本辦法依地籍清理條例（以下簡稱本條例）第十四條第六項規定訂定之。
本辦法用詞定義如下：一、地籍清理土地權利價金保管款（以下簡稱保管款）：指由直轄市或縣（市）主管機關依本條例第十一條規定代為標售或依本條例第三十七條規定代為讓售土地之價金扣除行政處理費用、地籍清理獎金及應納稅賦後之餘額，依第四條規定存管者。
二、保管處所：指直轄市或縣（市）主管機關所在地之國庫經辦行。
直轄市或縣（市）主管機關應依中央政府各機關專戶管理辦法規定，經財政部同意，向保管處所分別開立保管款專戶（以下簡稱專戶）及保管款利息專戶存管保管款及保管款所生利息；其收支存管作業準用國庫相關規定辦理。
直轄市或縣（市）主管機關於保管處所開戶時，其開戶申請書與印鑑卡留存之印鑑應為機關首長、主辦主（會）計及主辦出納人員等三人。
保管款存管作業程序如下：一、直轄市或縣（市）主管機關應繕造保管清冊，以清冊之總金額填具國庫機關專戶存款收款書，將該總金額存入專戶，並於存入後即將保管款儲存日期及存入編號記載於保管清冊，除留存外，並送保管處所一份。
二、直轄市或縣（市）主管機關將保管款存入專戶後，應於代為標售或代為讓售土地所在地之鄉（鎮、市、區）公所、村（里）辦公處公告三個月及刊登政府公報，並於公告之日起刊登當地通行之一種新聞紙連續三日，另於直轄市、縣（市）主管機關及鄉（鎮、市、區）公所電腦網站刊登公告文三十日；其能查明權利人或利害關係人者，應於公告時以雙掛號或其他得收取回執之方式一併通知。
直轄市或縣（市）主管機關依前項第二款規定公告、通知權利人或利害關係人後，應將公告、通知之日期記載於前項第一款自行留存之保管清冊。
前條第一項第一款保管清冊應記載下列事項：一、代為標售或代為讓售之土地標示、登記名義人之姓名或名稱、住址及權利範圍。
二、保管款名稱及金額。
如有依第八條第一項規定，將不予發還得標人或優先購買權人之保證金存入專戶情形者，並應記載其金額。
三、保管款儲存日期。
四、保管款存入編號。
第四條第一項第二款公告及通知應記載下列事項：一、代為標售或代為讓售之土地標示、登記名義人之姓名或名稱、住址及權利範圍。
二、保管原因及事實。
三、保管款名稱及金額。
四、專戶名稱。
五、保管處所名稱及地址。
六、保管款儲存日期及保管款存入編號。
七、領取保管款時應檢附之證明文件。
八、權利人得申請發給土地價金之期限。
直轄市或縣（市）主管機關辦理保管款存管作業，除有特殊情形者外，應按每批次代為標售或代為讓售土地，於得標人、優先購買權人或申請人繳清價款之次日起三個月內將保管款整批存入專戶保管。
依本條例第十一條第一項規定代為標售之土地，如有地籍清理未能釐清權屬土地代為標售辦法第十四條第二項及第十九條規定不予發還保證金予得標人或優先購買權人之情形者，直轄市或縣（市）主管機關應將該不予發還之保證金依下列原則於專戶存管，於土地權利人申請發給土地價金時，一併加計儲存於專戶之實收利息發給之：一、土地屬決標並經得標人繳清價金之情形者，應與土地之保管款併同存入專戶。
二、土地屬經二次標售而未完成標售之情形者，應與第二次標售同批其他決標土地之保管款併同存入專戶。
但第二次標售同批未有決標之土地者，應於第二次標售完畢後，即於專戶存管。
前項於專戶存管保證金之作業程序，準用第四條第一項規定辦理。
依該作業程序繕造保管清冊及辦理公告並通知權利人時，其應記載事項，準用第四條第二項、第五條及第六條規定辦理。
第一項專戶儲存之保證金，於本條例第十四條第三項期間屆滿，應併專戶儲存之保管款依本條例第十四條第五項規定辦理結算，如有賸餘，歸屬國庫；於本條例第十五條第二項期間屆滿後，準用本條例第十四條第五項規定辦理。
直轄市或縣（市）主管機關受理權利人申請發給土地價金，經審查無誤，公告三個月，期滿無人異議時，依下列方式辦理價金發給作業：一、價金以匯款方式發給者，應填具領款單交保管處所匯入權利人帳戶。
二、價金以開立支票方式發給者，應填具領款單交權利人持憑向保管處所領取支票。
保管處所兌付前項領款單時，應核對直轄市或縣（市）主管機關於領款單上所蓋印鑑及領取人之身分無誤後，辦理匯款或支票給付作業，並於作業完成後，通知直轄市或縣（市）主管機關。
權利人依本條例第十五條第二項規定申請發給經二次標售未完成標售而囑託登記為國有之土地價金，其應納稅賦，由直轄市或縣（市）主管機關於依前條規定發給價金前，洽保管處所自專戶撥款代為扣繳。
直轄市或縣（市）主管機關就專戶及保管款利息專戶存管款項之收支，除每月與保管處所提供之對帳單核對外，並應至少每半年自地籍清理管理系統產製保管款專戶管理表，加強對帳。
專戶儲存之保管款於本條例第十四條第三項期間屆滿，經結算有賸餘者，歸屬國庫。
前項結算於專戶儲存之保管款經支應各權利人依本條例第十四條第三項、第四項或第十五條第二項、第三項規定申請之土地價金或期間均已屆滿而有餘額時，由直轄市、縣（市）主管機關報請中央主管機關指定或協商儲存於尚未辦理結算之其他直轄市或縣（市）專戶，其他直轄市或縣（市）專戶均已完成結算有賸餘時，應辦理解繳國庫。
專戶儲存之保管款不得移用。
直轄市或縣（市）主管機關因存管作業錯誤者，得向保管處所取回保管款。
直轄市或縣（市）主管機關依前項規定取回保管款，應敘明原因及原保管款存入編號並填具領款單，經保管處所核對印鑑無誤後取回。
各直轄市或縣（市）之專戶及保管款利息專戶，如有不足支應權利人依本條例第十四條第三項、第四項或第十五條第二項、第三項規定申請之土地價金者，得經中央主管機關指定或協商由其他直轄市或縣（市）之專戶及保管款利息專戶之餘額調配支應。
保管款之利息，應於請求領取或依前條規定取回時，由保管處所依臺灣銀行活期存款牌告利率計算給付。
已登記建築改良物權利之清理，其價金保管款之管理，準用本辦法規定辦理。