南科館管理中心掌理事項如下：
一、臺灣西南地區考古遺址出土文化資產之研究、採集整理、典藏管理及出版。
二、南科館展示製作與展場設施之維護及管理。
三、南科館考古教育資源服務及推廣活動之執行。
四、南科館票務、導覽解說、觀眾服務之執行。
五、南科館社區資源研究、園區文創行銷及活化利用。
六、其他有關南科館事項。