主管機關對委託管理保護計畫之執行，應每年定期查核；對於保護區之委託管理保護情形，應予監督，並得每年至少二次派員到場檢查，或通知受託人提供必要之資料；受託人不得規避、妨礙或拒絕。
主管機關為達成水下文化資產保存、保護及管理目的，必要時得主動輔導及協助受託人進行改善。