第一章總則
本辦法依水下文化資產保存法（以下簡稱本法）第二十八條第三項、第三十條第三項及第三十一條第四項規定訂定之。
第二章劃設及其程序
水下文化資產保護區（以下簡稱保護區）之劃設基準如下：一、具有重要歷史、文化、考古、藝術或科學等價值而必須以保護區方式現地保存。
二、該水下文化資產之質地脆弱，易於遭受人為或自然破壞，為確保水下文化資產之本體安全而必須以保護區方式現地保存。
三、水下文化資產之遺存分布範圍廣大或與周遭環境密切相關，非保存於水下不足以呈現完整脈絡，而必須以保護區方式現地保存。
四、其他為保存、保護或管理水下文化資產而有需要。
擬劃設保護區，應備之書圖文件及其內容如下：一、本法第三條第一款之水下文化資產名稱、內涵及研究概況。
二、有前條各款之情形及說明。
三、擬劃設之保護區位置、範圍、面積、圖示，及所在或鄰近之行政轄區。
四、現況環境說明，並以照片、影片、影像、聲納影像、圖示或海圖等方式配合說明。
五、其他相關文件。
各目的事業主管機關、地方政府、民間團體、學術或專業機構或個人，認特定水域範圍內列冊及管理之水下文化資產及其脈絡具第二條各款情形之一者，得向主管機關提出保護區劃設建議（以下簡稱劃設建議）。
主管機關應就劃設建議所備之書圖文件及其內容進行審查；內容不完備而可補正者，得請其補正。
審查通過者，主管機關得納入保護區建議名單或轉送審議會審議。
保護區劃設之範圍，主管機關除考量第二條各款之條件外，亦應斟酌該區域之可管理性，包括可及性、是否適於進行監測與執法等，並會商有關機關，依個案認定必要範圍後為之。
前項劃設範圍，涵蓋海域之水表、水體、海床及其底土，及內陸水域之水表、水體、水底及其底土之整體環境。
主管機關於保護區劃設作業審議前，應將擬劃設之保護區之草案相關文件公開展覽三十日，及在所在或鄰近行政轄區內召開公聽會或說明會，並將公開展覽、公聽會或說明會之日期及地點登載政府公報、新聞紙、專屬網頁、網際網路，或其他適當方式以廣泛周知；任何人民或團體得於公開展覽期間內，以書面載明姓名或名稱、地址、電話、電子郵件及具體意見，送主管機關參採。
前項公聽會或說明會，應於擬劃設之保護區劃設範圍所在或鄰近直轄市、縣（市）政府行政轄區內擇適當地點舉行至少一次；若劃設範圍涉及原住民族地區、離島地區者，應優先考量。
主管機關於第一項公聽會或說明會舉行前十四日，應將會議資料登載專屬網頁、網際網路，並通知相關目的事業主管機關、擬劃設之保護區所在或鄰近之直轄市、縣（市）政府，轉知利害關係人參加。
擬劃設之保護區所在或鄰近行政轄區之直轄市、縣（市）政府應配合並協助主管機關辦理公開展覽及公聽會或說明會。
主管機關辦理公聽會或說明會應作成會議紀錄，於三十日內將會議紀錄函送相關機關及人員，並登載於專屬網頁、網際網路。
參加人員對前項會議紀錄內容有意見者，得於紀錄公開後十日內提出。
經主管機關認其意見有理由者，應於提出意見期間經過後十日內更正或補充原紀錄。
第一項期間於必要時得由主管機關延長之。
審議會辦理保護區劃設之審議，應於公開展覽結束之翌日起算二年內完成，並作成是否劃設保護區及劃設範圍之決議；必要時，得延長審議期限一次。
主管機關就前條所劃設之保護區，應辦理公告。
前項公告，應載明下列事項：一、公告日期及文號。
二、保護區之名稱、邊界（含經緯度、等深線及相對地理特徵）、面積及圖示。
三、保護區內水下文化資產之名稱、位置（含經緯度、等深線及相對地理特徵）。
四、劃設理由及其法令依據。
五、其他相關資料。
如公告前項第三款水下文化資產之確切位置，將造成水下文化資產之損害或有不利其保存、保護及管理之虞，得限制公開。
第一項公告，應揭示於主管機關公布欄三十日，並登載政府公報、新聞紙及專屬網頁、網際網路。
同項第五款之文件得僅公告於專屬網頁、網際網路。
審議會認不宜劃設保護區，而須採其他適當之現地保存方式者，主管機關得參酌審議會之決議，採取其他適當之現地保存方式，準用第二條至第八條、第九條第一項、第二項第一款、第三款至第五款及第四項、第十一條至第二十條規定。
第三章變更、廢止及其程序
保護區有下列情形之一者，主管機關得提請審議會審議後，公告變更其範圍：一、保護區因情事變更而改變。
二、為重大公共利益之所需。
保護區有下列情形之一者，主管機關得提請審議會審議後，公告廢止：一、保護區內之水下文化資產悉已發掘出水或因其他原因而不復存在。
二、水下文化資產滅失、減損其價值無從恢復。
三、其他已無劃設保護區必要之情形。
保護區之變更程序及範圍，由主管機關依劃設程序辦理，準用第五條至第九條之規定。
