本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱本條例）第九條第十一項規定訂定之。
本辦法所稱公務員，指公務員服務法第二十四條規定之人員。
本辦法所稱簡任（或相當簡任）第十一職等以上公務員及警監三階以上警察人員，指所任職務之職務列等或職務等級跨列簡任（或相當簡任）第十一職等以上及警監三階以上者。
本辦法所稱特定身分人員，指下列各款人員：一、本條例第九條第三項所定國家安全局、國防部、法務部調查局及其所屬各級機關未具公務員身分之人員。
二、本條例第九條第四項第二款所定未具公務員身分之人員。
三、本條例第九條第四項第三款及第四款所定人員。
本辦法所稱涉及國家安全、利益或機密人員，指本條例第九條第四項第二款及第三款所定人員。
未涉及國家安全、利益或機密之簡任（或相當簡任）第十一職等以上之公務員、警監三階以上之警察人員及前條第三項第一款人員，應經主管機關許可後，始得進入大陸地區。
本條例第九條第四項各款人員，申請進入大陸地區，應經主管機關會同國家安全局、法務部及大陸委員會組成之審查會共同審查許可；必要時，得徵詢申請人（原）服務機關（構）或委託機關意見。
各機關（構）、委託機關或受託團體、機構，應將本條例第九條第四項第一款至第三款及第五款人員，列冊函送內政部移民署（以下簡稱移民署），並副知當事人；人員異動時，亦同。
本條例第九條第四項第四款人員，原服務機關（構）、委託機關或受託團體、機構應於其退離職前，造具名冊送達移民署，並副知當事人。
擔任行政職務之政務人員、直轄市長、縣（市）長及涉及國家安全、利益或機密人員，符合下列各款情形之一者，始得申請進入大陸地區：一、在大陸地區有設戶籍之配偶或四親等內之親屬。
二、配偶或四親等內親屬在大陸地區罹患傷病或有其他危害生命之虞等特殊情事需探視，或處理其死亡未滿一年之事宜。
三、進入大陸地區從事與業務相關之交流活動或會議。
四、經所屬機關（構）遴派或同意出席專案活動或會議。
五、轉乘經由大陸地區機場、港口之航空器、船舶或其他運輸工具至其他國家或地區。
前項涉及國家安全、利益或機密人員為中央各機關（構）所派駐外人員、任職國家安全局、國防部、法務部調查局與其所屬各級機關（構）人員及其他從事有關國防或機密科技研究者，不得以前項第一款事由申請進入大陸地區。
第三條第二項及第三項第一款未涉及國家安全、利益或機密人員申請進入大陸地區，應於預定進入大陸地區當日之二個工作日前，向主管機關申請。
本條例第九條第四項各款人員申請進入大陸地區，應於預定進入大陸地區當日之七個工作日前，向主管機關申請。
因辦理兩岸協商、執行特種勤務或處理緊急事故申請進入大陸地區，經主管機關同意者，不受前二項所定申請時間之限制。
依本辦法申請進入大陸地區之現職人員，應填具進入大陸地區申請表及檢附必要佐證資料，並詳閱公務員及特定身分人員進入大陸地區注意事項後簽章，由所屬中央機關（構）、直轄市、縣（市）政府、委託機關或其授權機關審核其事由，並附註意見後，以網際網路方式向主管機關申請。
但申請文件機密等級屬機密以上者，應以紙本方式申請之。
前項申請人為直轄市長、縣（市）長以外機關首長者，應於主管機關許可前，報經所屬機關之上一級機關核准。
依本辦法申請進入大陸地區之退離職人員，應填具進入大陸地區申請表及檢附必要佐證資料，並詳閱公務員及特定身分人員進入大陸地區注意事項後簽章，由原服務機關（構）、委託機關審核其事由，並附註意見後，以網際網路方式，向主管機關申請；原服務機關（構）、委託機關經裁撤或改組者，應由承受其業務之機關（構）或其直接上級機關申請之。
依本辦法申請進入大陸地區檢附之相關文件不全得補正者，主管機關應通知申請人及前條第一項或第三項機關（構）限期補正；屆期不補正或補正不全者，駁回其申請；不能補正者，逕駁回其申請。
第八條第一項及第三項人員於返臺後七個工作日內，應填具赴陸人員返臺通報表，第八條第一項人員送交所屬機關（構），機關首長送交所屬機關之上一級機關，縣（市）長送交主管機關，直轄市長送交行政院，受委託人員送交委託機關；第八條第三項人員送交原服務機關（構）、委託機關備查。
有具體情事涉及其他主管機關業務者，移請各相關主管機關處理。
各機關（構）發現通報內容未盡完整或有疑慮者，得要求前項人員於一定期間內補正；必要時，亦得請其說明。
各機關（構）應定期抽查依第一項規定送交之通報表，提供各機關（構）首長參處。
臺灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區，不得有下列情事：一、從事妨害國家安全或利益之活動。
二、違反本條例第五條之一或第三十三條之一第一項規定，擅自與大陸地區人民、法人、團體或其他機關（構），簽署協議或為其他任何形式之合作行為。
三、洩漏或交付法令規定應保守秘密之文書、圖畫、消息、物品或資訊。
四、從事其他法令所禁止或應經業務主管機關許可而未經許可之事項。
前項人員在大陸地區受強暴、脅迫、利誘或其他手段，致有違反前項規定或相關法令之虞，應一併於前條第一項通報表載明；必要時，各機關（構）得請法務部調查局協助處理。
依本辦法申請進入大陸地區之現職人員，不得從事入學進修、選修學分、專題研究等各種型態之進修活動。