本辦法依人口販運防制法（以下簡稱本法）第二十八條第三項規定訂定之。
人口販運被害人（以下簡稱被害人）申請專案許可停留、居留或永久居留，應由本人或委託他人、民間團體向中央主管機關申請。
被害人因協助偵查或審判而於送返原籍國（地）後人身安全有危險之虞者，安置處所得依被害人之申請，出具被害人返國後人身安全有危險之虞說明書（以下簡稱說明書），並協助被害人向中央主管機關申請專案許可停留或居留。
前條說明書應記載下列事項：一、被害人姓名、性別、出生年月日、住所及護照或旅行文件號碼。
二、協助偵查或審判之案件。
三、返國後人身安全有危險之虞事實。
四、返國後人身安全有危險之虞期間。
被害人應檢附下列文件，向中央主管機關申請專案許可停留：一、申請書，委託他人或民間團體代申請者，並應附委託書。
二、護照或旅行文件；被扣留者，得提出相關證明文件代之。
三、返國後人身安全有危險之虞期間未逾六個月之說明書。
中央主管機關專案許可停留時，應參酌司法機關或司法警察機關辦理案件之相關書件；必要時，並得請求我國駐外館處予以協助。
被害人經專案許可在臺灣地區停留者，發給專案許可停留證，其效期最長不得逾六個月。
前項專案許可停留證有效期間屆滿，原申請專案許可原因仍繼續存在者，得申請延期，其期間每次不得逾六個月。
被害人申請專案許可停留延期者，應於效期屆滿前十五日內，檢附下列文件，向中央主管機關申請：一、申請書。
二、專案許可停留證。
三、相關證明文件。
被害人應檢附下列文件，向中央主管機關申請專案許可居留：一、申請書，委託他人或民間團體代申請者，並應附委託書。
二、護照或旅行文件；被扣留者，得提出相關證明文件代之。
三、返國後人身安全有危險之虞期間逾六個月之說明書。
四、健康檢查合格證明。
五、我國警察刑事紀錄證明。
前項第四款所定健康檢查合格證明之檢查項目，依中央衛生主管機關訂定之健康證明應檢查項目表辦理。
被害人之指定健康檢查項目不合格者，中央主管機關得發給專案許可停留證。
但有第十四條規定之情形者，不在此限。
中央主管機關專案許可居留時，應參酌司法機關或司法警察機關辦理案件之相關書件；必要時，並得請求我國駐外館處予以協助。
被害人經專案許可在臺灣地區居留者，發給專案許可居留證，其效期最長不得逾三年。
前項專案許可居留證有效期間屆滿，原申請專案許可原因仍繼續存在者，得申請延期，其期間每次不得逾三年。
被害人申請專案許可居留延期者，應於效期屆滿前三十日內，檢附下列文件，向中央主管機關申請：一、申請書。
二、專案許可居留證。
三、相關證明文件。
被害人在我國合法連續居留五年，每年居住超過二百七十日，且符合下列要件者，得申請永久居留：一、二十歲以上。
二、有相當之財產或技能，足以自立。
三、符合我國國家利益。
前項被害人應檢附下列文件，向中央主管機關申請永久居留：一、申請書，委託他人或民間團體代申請者，並應附委託書。
二、護照或旅行文件；被扣留者，得提出相關證明文件代之。
三、專案許可居留證。
四、健康檢查合格證明。
五、最近五年內之我國警察刑事紀錄證明。
六、其他相關證明文件。
前項第四款所定健康檢查合格證明之檢查項目，依中央衛生主管機關訂定之健康證明應檢查項目表辦理。
依第一項申請永久居留者，應於居留及居住期間屆滿後二年內申請之。
被害人經專案許可在臺灣地區永久居留者，發給永久居留證。
中央主管機關發給被害人專案許可停留證、專案許可居留證或永久居留證時，應廢止被害人臨時停留、停留或居留許可，並命其繳回臨時停留、停留或居留證件。
被害人申請專案許可停留，有下列情形之一者，中央主管機關不予許可：一、有危害我國利益、公共安全、公共秩序之虞。
二、有從事恐怖活動之虞。
三、發現被害人有隱瞞事實，情節重大。
被害人有下列情形之一者，中央主管機關撤銷或廢止其專案停留許可，並註銷其專案許可停留證：一、有前條所定各款情形之一。
二、事後經鑑別非為被害人。
三、人身安全危險之虞消失。
被害人申請專案許可居留或永久居留，有下列情形之一者，中央主管機關不予許可：一、有第十四條所定各款情形之一。
二、中央衛生主管機關指定健康檢查項目不合格。
三、經判處一年有期徒刑以上之刑確定。
但因過失犯罪，不在此限。
被害人有下列情形之一者，中央主管機關撤銷或廢止其專案居留許可，並註銷其專案許可居留證：一、有第十四條所定各款情形之一。
二、事後經鑑別非為被害人。
三、經判處一年有期徒刑以上之刑確定。
但因過失犯罪，不在此限。
四、人身安全危險之虞消失。
被害人有前條第一款至第三款情形之一者，中央主管機關撤銷或廢止其永久居留許可，並註銷其永久居留證。
被害人之專案許可經撤銷或廢止者，內政部入出國及移民署應限令其出國。
被害人應於接到前項限令出國通知後十日內出國。