國立臺灣史前文化博物館（以下簡稱本館）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
館長綜理館務，並指揮、監督所屬人員；副館長襄助館長處理館務。
本館設下列組、室、中心：一、研究典藏組。
二、展示教育組。
三、遺址發展組。
四、秘書室。
五、人事室。
六、主計室。
七、南科館管理中心。
研究典藏組掌理事項如下：一、臺灣與周邊地區史前文化、原住民、南島語族相關文物資料之研究、採集整理、典藏管理及出版。
二、國內外博物館、學校、團體之學術交流合作。
三、典藏管理系統規劃與藏品之徵集、入藏、登錄及維護。
四、標本文物之鑑定、分析、保存、修復、數位化作業及諮詢服務。
五、專業圖書、期刊之徵集、典藏及服務。
六、考古遺址調查及發掘等相關業務之執行。
七、考古學、民族學、人類學科技計畫之規劃及執行。
八、其他有關研究典藏事項。
展示教育組掌理事項如下：一、臺灣與周邊地區史前文化、原住民、南島語族文物資料展示計畫之擬訂及推動。
二、展示規劃製作與展場設施之維護及管理。
三、教育資源服務管理與推廣活動之研擬、規劃及執行。
四、票務、導覽解說、觀眾服務之規劃及執行。
五、國會聯絡、媒體公關事務與文創行銷之規劃及執行。
六、志工服務人力資源之開發、運用及發展。
七、其他有關展示教育事項。
遺址發展組掌理事項如下：一、臺灣東部考古遺址現地保存研究及發展。
二、卑南考古遺址調查、發掘及監管保護。
三、卑南考古遺址現地保存、展示之執行及管理。
四、卑南考古遺址自然地景變遷之調查分析。
五、卑南考古遺址環境生態教育之規劃及執行。
六、卑南遺址公園展場管理及設施維護。
七、其他有關遺址發展事項。
秘書室掌理事項如下：一、本館中長程計畫、年度施政計畫、先期作業與重要會議決議事項之追蹤、管制、考核及評估。
二、工友（含技工、駕駛）之管理。
三、文書、檔案、印信、出納、庶務、採購、財產管理及法制。
四、數位資訊服務升級業務及管理。
五、不屬其他各組、室、中心事項。
南科館管理中心掌理事項如下：一、臺灣西南地區考古遺址出土文化資產之研究、採集整理、典藏管理及出版。
二、南科館展示製作與展場設施之維護及管理。
三、南科館考古教育資源服務及推廣活動之執行。
四、南科館票務、導覽解說、觀眾服務之執行。
五、南科館社區資源研究、園區文創行銷及活化利用。
六、其他有關南科館事項。
本館處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。