本辦法依入出國及移民法（以下簡稱本法）第四條第三項規定訂定之。
居住臺灣地區設有戶籍國民（以下簡稱有戶籍國民）出國，應備有效護照，經內政部移民署（以下簡稱移民署）查驗相符，且無本法第五條第一項涉及國家安全人員未經服務機關核准出國或第六條第一項禁止出國之情形，於其護照內加蓋出國查驗章戳後出國。
在臺灣地區出生兼具外國國籍首次出國者，應持中華民國護照出國。
有戶籍國民入國，應備有效護照，經移民署查驗相符，於其護照內加蓋入國查驗章戳後入國。
有戶籍國民護照遺失或逾期，不及申請補換發者，應持憑入國證明文件查驗入國。
有戶籍國民兼具外國國籍，持外國護照入國者，應持外國護照出國。
臺灣地區無戶籍國民（以下簡稱無戶籍國民）入國，應備有效護照、入國許可證件及填妥之入國登記表，經移民署查驗相符，且無本法第七條不予許可或禁止入國之情形或本法第十五條第一項限制再入國之事由，於其證件內加蓋入國查驗章戳後入國。
但持有中華民國居留證者，免繳入國登記表。
無戶籍國民於國外、大陸地區或香港澳門經移民署許可在臺灣地區居留或定居者，持憑有效之入國許可證件，經移民署查驗相符，於其證件內加蓋入國查驗章戳後入國。
無戶籍國民出國，應備有效護照及入國許可證件，經移民署查驗相符，且無本法第六條第一項禁止出國情形者，於其證件內加蓋出國查驗章戳後出國。
香港或澳門居民入國，應備下列有效證件，經移民署查驗相符，於其入出境許可證件內加蓋入國查驗章戳後入國：一、有效之入出境許可證件。
二、有效期間三個月以上之香港或澳門護照。
但持臺灣地區居留證、臺灣地區居留入出境證者，得以有效護照查驗入國。
三、依規定須檢附訂妥機（船）位之回程或次一目的地機（船）票者，應檢附訂妥機（船）位之回程或次一目的地機（船）票。
四、填妥之入國登記表。
但持有中華民國居留證或其他經移民署認定公告者，免予填繳。
香港或澳門居民出國，應備有效香港或澳門護照及入出境許可證件，經移民署查驗相符，於其入出境許可證件內加蓋出國查驗章戳後出國。
大陸地區人民入國，應備下列有效證件，經移民署查驗相符，於其入出境許可證件內加蓋入國查驗章戳後入國：一、有效之入出境許可證件。
二、有效期間六個月以上之護照、大陸地區人民往來臺灣地區通行證、旅行證件或香港、澳門政府核發之非永久性居民旅行證件。
但依大陸地區人民來臺從事觀光活動許可辦法第三條之一規定申請來臺個人旅遊者，應備有效期間六個月以上之大陸地區人民往來臺灣地區通行證。
三、已訂妥回程或次一目的地機（船）票或證明。
但經許可停留期間六個月以上者，免備之。
四、由國外地區進入者，應檢附次一目的地國家或地區之有效居留證或簽證。
五、填妥之入國登記表。
但持有臺灣地區居留證、單次入出境許可證或其他經移民署認定公告者，免予填繳。
六、相關身分證明文件。
前項人民經許可在臺灣地區居留或定居者，應備下列有效證件，經移民署查驗相符，於其證件內加蓋入國查驗章戳後入國：一、入出境許可證件及居留證或定居證副本。
二、有效之護照、大陸地區人民往來臺灣地區通行證、旅行證件或香港、澳門政府核發之非永久性居民旅行證件。
大陸地區人民出國，應備有效之入出境許可證件（含有效之加簽效期），經移民署查驗相符，並於其入出境許可證件內加蓋出國查驗章戳後出國。
外國人入國，應備下列證件，經移民署查驗相符，且無本法第十八條第一項、第二項禁止入國情形者，於其護照或旅行證件內加蓋入國查驗章戳後，許可入國：一、有效護照或旅行證件；申請免簽證入國者，其護照所餘效期須為六個月以上。
但條約或協定另有規定或經外交部同意者，不在此限。
二、有效入國簽證或許可或外僑永久居留證。
但申請免簽證入國者，不在此限。
三、申請免簽證入國者，應備已訂妥出國日期之回程或次一目的地之機（船）票或證明。
