前往貨棧提領。
其報關有關文件，應由報關人依關務法規規定之期限妥為保管；經海關通知補送資料者，報關人應於接到通知後三日內補送之。
經核列按文件審核通關方式處理之貨物，報關人應於接獲海關連線核定通知之翌日辦公時間終了前，補送書面報單及其他有關文件以供查核。
但經海關公告得傳送文件電子檔之文件，得以連線申報方式取代書面補件。
經核列按貨物查驗通關方式處理之貨物，報關人應於接獲海關連線核定通知之翌日辦公時間終了前，補送書面報單及其他有關文件以供查驗貨物，海關並得通知貨棧配合查驗。
但經海關公告得傳送文件電子檔之文件，得以連線申報方式取代書面補件。
第二項、第三項貨物之繳納稅費、放行及提領之作業方式與第一項同。
其備供查核之文件如採連線申報方式辦理，並經海關電腦核銷、比對相符者，得准免予補送書面文件。
連線通關之納稅義務人得選擇下列各款規定方式之一繳納稅費、保證金或其他款項：一、線上扣繳。
二、依進口貨物先放後稅實施辦法規定提供擔保，辦理先放後稅。
三、以匯款方式由往來銀行透過指定連線金融機構分別匯入國庫存款戶或海關專戶。
四、以現金向駐當地海關之代庫銀行收稅處繳納。
前項第一款及第二款規定之繳納方式，海關對於適用對象，啟用日期等事項，得視事實需要予以限制或變更。
第一項納稅義務人選擇同項第二款至第四款規定方式繳納者，應依連線核定所傳輸之稅費、保證金或其他款項應行繳納訊息，列印海關進出口貨物稅費繳納證或國庫專戶存款收款書，持憑繳納。
海關得憑連線金融機構傳輸之稅費、保證金或其他款項收訖訊息，由電腦自動核對紀錄相符後辦理放行等後續作業，免再以人工核對稅費繳納證或國庫專戶存款收款書存查聯及人工配單工作。
未連線業者所遞送書面報單、艙單或其他報關文件，由海關代為輸入者，依海關徵收規費規則有關規定徵收費用。
報關業者尚未完成連線作業之期間，得暫准以提供媒體方式代替輸入，不適用前項之規定。
至其提供之期間以六個月為限，必要時得申請延長之。
連線業者除具有正當理由經海關核准者外，其所遞送書面報單、艙單或其他報關文件，由海關代為輸入者，依海關徵收規費規則有關規定徵收費用。
通關網路或單一窗口記錄於電腦之報單及其相關檔案應自進出口貨物放行之翌日起保存五年，期滿予以銷毀。
通關網路記錄於電腦之艙單、出口裝船清表檔案，應自進出口貨物放行之翌日起保存五年，期滿除另有約定外予以銷毀。
第四章罰則
連線轉接服務業者違反第八條規定兼營報關業務者，海關得依關稅法第八十一條規定，視其情節輕重，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下之連線轉接服務。
連線業者除個人及進出口業者外違反第十一條規定者，海關得依關稅法第八十一條規定，視其情節輕重，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰。
報關人以電腦連線方式向海關辦理通關業務者違反第十四條規定，海關得依關稅法第八十一條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元罰鍰；並得按次處罰。
第五章附則
連線業者因違反契約條款或滯欠使用費致終止或解除契約者，經營通關網路之事業應於三十日前通知海關配合註銷其連線登記。
前項情形情節輕微，僅暫時停止使用而不終止或解除契約者，經營通關網路之事業應於三日前通知海關。
連線通關因電信線路或電腦故障致未能開始或繼續進行者，得改以書面人工作業方式辦理。
其作業方式及通關程序，由海關另行訂定公告之。
未連線業者之報關，除本辦法另有規定外，不適用連線通關之規定。
進出口貨物之電腦連線通關作業，依本辦法之規定辦理。
但專屬於進口貨物之特別規定及機邊驗放之出口生鮮動、植物經海關核准得事後傳輸者，不在此限。
實施本辦法之作業程序及報關手冊，由財政部關務署訂定並公告之。