保護區之廢止程序，有第十一條第二項第一款之事由者，免再公開展覽及舉行公聽會或說明會，準用第八條及第九條第一項之規定；有第十一條第二項第二款、第三款之事由者，由主管機關依劃設程序辦理，準用第五條至第九條之規定。
第四章管理保護計畫
依本法第三十條訂定之保護區管理保護計畫，應經審議會審議決議通過並會商有關機關後，由主管機關將計畫書圖公告於專屬網頁、網際網路或其他適當方法廣泛周知；其變更及廢止，準用之。
審議會審議保護區管理保護計畫時，得斟酌是否對於利害關係人之權益、水下文化資產及其脈絡產生重大衝擊，包括現在依賴該區域所進行之經濟活動、研究、教育或觀光休閒娛樂活動等相關權益、漁業權及原住民族文化、祭儀或符合永續利用之自用行為。
保護區管理保護計畫公告實施後，主管機關應每五年至少檢討一次，並以第十一條第一項及第二項各款規定為其檢討基準。
主管機關依本法第二十八條第一項規定劃定之保護區，依本法第三十條訂定之保護區管理保護計畫，得視情況劃設下列分區：一、核心區：經認定為水下文化資產所處位置，評估其干擾程度，並經主管機關許可者，就個案得容許下列必要行為，無本法第三十一條第三項後段規定之適用：（一）主管機關為保存、保護及管理水下文化資產。
（二）教育或商業目的之水下文化資產觀覽。
（三）學術研究。
二、緩衝區：圍繞核心區之區域。
保護區管理保護計畫，至遲應於保護區劃設公告之日起算一年內訂定完成，必要時得延長一年，並辦理公開展覽。
保護區管理保護計畫公開展覽及審議程序，準用第六條之規定。
主管機關得自行或委任其所屬機關（構）、委辦地方自治團體或委託其他機關（構）、團體進行保護區之保存、保護及管理行為。
前項委託管理之受託人以具三年以上與水下文化資產保存、保護及管理相關經驗者為限。
依委託管理保護區管理保護計畫需辦理受託人公開評選時，應就下列項目評審並擇優委託之：一、受託人之受託管理保護計畫書內容。
二、受託人之管理保護能力及過去實績。
三、組織健全性。
四、收支預算妥適性等事項。
委託管理期間，每次最長不得逾五年；期滿得依管理保護成效，辦理續約，續約期間每次最長不得逾五年。
辦理前項續約時，受託人應於委託管理期限屆滿前，擬具工作報告及管理保護成效送委託機關審查，經審查營運績效良好且無違約情事，並經主管機關核定後辦理。
續約期間一年以下或續約內容為委託管理保護計畫之一部者，前項應送審資料得以結案報告書代之，主管機關得視個案重要性提送審議或予以備查。
新訂委託契約內容為委託管理保護計畫之一部者，比照前項規定辦理。
委託管理保護契約之變更、終止或解除規定如下：一、因非可歸責於雙方之天災或其他不可抗力事由，造成水下文化資產之滅失、流失或契約難以執行者，雙方得變更、終止或解除一部或全部契約。
二、因政府政策變更，委託機關得逕行終止或解除一部或全部契約。
三、受託人有下列違失事項之一者，委託機關得終止或解除契約之一部或全部；委託機關因此受有損失者，受託人並應賠償之：（一）違反目的事業或本法相關法令規定。
（二）違反契約約定之用途或其他事項。
（三）未盡善良管理人之注意，致水下文化資產遭受重大損害或恢復困難。
（四）有應改善事項，經委託機關限期改善，屆期仍未改善或改善仍不符委託機關要求。
（五）於受託期間喪失第十六條資格。
主管機關對委託管理保護計畫之執行，應每年定期查核；對於保護區之委託管理保護情形，應予監督，並得每年至少二次派員到場檢查，或通知受託人提供必要之資料；受託人不得規避、妨礙或拒絕。
主管機關為達成水下文化資產保存、保護及管理目的，必要時得主動輔導及協助受託人進行改善。
第五章進入與不受禁止行為限制之許可
欲進入保護區者，應於進入三十日之前填具申請書，載明進入之目的、期間、範圍、地點等事項，向主管機關提出申請單次或多次之進入，並經主管機關許可後，始得進入；因情況急迫且有正當理由，經主管機關許可者，不在此限。
於保護區內從事以水下文化資產為標的之活動，應依以水下文化資產為標的之活動管理辦法辦理。
主管機關應依保護區管理保護計畫對保護區及水下文化資產可承受之干擾程度，審核申請進入保護區之期間、範圍、人數及從事之行為種類、地點等事項。
已取得保護區進入許可者，有下列情事之一，主管機關得撤銷許可：一、申請書有虛偽不實登載或提供不實文件。
二、以詐欺、脅迫或其他不正當之方法取得許可。
三、違反本法或其他法令規定。
保護區有遭受危害之虞時，主管機關得禁止或限制人員進入保護區及廢止原許可，並請求相關機關（構）採取其他必要措施。
進入保護區之人民或團體違反本法第三十一條第二項規定者，主管機關或相關機關（構）應即查報、制止、取締，並由主管機關依本法相關規定處理，得撤銷或廢止其進入許可。
前項行為人三年內不得再行申請進入保護區。
第六章附則