但提出得免附機（船）票證明者，不在此限。
四、次一目的地國家之有效簽證。
但前往次一目的地國家無需申請簽證者，不在此限。
五、填妥之入國登記表。
但持有中華民國居留證或其他經移民署認定公告者，免予填繳。
外國人出國，應持憑護照或旅行證件，經移民署查驗符合下列各款情形之一，且無本法第二十一條第一項、第二項禁止出國情形者，於其護照或旅行證件內加蓋出國查驗章戳後出國：一、持停留簽證或免簽證入國者，未逾許可停留期限。
二、持居留簽證入國或經改辦居留簽證者，其外僑居留證，未逾效期或未經註銷；持外僑永久居留證入國者，其外僑永久居留證，未經註銷。
三、持臨時停留許可證入國者，未逾停留許可期限。
四、外國人在我國出生者，已取得外僑居留證。
五、外國人在我國遺失原持憑入國之護照或旅行證件者，出國時已尋獲原報遺失之護照或旅行證件，或取得新護照或其他有效之旅行證件，且辦妥出國手續。
六、逾期停留、居留、未辦妥外僑居留證或其他特殊情形，已依相關規定補辦或處理。
已辦理出國查驗手續者，因故取消出國時，應由船舶或航空公司會同辦理退關手續，並刪除該次出國電腦紀錄及註銷該次出國查驗章戳。
經自動查驗通關系統入出國或其他經移民署認定公告者，得免於其護照、旅行證件或入出境許可證件內加蓋入出國查驗章戳。
入出國查驗，於必要時，移民署得檢視乘客搭乘證明或與許可入國目的相符之證明文件。
在臺灣地區設有戶籍之我國國籍機、船員，隨任職之我國國籍航空器、船舶出國或入國，應備下列證件，經移民署查驗相符後出國或入國：一、護照或商船船員服務手冊。
二、航務證明。
在臺灣地區設有戶籍之我國國籍機員，隨任職之外國國籍航空器或外國國籍機員隨任職之我國國籍航空器出國或入國，準用前項規定辦理。
在臺灣地區設有戶籍之我國國籍遠洋漁船船員，隨任職之我國國籍漁船出海作業或返國，應備下列證件，經移民署查驗相符後出國或入國：一、護照或漁船船員手冊。
二、漁民出港名冊或漁民返港名冊。
停靠於我國港口之船舶上工作船員有入國需求者，得由移民署派員登輪查驗。
但因天候、海象惡劣或有其他因素致登輪困難者，應以其他方式執行查驗。
為便利搭乘船舶之旅客入國觀光，輪船公司或船務代理業者得於船舶抵達我國港口七日前，備妥申請書與旅客及船員名冊，向移民署提出申請，經移民署核准後，派員至該船舶停泊之前站港口登輪查驗。
持用護照、旅行證件、多次入出國許可證或逐次加簽證以外之其他入出國許可證件入出國者，移民署於入出國查驗時，得分別收繳其入、出國許可證聯。
自非經行政院核定之國際機場、港口入出國者，應向移民署以專案申請方式辦理查驗。
移民署基於入出國管理之目的，得蒐集、處理及利用個人入出國資料，並永久保存。
前項移民署蒐集之個人入出國資料之處理及利用應指定專人辦理安全管理及維護事項。
外國人、臺灣地區無戶籍國民、大陸地區人民、香港及澳門居民應於每次入出國查驗時接受個人生物特徵識別資料之辨識。
前項規定，有本法第九十一條第二項各款情形之一，不適用之。
公務機關或非公務機關需要入出國之個人資料檔案時，應以書面敘明法令依據、使用目的及資料內容，向移民署請求提供；公務機關因公務需要，經常利用入出國之個人資料檔案時，得經移民署核准後，以資訊系統轉接介面線上取得個人資料檔案。
前項公務機關或非公務機關應授權特定人員利用及管理個人資料檔案。
當事人、利害關係人或其法定代理人得向移民署請求提供個人入出國證明文件或查詢個人入出國紀錄。
依前二條規定請求、提供、利用及管理個人資料檔案者，應符合個人資料保護法及其他法令規定。
移民署得與其他國家交換入出國乘客之個人電子資料檔案，有關交換資料檔案之類別、範圍、保存期限及利用事項各依與其他國家或地區之協定事項辦理。